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- EMDB-24185: Structure of AtAtm3 in the outward-facing conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24185
タイトルStructure of AtAtm3 in the outward-facing conformation
マップデータAtAtm3 in the outward-facing conformation
試料
  • 複合体: AtAtm3 in detergent
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 25, mitochondrial
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: VANADATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードABC transporter / ATPase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chlorophyll biosynthetic process / chloroplast organization / pollen development / root development / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / regulation of catalytic activity / chloroplast envelope / plastid / chromosome organization / ABC-type transporter activity ...regulation of chlorophyll biosynthetic process / chloroplast organization / pollen development / root development / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / regulation of catalytic activity / chloroplast envelope / plastid / chromosome organization / ABC-type transporter activity / response to cadmium ion / chloroplast / response to lead ion / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter B family member 25, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Fan C / Rees DC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Glutathione binding to the plant Atm3 transporter and implications for the conformational coupling of ABC transporters.
著者: Chengcheng Fan / Douglas C Rees /
要旨: The ATP binding cassette (ABC) transporter of mitochondria (Atm) from (Atm3) has been implicated in the maturation of cytosolic iron-sulfur proteins and heavy metal detoxification, plausibly by ...The ATP binding cassette (ABC) transporter of mitochondria (Atm) from (Atm3) has been implicated in the maturation of cytosolic iron-sulfur proteins and heavy metal detoxification, plausibly by exporting glutathione derivatives. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined four structures of Atm3 in three different conformational states: two inward-facing conformations (with and without bound oxidized glutathione [GSSG]), together with closed and outward-facing states stabilized by MgADP-VO. These structures not only provide a structural framework for defining the alternating access transport cycle, but also reveal the paucity of cysteine residues in the glutathione binding site that could potentially form inhibitory mixed disulfides with GSSG. Despite extensive efforts, we were unable to prepare the ternary complex of Atm3 containing both GSSG and MgATP. A survey of structurally characterized type IV ABC transporters that includes Atm3 establishes that while nucleotides are found associated with all conformational states, they are effectively required to stabilize occluded, closed, and outward-facing conformations. In contrast, transport substrates have only been observed associated with inward-facing conformations. The absence of structures with dimerized nucleotide binding domains containing both nucleotide and transport substrate suggests that this form of the ternary complex exists only transiently during the transport cycle.
履歴
登録2021年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24185.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AtAtm3 in the outward-facing conformation
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.4671436 - 0.7121018
平均 (標準偏差)0.001353221 (±0.018869994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 256.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: AtAtm3 in the outward-facing conformation

ファイルemd_24185_half_map_1.map
注釈AtAtm3 in the outward-facing conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: AtAtm3 in the outward-facing conformation

ファイルemd_24185_half_map_2.map
注釈AtAtm3 in the outward-facing conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AtAtm3 in detergent

全体名称: AtAtm3 in detergent
要素
  • 複合体: AtAtm3 in detergent
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 25, mitochondrial
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: VANADATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: AtAtm3 in detergent

超分子名称: AtAtm3 in detergent / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: ABC transporter B family member 25, mitochondrial

分子名称: ABC transporter B family member 25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 81.793344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSRGSRFVRA PGLLLCRVNL QPQPKIPSFS YSLRSDYRLH NGFSNYIRRN SIRTSPVINA FLSDNSPSPS PSPSPIRFVQ RSSMLNGRL FSTSTPNPDQ TTTKTKEIKT TSSDSDSAMA DMKILRTLAG YLWMRDNPEF RFRVIAALGF LVGAKVLNVQ V PFLFKLAV ...文字列:
MSRGSRFVRA PGLLLCRVNL QPQPKIPSFS YSLRSDYRLH NGFSNYIRRN SIRTSPVINA FLSDNSPSPS PSPSPIRFVQ RSSMLNGRL FSTSTPNPDQ TTTKTKEIKT TSSDSDSAMA DMKILRTLAG YLWMRDNPEF RFRVIAALGF LVGAKVLNVQ V PFLFKLAV DWLASATGTG ASLTTFAATN PTLLTVFATP AAVLIGYGIA RTGSSAFNEL RTAVFSKVAL RTIRSVSRKV FS HLHDLDL RYHLSRETGG LNRIIDRGSR AINFILSAMV FNVVPTILEI SMVSGILAYK FGAAFAWITS LSVGSYIVFT LAV TQWRTK FRKAMNKADN DASTRAIDSL INYETVKYFN NEGYEAEKYD QFLKKYEDAA LQTQRSLAFL NFGQSIIFST ALST AMVLC SQGIMNGQMT VGDLVMVNGL LFQLSLPLNF LGSVYRETIQ SLVDMKSMFQ LLEEKSDITN TSDAKPLVLK GGNIE FENV HFSYLPERKI LDGISFVVPA GKSVAIVGTS GSGKSTILRM LFRFFDTDSG NIRIDGQDIK EVRLDSLRSS IGVVPQ DTV LFNDTIFHNI HYGRLSATEE EVYEAARRAA IHETISNFPD KYSTIVGERG LKLSGGEKQR VALARTFLKS PAILLCD EA TSALDSTTEA EILNALKALA SNRTSIFIAH RLTTAMQCDE IVVLENGKVV EQGPHDELLG KSGRYAQLWT QQNSSVDM L DAAIKLEAAA LEHHHHHH

UniProtKB: ABC transporter B family member 25, mitochondrial

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: VANADATE ION

分子名称: VANADATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: VO4
分子量理論値: 114.939 Da
Chemical component information

ChemComp-VN3:
VANADATE ION

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMTris
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5631 / 平均露光時間: 2.7 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1675302
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6par

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 103161
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6par


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 49
得られたモデル

PDB-7n5b:
Structure of AtAtm3 in the outward-facing conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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