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- EMDB-24423: Ytm1 associated nascent 60S in fkbp39 deletion cells class 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24423
タイトルYtm1 associated nascent 60S in fkbp39 deletion cells class 3
マップデータYtm1 associated nascent 60S in fkbp39 deletion cells class 3
試料
  • 複合体: nascent 60S
機能・相同性
機能・相同性情報


Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / : / cytosolic large ribosomal subunit assembly / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / PeBoW complex ...Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / : / cytosolic large ribosomal subunit assembly / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / PeBoW complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / preribosome, large subunit precursor / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / chromatin / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat WDR12/Ytm1 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / Pescadillo ...WD repeat WDR12/Ytm1 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / metallochaperone-like domain / TRASH domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / BRCT domain profile. / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein uL13B / Pescadillo homolog / Large ribosomal subunit protein eL13 / Ribosome biogenesis protein erb1 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein uL29 ...Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein uL13B / Pescadillo homolog / Large ribosomal subunit protein eL13 / Ribosome biogenesis protein erb1 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL36B / Large ribosomal subunit protein eL37B / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein uL30B / Large ribosomal subunit protein uL15A / Large ribosomal subunit protein uL3A / Large ribosomal subunit protein uL18A / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL32A / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL16A / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL23A / Ribosome biogenesis protein rlp24 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein uL4B / Large ribosomal subunit protein eL31 / Ribosome biogenesis protein ytm1 / Large ribosomal subunit protein eL33B / Large ribosomal subunit protein eL38A / Protein mak16 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL30B / Large ribosomal subunit protein eL21A
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bilokapic S / Halic M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM141694 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Chromatin localization of nucleophosmin organizes ribosome biogenesis.
著者: Ilaria Ugolini / Silvija Bilokapic / Mylene Ferrolino / Josiah Teague / Yinxia Yan / Xuelin Zhou / Ashish Deshmukh / Michael White / Richard W Kriwacki / Mario Halic /
要旨: Ribosome biogenesis takes place in the nucleolus, a nuclear membrane-less organelle. Although well studied, it remains unknown how nascent ribosomal subunits separate from the central chromatin ...Ribosome biogenesis takes place in the nucleolus, a nuclear membrane-less organelle. Although well studied, it remains unknown how nascent ribosomal subunits separate from the central chromatin compartment and move to the outer granular component, where maturation occurs. We find that the Schizosaccharomyces pombe nucleophosmin-like protein Fkbp39 localizes to rDNA sites encoding the 60S subunit rRNA, and this localization contributes to its specific association with nascent 60S subunits. Fkbp39 dissociates from chromatin to bind nascent 60S subunits, causing the latter to partition away from chromatin and from nascent 40S subunits through liquid-liquid phase separation. In vivo, Fkbp39 binding directs the translocation of nascent 60S subunits toward the nucleophosmin-rich granular component. This process increases the efficiency of 60S subunit assembly, facilitating the incorporation of 60S RNA domain III. Thus, chromatin localization determines the specificity of nucleophosmin in sorting nascent ribosomal subunits and coordinates their movement into specialized assembly compartments within the nucleolus.
履歴
登録2021年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2023年3月29日-
現状2023年3月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24423.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ytm1 associated nascent 60S in fkbp39 deletion cells class 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.29259995 - 0.5886347
平均 (標準偏差)0.0006290345 (±0.011617617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 542.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : nascent 60S

全体名称: nascent 60S
要素
  • 複合体: nascent 60S

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超分子 #1: nascent 60S

超分子名称: nascent 60S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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