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- EMDB-24468: Cryo-EM structure of apo-state of human CNGA3/CNGB3 channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24468
タイトルCryo-EM structure of apo-state of human CNGA3/CNGB3 channel
マップデータ
試料
  • 複合体: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / axon initial segment / myosin binding / transmembrane transporter complex / monoatomic cation transmembrane transport / glial cell projection / response to magnesium ion ...inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / axon initial segment / myosin binding / transmembrane transporter complex / monoatomic cation transmembrane transport / glial cell projection / response to magnesium ion / monoatomic cation transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / cGMP binding / photoreceptor outer segment / response to cAMP / 視覚 / perikaryon / cadherin binding / 樹状突起 / protein-containing complex binding / シグナル伝達 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3 / Cyclic nucleotide-gated channel beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Zheng X / Yang J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM085234 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)RO1EY027800 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of the human cone photoreceptor cyclic nucleotide-gated channel.
著者: Xiangdong Zheng / Zhengshan Hu / Huan Li / Jian Yang /
要旨: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce light-induced chemical signals into electrical signals in retinal cone and rod photoreceptors. Structures of native CNG channels, which are ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce light-induced chemical signals into electrical signals in retinal cone and rod photoreceptors. Structures of native CNG channels, which are heterotetramers formed by CNGA and CNGB subunits, have not been obtained. In the present study, we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of the human cone CNG channel in the apo closed state. The channel contains three CNGA3 and one CNGB3 subunits. Arg403 in the pore helix of CNGB3 projects into an asymmetric selectivity filter and forms hydrogen bonds with two pore-lining backbone carbonyl oxygens. Arg442 in S6 of CNGB3 protrudes into and occludes the pore below the hydrophobic cavity gate previously observed in homotetrameric CNGA channels. It is interesting that Arg403Gln is a disease mutation, and Arg442 is replaced by glutamine in some animal species with dichromatic or monochromatic vision. These and other unique structural features and the disease link conferred by CNGB3 indicate a critical role of CNGB3 in shaping cone photoresponses.
履歴
登録2021年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rhs
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24468.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24468.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8247 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.6200932 - 2.7710898
平均 (標準偏差)0.001529973 (±0.06973086)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 296.892 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.82470.82470.8247
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.892296.892296.892
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.6202.7710.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA...

全体名称: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3
要素
  • 複合体: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム

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超分子 #1: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA...

超分子名称: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3

分子名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.233195 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPGSMAKINT QYSHPSRTHL KVKTSDRDLN RAENGLSRAH SSSEETSSVL QPGIAMETRG LADSGQGSFT GQGIARLSRL IFLLRRWAA RHVHHQDQGP DSFPDRFRGA ELKEVSSQES NAQANVGSQE PADRGRSAWP LAKCNTNTSN NTEEEKKTKK K DAIVVDPS ...文字列:
GPGSMAKINT QYSHPSRTHL KVKTSDRDLN RAENGLSRAH SSSEETSSVL QPGIAMETRG LADSGQGSFT GQGIARLSRL IFLLRRWAA RHVHHQDQGP DSFPDRFRGA ELKEVSSQES NAQANVGSQE PADRGRSAWP LAKCNTNTSN NTEEEKKTKK K DAIVVDPS SNLYYRWLTA IALPVFYNWY LLICRACFDE LQSEYLMLWL VLDYSADVLY VLDVLVRART GFLEQGLMVS DT NRLWQHY KTTTQFKLDV LSLVPTDLAY LKVGTNYPEV RFNRLLKFSR LFEFFDRTET RTNYPNMFRI GNLVLYILII IHW NACIYF AISKFIGFGT DSWVYPNISI PEHGRLSRKY IYSLYWSTLT LTTIGETPPP VKDEEYLFVV VDFLVGVLIF ATIV GNVGS MISNMNASRA EFQAKIDSIK QYMQFRKVTK DLETRVIRWF DYLWANKKTV DEKEVLKSLP DKLKAEIAIN VHLDT LKKV RIFQDCEAGL LVELVLKLRP TVFSPGDYIC KKGDIGKEMY IINEGKLAVV ADDGVTQFVV LSDGSYFGEI SILNIK GSK SGNRRTANIR SIGYSDLFCL SKDDLMEALT EYPEAKKALE EKGRQILMKD NLIDEELARA GADPKDLEEK VEQLGSS LD TLQTRFARLL AEYNATQMKM KQRLSQLESQ VKGGGDKPLA DGEVPGDATK TEDKQQDYKD DDDK

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分子 #2: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3

分子名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.450758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSFKSLTKV NKVKPIGENN ENEQSSRRNE EGSHPSNQSQ QTTAQEENKG EEKSLKTKS TPVTSEEPHT NIQDKLSKKN SSGDLTTNPD PQNAAEPTGT VPEQKEMDPG KEGPNSPQNK PPAAPVINEY A DAQLHNLV ...文字列:
MGSWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSFKSLTKV NKVKPIGENN ENEQSSRRNE EGSHPSNQSQ QTTAQEENKG EEKSLKTKS TPVTSEEPHT NIQDKLSKKN SSGDLTTNPD PQNAAEPTGT VPEQKEMDPG KEGPNSPQNK PPAAPVINEY A DAQLHNLV KRMRQRTALY KKKLVEGDLS SPEASPQTAK PTAVPPVKES DDKPTEHYYR LLWFKVKKMP LTEYLKRIKL PN SIDSYTD RLYLLWLLLV TLAYNWNCCF IPLRLVFPYQ TADNIHYWLI ADIICDIIYL YDMLFIQPRL QFVRGGDIIV DSN ELRKHY RTSTKFQLDV ASIIPFDICY LFFGFNPMFR ANRMLKYTSF FEFNHHLESI MDKAYIYRVI RTTGYLLFIL HINA CVYYW ASNYEGIGTT RWVYDGEGNE YLRCYYWAVR TLITIGGLPE PQTLFEIVFQ LLNFFSGVFV FSSLIGQMRD VIGAA TANQ NYFRACMDDT IAYMNNYSIP KLVQKRVRTW YEYTWDSQRM LDESDLLKTL PTTVQLALAI DVNFSIISKV DLFKGC DTQ MIYDMLLRLK SVLYLPGDFV CKKGEIGKEM YIIKHGEVQV LGGPDGTKVL VTLKAGSVFG EISLLAAGGG NRRTANV VA HGFANLLTLD KKTLQEILVH YPDSERILMK KARVLLKQKA KTAEATPPRK DLALLFPPKE ETPKLFKTLL GGTGKASL A RLLKLKREQA AQKKENSEGG EEEGKENEDK QKENEDKQKE NEDKGKENED KDKGREPEEK PLDRPECTAS PIAVEEEPH SVRRTVLPRG TSRQSLIISM APSAEGGEEV LTIEVKEKAK Q

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8.58
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 57.63 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wej

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 205492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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