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- EMDB-24362: Cryo-EM structure of M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24362
タイトルCryo-EM structure of M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer
マップデータ
試料
  • 複合体: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
    • タンパク質・ペプチド: M4008_N1 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: M4008_N1 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV / Envelope / bNAb / Complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Chan K-W / Kong XP
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145655 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI122953 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A site of vulnerability at V3 crown defined by HIV-1 bNAb M4008_N1.
著者: Kun-Wei Chan / Christina C Luo / Hong Lu / Xueling Wu / Xiang-Peng Kong /
要旨: Identification of vulnerable sites defined by broadly neutralizing antibodies (bNAbs) on HIV-1 envelope (Env) is crucial for vaccine design, and we present here a vulnerable site defined by bNAb ...Identification of vulnerable sites defined by broadly neutralizing antibodies (bNAbs) on HIV-1 envelope (Env) is crucial for vaccine design, and we present here a vulnerable site defined by bNAb M4008_N1, which neutralizes about 40% of a tier-2 virus panel. A 3.2 Å resolution cryo-EM structure of M4008_N1 in complex with BG505 DS-SOSIP reveals a large, shallow protein epitope surface centered at the V3 crown of gp120 and surrounded by key glycans. M4008_N1 interacts with gp120 primarily through its hammerhead CDR H3 to form a β-sheet interaction with the V3 crown hairpin. This makes M4008_N1 compatible with the closed conformation of the prefusion Env trimer, and thus distinct from other known V3 crown mAbs. This mode of bNAb approaching the immunogenic V3 crown in the native Env trimer suggests a strategy for immunogen design targeting this site of vulnerability.
履歴
登録2021年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.68
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.68
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rai
  • 表面レベル: 0.68
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24362.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.4 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.4 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.68 / ムービー #1: 0.68
最小 - 最大-2.1755233 - 3.8833616
平均 (標準偏差)0.0056926976 (±0.102660194)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 314.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.400314.400314.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-2.1763.8830.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer

全体名称: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer
要素
  • 複合体: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
    • タンパク質・ペプチド: M4008_N1 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: M4008_N1 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer

超分子名称: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.300348 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG R

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41

分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: M4008_N1 Fab heavy chain

分子名称: M4008_N1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.01666 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSQLVQSGAE MKTSGSSVRV SCKDSGGFFP YAGFRWVRQA PGQGFEWMGG VIPADGTKHY APKFQARMKM TVVESSRTLY MELRSLTST DTATYFCARL QCAGFSCEMD SGPFDLWGQG TQVTVPSSGA SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
QSQLVQSGAE MKTSGSSVRV SCKDSGGFFP YAGFRWVRQA PGQGFEWMGG VIPADGTKHY APKFQARMKM TVVESSRTLY MELRSLTST DTATYFCARL QCAGFSCEMD SGPFDLWGQG TQVTVPSSGA SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSCDKTHT CP PCPAPEL LGGPSVFLFP QNPRKPS

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分子 #4: M4008_N1 Fab light chain

分子名称: M4008_N1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.628396 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPST VAAFVGGNVT LSCRTSQGVG NRLAWYQQKP GKPPRLLISR ASNRHGGVPA RFSGGGSGTI FTLTIKGLQS DDFATFFCQ QYYDSRETFG QGSRVMMEKI RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
DIQMTQSPST VAAFVGGNVT LSCRTSQGVG NRLAWYQQKP GKPPRLLISR ASNRHGGVPA RFSGGGSGTI FTLTIKGLQS DDFATFFCQ QYYDSRETFG QGSRVMMEKI RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.07 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 281313
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5u1f

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5u1f

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4oaw

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4oaw

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7rai:
Cryo-EM structure of M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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