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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24139 | |||||||||
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タイトル | PS3 F1-ATPase Catalytic Dwell | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus sp. (strain PS3) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Sobti M / Ueno H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: The six steps of the complete F-ATPase rotary catalytic cycle. 著者: Meghna Sobti / Hiroshi Ueno / Hiroyuki Noji / Alastair G Stewart / 要旨: FF ATP synthase interchanges phosphate transfer energy and proton motive force via a rotary catalysis mechanism. Isolated F-ATPase catalytic cores can hydrolyze ATP, passing through six intermediate ...FF ATP synthase interchanges phosphate transfer energy and proton motive force via a rotary catalysis mechanism. Isolated F-ATPase catalytic cores can hydrolyze ATP, passing through six intermediate conformational states to generate rotation of their central γ-subunit. Although previous structural studies have contributed greatly to understanding rotary catalysis in the F-ATPase, the structure of an important conformational state (the binding-dwell) has remained elusive. Here, we exploit temperature and time-resolved cryo-electron microscopy to determine the structure of the binding- and catalytic-dwell states of Bacillus PS3 F-ATPase. Each state shows three catalytic β-subunits in different conformations, establishing the complete set of six states taken up during the catalytic cycle and providing molecular details for both the ATP binding and hydrolysis strokes. We also identify a potential phosphate-release tunnel that indicates how ADP and phosphate binding are coordinated during synthesis. Overall these findings provide a structural basis for the entire F-ATPase catalytic cycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24139.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24139-v30.xml emd-24139.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24139.png | 57.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24139 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24139 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24139_validation.pdf.gz | 365.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24139_full_validation.pdf.gz | 364.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24139_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24139_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24139 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24139 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PS3 F1-ATPase Hydrolysis Dwell
全体 | 名称: PS3 F1-ATPase Hydrolysis Dwell |
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要素 |
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-超分子 #1: PS3 F1-ATPase Hydrolysis Dwell
超分子 | 名称: PS3 F1-ATPase Hydrolysis Dwell / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. (strain PS3) (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 340916 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |