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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23901 | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli RNA polymerase elongation complex | |||||||||
マップデータ | RNA polymerase elongation complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNAP recycling / RapA / Post-Termination Complex / PTC / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Qayyum MZ / Murakami KS | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021 タイトル: Structural basis of RNA polymerase recycling by the Swi2/Snf2 family of ATPase RapA in Escherichia coli. 著者: M Zuhaib Qayyum / Vadim Molodtsov / Andrew Renda / Katsuhiko S Murakami / 要旨: After transcription termination, cellular RNA polymerases (RNAPs) are occasionally trapped on DNA, impounded in an undefined post-termination complex (PTC), limiting the free RNAP pool and ...After transcription termination, cellular RNA polymerases (RNAPs) are occasionally trapped on DNA, impounded in an undefined post-termination complex (PTC), limiting the free RNAP pool and subsequently leading to inefficient transcription. In Escherichia coli, a Swi2/Snf2 family of ATPase called RapA is known to be involved in countering such inefficiency through RNAP recycling; however, the precise mechanism of this recycling is unclear. To better understand its mechanism, here we determined the structures of two sets of E. coli RapA-RNAP complexes, along with the RNAP core enzyme and the elongation complex, using cryo-EM. These structures revealed the large conformational changes of RNAP and RapA upon their association that has been implicated in the hindrance of PTC formation. Our results along with DNA-binding assays reveal that although RapA binds RNAP away from the DNA-binding main channel, its binding can allosterically close the RNAP clamp, thereby preventing its nonspecific DNA binding and PTC formation. Taken together, we propose that RapA acts as a guardian of RNAP by which RapA prevents nonspecific DNA binding of RNAP without affecting the binding of promoter DNA recognition σ factor, thereby enhancing RNAP recycling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23901.map.gz | 62.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23901-v30.xml emd-23901.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23901.png | 49.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23901.cif.gz | 7.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23901 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23901 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23901_validation.pdf.gz | 567.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23901_full_validation.pdf.gz | 567.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23901_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23901_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23901 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23901 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RNA polymerase elongation complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli RNA polymerase elongation complex
+超分子 #1: Escherichia coli RNA polymerase elongation complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: DNA (29-MER)
+分子 #7: DNA (29-MER)
+分子 #6: RNA (20-MER)
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: ZINC ION
+分子 #10: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}pho...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 256565 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |