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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24362 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Chan K-W / Kong XP | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: A site of vulnerability at V3 crown defined by HIV-1 bNAb M4008_N1. 著者: Kun-Wei Chan / Christina C Luo / Hong Lu / Xueling Wu / Xiang-Peng Kong / 要旨: Identification of vulnerable sites defined by broadly neutralizing antibodies (bNAbs) on HIV-1 envelope (Env) is crucial for vaccine design, and we present here a vulnerable site defined by bNAb ...Identification of vulnerable sites defined by broadly neutralizing antibodies (bNAbs) on HIV-1 envelope (Env) is crucial for vaccine design, and we present here a vulnerable site defined by bNAb M4008_N1, which neutralizes about 40% of a tier-2 virus panel. A 3.2 Å resolution cryo-EM structure of M4008_N1 in complex with BG505 DS-SOSIP reveals a large, shallow protein epitope surface centered at the V3 crown of gp120 and surrounded by key glycans. M4008_N1 interacts with gp120 primarily through its hammerhead CDR H3 to form a β-sheet interaction with the V3 crown hairpin. This makes M4008_N1 compatible with the closed conformation of the prefusion Env trimer, and thus distinct from other known V3 crown mAbs. This mode of bNAb approaching the immunogenic V3 crown in the native Env trimer suggests a strategy for immunogen design targeting this site of vulnerability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24362.map.gz | 97.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24362-v30.xml emd-24362.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24362.png | 66.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24362 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24362_validation.pdf.gz | 421.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24362_full_validation.pdf.gz | 421.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24362_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24362_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24362 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.048 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer
全体 | 名称: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer
超分子 | 名称: M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.300348 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG R |
-分子 #2: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
分子 | 名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: M4008_N1 Fab heavy chain
分子 | 名称: M4008_N1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.01666 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSQLVQSGAE MKTSGSSVRV SCKDSGGFFP YAGFRWVRQA PGQGFEWMGG VIPADGTKHY APKFQARMKM TVVESSRTLY MELRSLTST DTATYFCARL QCAGFSCEMD SGPFDLWGQG TQVTVPSSGA SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: QSQLVQSGAE MKTSGSSVRV SCKDSGGFFP YAGFRWVRQA PGQGFEWMGG VIPADGTKHY APKFQARMKM TVVESSRTLY MELRSLTST DTATYFCARL QCAGFSCEMD SGPFDLWGQG TQVTVPSSGA SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSCDKTHT CP PCPAPEL LGGPSVFLFP QNPRKPS |
-分子 #4: M4008_N1 Fab light chain
分子 | 名称: M4008_N1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.628396 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPST VAAFVGGNVT LSCRTSQGVG NRLAWYQQKP GKPPRLLISR ASNRHGGVPA RFSGGGSGTI FTLTIKGLQS DDFATFFCQ QYYDSRETFG QGSRVMMEKI RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: DIQMTQSPST VAAFVGGNVT LSCRTSQGVG NRLAWYQQKP GKPPRLLISR ASNRHGGVPA RFSGGGSGTI FTLTIKGLQS DDFATFFCQ QYYDSRETFG QGSRVMMEKI RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 58.07 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 281313 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |