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万見
- EMDB-24336: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24336
タイトルNegative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-186 IgG
マップデータ186
試料
  • 複合体: The complex of SARS-CoV-2 Spike and CoVIC-186 IgG
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Saphire EO / Li H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-006133 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5U19AI142790 米国
Other privateGHR Foundation
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Defining variant-resistant epitopes targeted by SARS-CoV-2 antibodies: A global consortium study.
著者: Kathryn M Hastie / Haoyang Li / Daniel Bedinger / Sharon L Schendel / S Moses Dennison / Kan Li / Vamseedhar Rayaprolu / Xiaoying Yu / Colin Mann / Michelle Zandonatti / Ruben Diaz Avalos / ...著者: Kathryn M Hastie / Haoyang Li / Daniel Bedinger / Sharon L Schendel / S Moses Dennison / Kan Li / Vamseedhar Rayaprolu / Xiaoying Yu / Colin Mann / Michelle Zandonatti / Ruben Diaz Avalos / Dawid Zyla / Tierra Buck / Sean Hui / Kelly Shaffer / Chitra Hariharan / Jieyun Yin / Eduardo Olmedillas / Adrian Enriquez / Diptiben Parekh / Milite Abraha / Elizabeth Feeney / Gillian Q Horn / / Yoann Aldon / Hanif Ali / Sanja Aracic / Ronald R Cobb / Ross S Federman / Joseph M Fernandez / Jacob Glanville / Robin Green / Gevorg Grigoryan / Ana G Lujan Hernandez / David D Ho / Kuan-Ying A Huang / John Ingraham / Weidong Jiang / Paul Kellam / Cheolmin Kim / Minsoo Kim / Hyeong Mi Kim / Chao Kong / Shelly J Krebs / Fei Lan / Guojun Lang / Sooyoung Lee / Cheuk Lun Leung / Junli Liu / Yanan Lu / Anna MacCamy / Andrew T McGuire / Anne L Palser / Terence H Rabbitts / Zahra Rikhtegaran Tehrani / Mohammad M Sajadi / Rogier W Sanders / Aaron K Sato / Liang Schweizer / Jimin Seo / Bingqing Shen / Jonne L Snitselaar / Leonidas Stamatatos / Yongcong Tan / Milan T Tomic / Marit J van Gils / Sawsan Youssef / Jian Yu / Tom Z Yuan / Qian Zhang / Bjoern Peters / Georgia D Tomaras / Timothy Germann / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Antibody-based therapeutics and vaccines are essential to combat COVID-19 morbidity and mortality after severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. Multiple mutations in ...Antibody-based therapeutics and vaccines are essential to combat COVID-19 morbidity and mortality after severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. Multiple mutations in SARS-CoV-2 that could impair antibody defenses propagated in human-to-human transmission and spillover or spillback events between humans and animals. To develop prevention and therapeutic strategies, we formed an international consortium to map the epitope landscape on the SARS-CoV-2 spike protein, defining and structurally illustrating seven receptor binding domain (RBD)–directed antibody communities with distinct footprints and competition profiles. Pseudovirion-based neutralization assays reveal spike mutations, individually and clustered together in variants, that affect antibody function among the communities. Key classes of RBD-targeted antibodies maintain neutralization activity against these emerging SARS-CoV-2 variants. These results provide a framework for selecting antibody treatment cocktails and understanding how viral variants might affect antibody therapeutic efficacy.
履歴
登録2021年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年11月3日-
現状2021年11月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24336.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈186
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 555. Å		1.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 555. Å		1.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 555. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-1.1863307 - 3.4154613
平均 (標準偏差)-0.017052189 (±0.17247207)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 555.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.851.851.85
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z555.000555.000555.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.1863.415-0.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The complex of SARS-CoV-2 Spike and CoVIC-186 IgG

全体名称: The complex of SARS-CoV-2 Spike and CoVIC-186 IgG
要素
  • 複合体: The complex of SARS-CoV-2 Spike and CoVIC-186 IgG

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超分子 #1: The complex of SARS-CoV-2 Spike and CoVIC-186 IgG

超分子名称: The complex of SARS-CoV-2 Spike and CoVIC-186 IgG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55011
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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