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万見
- EMDB-24609: Subnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux pump boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24609
タイトルSubnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux pump bound with MBX
マップデータSubnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux pump bound with MBX
試料
  • 複合体: AcrAB-TolC
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Muyuan MC / Zhao ZW
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationQ-1967-20180324 米国
Welch FoundationAU-2014-2019330 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM072804 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM121203 米国
European Research Council (ERC)742210 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143380 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: In situ structure of the AcrAB-TolC efflux pump at subnanometer resolution.
著者: Muyuan Chen / Xiaodong Shi / Zhili Yu / Guizhen Fan / Irina I Serysheva / Matthew L Baker / Ben F Luisi / Steven J Ludtke / Zhao Wang /
要旨: The tripartite AcrAB-TolC assembly, which spans both the inner and outer membranes in Gram-negative bacteria, is an efflux pump that contributes to multidrug resistance. Here, we present the in situ ...The tripartite AcrAB-TolC assembly, which spans both the inner and outer membranes in Gram-negative bacteria, is an efflux pump that contributes to multidrug resistance. Here, we present the in situ structure of full-length Escherichia coli AcrAB-TolC determined at 7 Å resolution by electron cryo-tomography. The TolC channel penetrates the outer membrane bilayer through to the outer leaflet and exhibits two different configurations that differ by a 60° rotation relative to the AcrB position in the pump assembly. AcrA protomers interact directly with the inner membrane and with AcrB via an interface located in proximity to the AcrB ligand-binding pocket. Our structural analysis suggests that these AcrA-bridged interactions underlie an allosteric mechanism for transmitting drug-evoked signals from AcrB to the TolC channel within the pump. Our study demonstrates the power of in situ electron cryo-tomography, which permits critical insights into the function of bacterial efflux pumps.
履歴
登録2021年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2023年3月15日-
現状2023年3月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24609.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux pump bound with MBX
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 256 pix.
= 427.52 Å		1.67 Å/pix.
x 256 pix.
= 427.52 Å		1.67 Å/pix.
x 256 pix.
= 427.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-15.101165 - 8.2659235
平均 (標準偏差)0.012246055 (±0.14178094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 427.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Subnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux...

ファイルemd_24609_additional_1.map
注釈Subnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux pump bound with MBX
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux...

ファイルemd_24609_additional_2.map
注釈Subnanometer in situ structure of the AcrAB-TolC efflux pump bound with MBX
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AcrAB-TolC

全体名称: AcrAB-TolC
要素
  • 複合体: AcrAB-TolC

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超分子 #1: AcrAB-TolC

超分子名称: AcrAB-TolC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 22345
抽出トモグラム数: 102 / 使用した粒子像数: 27932
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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