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万見- EMDB-24183: Structure of AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24183 | |||||||||
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タイトル | Structure of AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound | |||||||||
マップデータ | AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound | |||||||||
試料 |
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キーワード | ATPase / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chlorophyll biosynthetic process / chloroplast organization / pollen development / root development / regulation of catalytic activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / chloroplast envelope / plastid / ABC-type transporter activity / chromosome organization ...regulation of chlorophyll biosynthetic process / chloroplast organization / pollen development / root development / regulation of catalytic activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / chloroplast envelope / plastid / ABC-type transporter activity / chromosome organization / response to cadmium ion / chloroplast / response to lead ion / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan C / Rees DC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Glutathione binding to the plant Atm3 transporter and implications for the conformational coupling of ABC transporters. 著者: Chengcheng Fan / Douglas C Rees / 要旨: The ATP binding cassette (ABC) transporter of mitochondria (Atm) from (Atm3) has been implicated in the maturation of cytosolic iron-sulfur proteins and heavy metal detoxification, plausibly by ...The ATP binding cassette (ABC) transporter of mitochondria (Atm) from (Atm3) has been implicated in the maturation of cytosolic iron-sulfur proteins and heavy metal detoxification, plausibly by exporting glutathione derivatives. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined four structures of Atm3 in three different conformational states: two inward-facing conformations (with and without bound oxidized glutathione [GSSG]), together with closed and outward-facing states stabilized by MgADP-VO. These structures not only provide a structural framework for defining the alternating access transport cycle, but also reveal the paucity of cysteine residues in the glutathione binding site that could potentially form inhibitory mixed disulfides with GSSG. Despite extensive efforts, we were unable to prepare the ternary complex of Atm3 containing both GSSG and MgATP. A survey of structurally characterized type IV ABC transporters that includes Atm3 establishes that while nucleotides are found associated with all conformational states, they are effectively required to stabilize occluded, closed, and outward-facing conformations. In contrast, transport substrates have only been observed associated with inward-facing conformations. The absence of structures with dimerized nucleotide binding domains containing both nucleotide and transport substrate suggests that this form of the ternary complex exists only transiently during the transport cycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24183.map.gz | 97 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24183-v30.xml emd-24183.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24183.png | 88.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24183.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_24183_half_map_1.map.gz emd_24183_half_map_2.map.gz | 95.3 MB 95.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24183 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24183 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24183_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24183_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24183_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24183_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24183 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24183 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound
ファイル | emd_24183_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound
ファイル | emd_24183_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | AtAtm3 in the inward-facing conformation with GSSG bound | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AtAtm3 in detergent
全体 | 名称: AtAtm3 in detergent |
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要素 |
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-超分子 #1: AtAtm3 in detergent
超分子 | 名称: AtAtm3 in detergent / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: ABC transporter B family member 25, mitochondrial
分子 | 名称: ABC transporter B family member 25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 81.793344 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSRGSRFVRA PGLLLCRVNL QPQPKIPSFS YSLRSDYRLH NGFSNYIRRN SIRTSPVINA FLSDNSPSPS PSPSPIRFVQ RSSMLNGRL FSTSTPNPDQ TTTKTKEIKT TSSDSDSAMA DMKILRTLAG YLWMRDNPEF RFRVIAALGF LVGAKVLNVQ V PFLFKLAV ...文字列: MSRGSRFVRA PGLLLCRVNL QPQPKIPSFS YSLRSDYRLH NGFSNYIRRN SIRTSPVINA FLSDNSPSPS PSPSPIRFVQ RSSMLNGRL FSTSTPNPDQ TTTKTKEIKT TSSDSDSAMA DMKILRTLAG YLWMRDNPEF RFRVIAALGF LVGAKVLNVQ V PFLFKLAV DWLASATGTG ASLTTFAATN PTLLTVFATP AAVLIGYGIA RTGSSAFNEL RTAVFSKVAL RTIRSVSRKV FS HLHDLDL RYHLSRETGG LNRIIDRGSR AINFILSAMV FNVVPTILEI SMVSGILAYK FGAAFAWITS LSVGSYIVFT LAV TQWRTK FRKAMNKADN DASTRAIDSL INYETVKYFN NEGYEAEKYD QFLKKYEDAA LQTQRSLAFL NFGQSIIFST ALST AMVLC SQGIMNGQMT VGDLVMVNGL LFQLSLPLNF LGSVYRETIQ SLVDMKSMFQ LLEEKSDITN TSDAKPLVLK GGNIE FENV HFSYLPERKI LDGISFVVPA GKSVAIVGTS GSGKSTILRM LFRFFDTDSG NIRIDGQDIK EVRLDSLRSS IGVVPQ DTV LFNDTIFHNI HYGRLSATEE EVYEAARRAA IHETISNFPD KYSTIVGERG LKLSGGEKQR VALARTFLKS PAILLCD EA TSALDSTTEA EILNALKALA SNRTSIFIAH RLTTAMQCDE IVVLENGKVV EQGPHDELLG KSGRYAQLWT QQNSSVDM L DAAIKLEAAA LEHHHHHH UniProtKB: ABC transporter B family member 25, mitochondrial |
-分子 #2: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE
分子 | 名称: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GDS |
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分子量 | 理論値: 612.631 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6426 / 平均露光時間: 2.7 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |