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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24075 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody LP5 Fab in complex with SARS-CoV-2 S2P spike | |||||||||
マップデータ | NTD-directed neutralizing antibody LP5 Fab in complex with SARS-CoV-2 S2P spike | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Reddem ER / Casner RG / Shapiro L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: AIChE J / 年: 2021 タイトル: Antibody screening at reduced pH enables preferential selection of potently neutralizing antibodies targeting SARS-CoV-2. 著者: Bharat Madan / Eswar R Reddem / Pengfei Wang / Ryan G Casner / Manoj S Nair / Yaoxing Huang / Ahmed S Fahad / Matheus Oliveira de Souza / Bailey B Banach / Sheila N López Acevedo / Xiaoli ...著者: Bharat Madan / Eswar R Reddem / Pengfei Wang / Ryan G Casner / Manoj S Nair / Yaoxing Huang / Ahmed S Fahad / Matheus Oliveira de Souza / Bailey B Banach / Sheila N López Acevedo / Xiaoli Pan / Rajani Nimrania / I-Ting Teng / Fabiana Bahna / Tongqing Zhou / Baoshan Zhang / Michael T Yin / David D Ho / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / Brandon J DeKosky / 要旨: Antiviral monoclonal antibody (mAb) discovery enables the development of antibody-based antiviral therapeutics. Traditional antiviral mAb discovery relies on affinity between antibody and a viral ...Antiviral monoclonal antibody (mAb) discovery enables the development of antibody-based antiviral therapeutics. Traditional antiviral mAb discovery relies on affinity between antibody and a viral antigen to discover potent neutralizing antibodies, but these approaches are inefficient because many high affinity mAbs have no neutralizing activity. We sought to determine whether screening for anti-SARS-CoV-2 mAbs at reduced pH could provide more efficient neutralizing antibody discovery. We mined the antibody response of a convalescent COVID-19 patient at both physiological pH (7.4) and reduced pH (4.5), revealing that SARS-CoV-2 neutralizing antibodies were preferentially enriched in pH 4.5 yeast display sorts. Structural analysis revealed that a potent new antibody called LP5 targets the SARS-CoV-2 N-terminal domain supersite via a unique binding recognition mode. Our data combine with evidence from prior studies to support antibody screening at pH 4.5 to accelerate antiviral neutralizing antibody discovery. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24075.map.gz | 169.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24075-v30.xml emd-24075.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24075.png | 32.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24075 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24075 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24075_validation.pdf.gz | 404.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24075_full_validation.pdf.gz | 403.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24075_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24075_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24075 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24075 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7mxpMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | NTD-directed neutralizing antibody LP5 Fab in complex with SARS-CoV-2 S2P spike | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with LP5 Fab
全体 | 名称: Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with LP5 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with LP5 Fab
超分子 | 名称: Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with LP5 Fab タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: Spike glycoprotein
超分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: LP5 Heavy chain, LP5 Light chain
超分子 | 名称: LP5 Heavy chain, LP5 Light chain / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.4615 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGVE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: LP5 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: LP5 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.263756 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWYDGSNKFY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMTSLRAE DTAVYYCARA DYGDFFFDYW GQGTLVTVSS |
-分子 #3: LP5 Fab Light Chain
分子 | 名称: LP5 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.445481 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDALSKH YGYWYQQKPG QAPVLVIFKD SERPSGIPER FSGSSSGTTI TLTVSGVQAE DEADYYCQS ADSSATYWVF GGGTKLTV |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 28 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96531 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |