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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24226 | |||||||||
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タイトル | Mouse norovirus (MNV-1) capsid at pH 7.5 | |||||||||
マップデータ | Mouse norovirus at pH 7.5 | |||||||||
試料 |
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キーワード | norovirus / mouse / pH 7.5 / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / metal ion binding / Capsid protein VP1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Smith TJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Multiple Signals in the Gut Contract the Mouse Norovirus Capsid To Block Antibody Binding While Enhancing Receptor Affinity. 著者: Alexis N Williams / Michael B Sherman / Hong Q Smith / Stefan Taube / B Montgomery Pettitt / Christiane E Wobus / Thomas J Smith / 要旨: Human norovirus is the leading cause of gastroenteritis worldwide, with no approved vaccine or antiviral treatment to mitigate infection. These plus-strand RNA viruses have T = 3 icosahedral ...Human norovirus is the leading cause of gastroenteritis worldwide, with no approved vaccine or antiviral treatment to mitigate infection. These plus-strand RNA viruses have T = 3 icosahedral protein capsids with 90 pronounced protruding (P) domain dimers, to which antibodies and cellular receptors bind. We previously demonstrated that bile binding to the capsid of mouse norovirus (MNV) causes several major conformational changes; the entire P domain rotates by ∼90° and contracts onto the shell, the P domain dimers rotate about each other, and the structural equilibrium of the epitopes at the top of the P domain shifts toward the closed conformation, which favors receptor binding while blocking antibody binding. Here, we demonstrate that MNV undergoes reversible conformational changes at pH 5.0 that are nearly identical to those observed when bile binds. Notably, at low pH or when metals bind, a cluster of acidic resides in the G'-H' loop interact and distort the G'-H' loop, and this may drive C'-D' loop movement toward the closed conformation. Enzyme-linked immunosorbent assays with infectious virus particles at low pH or in the presence of metals demonstrated that all tested antibodies do not bind to this contracted form, akin to what was observed with the MNV-bile complex. Therefore, low pH, cationic metals, and bile salts are physiological triggers in the gut for P domain contraction and structural rearrangement, which synergistically prime the virus for receptor binding while blocking antibody binding. The protruding domains on the calicivirus capsids are recognized by cell receptors and antibodies. We demonstrated that MNV P domains are highly mobile, and bile causes contraction onto the shell surface while allosterically blocking antibody binding. We present the near-atomic cryo-electron microscopy structures of infectious MNV at pH 5.0 and pH 7.5. Surprisingly, low pH is sufficient to cause the same conformational changes as when bile binds. A cluster of acidic residues on the G'-H' loop were most likely involved in the pH effects. These residues also bound divalent cations and had the same conformation as observed here at pH 5. Binding assays demonstrated that low pH and metals block antibody binding, and thus the G'-H' loop might be driving the conformational changes. Therefore, low pH, cationic metals, and bile salts in the gut synergistically prime the virus for receptor binding while blocking antibody binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24226.map.gz | 433.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24226-v30.xml emd-24226.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24226.png | 208.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24226.cif.gz | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24226 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24226 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24226_validation.pdf.gz | 521.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24226_full_validation.pdf.gz | 520.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24226_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24226_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24226 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24226 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 909.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mouse norovirus at pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Murine norovirus 1
全体 | 名称: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Murine norovirus 1
超分子 | 名称: Murine norovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Grown in mouse BV2 cell line / NCBI-ID: 223997 / 生物種: Murine norovirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) |
分子量 | 理論値: 58.70066 KDa |
配列 | 文字列: MRMSDGAAPK ANGSEASGQD LVPAAVEQAV PIQPVAGAAL AAPAAGQINQ IDPWIFQNFV QCPLGEFSIS PRNTPGEILF DLALGPGLN PYLAHLSAMY TGWVGNMEVQ LVLAGNAFTA GKVVVALVPP YFPKGSLTTA QITCFPHVMC DVRTLEPIQL P LLDVRRVL ...文字列: MRMSDGAAPK ANGSEASGQD LVPAAVEQAV PIQPVAGAAL AAPAAGQINQ IDPWIFQNFV QCPLGEFSIS PRNTPGEILF DLALGPGLN PYLAHLSAMY TGWVGNMEVQ LVLAGNAFTA GKVVVALVPP YFPKGSLTTA QITCFPHVMC DVRTLEPIQL P LLDVRRVL WHATQDQEES MRLVCMLYTP LRTNSPGDES FVVSGRLLSK PAADFNFVYL TPPIERTIYR MVDLPVIQPR LC THARWPA PVYGLLVDPS LPSNPQWQNG RVHVDGTLLG TTPISGSWVS CFAAEAAYKF QSGTGEVATF TLIEQDGSAY VPG DRAAPL GYPDFSGQLE IEVQTETTKT GDKLKVTTFE MILGPTTNAD QAPYQGRVFA SVTAAASLDL VDGRVRAVPR SIYG FQDTI PEYNDGLLVP LAPPIGPFLP GEVLLRFRTY MRQIDTADAA AEAIDCALPQ EFVSWFASNA FTVQSEALLL RYRNT LTGQ LLFECKLYNE GYIALSYSGS GPLTFPTDGI FEVVSWVPRL YQLASVGSLA TGRMLKQ UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM citrate, 25 mM phosphate, pH 7.5, 100 mM NaCl |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 145347 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |