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- EMDB-23868: Human N-type voltage-gated calcium channel Cav2.2 at 3.1 Angstrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23868
タイトルHuman N-type voltage-gated calcium channel Cav2.2 at 3.1 Angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Cav2.2
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / NCAM1 interactions ...regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / NCAM1 interactions / calcium ion transport into cytosol / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / neuronal dense core vesicle / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of calcium ion transport / response to amyloid-beta / calcium channel regulator activity / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / sarcoplasmic reticulum / Regulation of insulin secretion / protein localization to plasma membrane / modulation of chemical synaptic transmission / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / amyloid-beta binding / T cell receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / neuronal cell body / synapse / calcium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, N-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd ...Voltage-dependent calcium channel, N-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yan N / Gao S / Yao X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM130762 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure of human Ca2.2 channel blocked by the painkiller ziconotide.
著者: Shuai Gao / Xia Yao / Nieng Yan /
要旨: The neuronal-type (N-type) voltage-gated calcium (Ca) channels, which are designated Ca2.2, have an important role in the release of neurotransmitters. Ziconotide is a Ca2.2-specific peptide pore ...The neuronal-type (N-type) voltage-gated calcium (Ca) channels, which are designated Ca2.2, have an important role in the release of neurotransmitters. Ziconotide is a Ca2.2-specific peptide pore blocker that has been clinically used for treating intractable pain. Here we present cryo-electron microscopy structures of human Ca2.2 (comprising the core α1 and the ancillary α2δ-1 and β3 subunits) in the presence or absence of ziconotide. Ziconotide is thoroughly coordinated by helices P1 and P2, which support the selectivity filter, and the extracellular loops (ECLs) in repeats II, III and IV of α1. To accommodate ziconotide, the ECL of repeat III and α2δ-1 have to tilt upward concertedly. Three of the voltage-sensing domains (VSDs) are in a depolarized state, whereas the VSD of repeat II exhibits a down conformation that is stabilized by Ca2-unique intracellular segments and a phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate molecule. Our studies reveal the molecular basis for Ca2.2-specific pore blocking by ziconotide and establish the framework for investigating electromechanical coupling in Ca channels.
履歴
登録2021年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2021年8月18日-
現状2021年8月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7miy
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23868.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.023 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.10476063 - 0.1651723
平均 (標準偏差)1.250235e-05 (±0.0054037846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 311.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1141.1141.114
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z311.920311.920311.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1050.1650.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cav2.2

全体名称: Cav2.2
要素
  • 複合体: Cav2.2
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

+
超分子 #1: Cav2.2

超分子名称: Cav2.2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B

分子名称: Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 262.831781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVRFGDELGG RYGGPGGGER ARGGGAGGAG GPGPGGLQPG QRVLYKQSIA QRARTMALYN PIPVKQNCFT VNRSLFVFSE DNVVRKYAK RITEWPPFEY MILATIIANC IVLALEQHLP DGDKTPMSER LDDTEPYFIG IFCFEAGIKI IALGFVFHKG S YLRNGWNV ...文字列:
MVRFGDELGG RYGGPGGGER ARGGGAGGAG GPGPGGLQPG QRVLYKQSIA QRARTMALYN PIPVKQNCFT VNRSLFVFSE DNVVRKYAK RITEWPPFEY MILATIIANC IVLALEQHLP DGDKTPMSER LDDTEPYFIG IFCFEAGIKI IALGFVFHKG S YLRNGWNV MDFVVVLTGI LATAGTDFDL RTLRAVRVLR PLKLVSGIPS LQVVLKSIMK AMVPLLQIGL LLFFAILMFA II GLEFYMG KFHKACFPNS TDAEPVGDFP CGKEAPARLC EGDTECREYW PGPNFGITNF DNILFAILTV FQCITMEGWT DIL YNTNDA AGNTWNWLYF IPLIIIGSFF MLNLVLGVLS GEFAKERERV ENRRAFLKLR RQQQIERELN GYLEWIFKAE EVML AEEDR NAEEKSPLDV LKRAATKKSR NDLIHAEEGE DRFADLCAVG SPFARASLKS GKTESSSYFR RKEKMFRFFI RRMVK AQSF YWVVLCVVAL NTLCVAMVHY NQPRRLTTTL YFAEFVFLGL FLTEMSLKMY GLGPRSYFRS SFNCFDFGVI VGSVFE VVW AAIKPGSSFG ISVLRALRLL RIFKVTKYWS SLRNLVVSLL NSMKSIISLL FLLFLFIVVF ALLGMQLFGG QFNFQDE TP TTNFDTFPAA ILTVFQILTG EDWNAVMYHG IESQGGVSKG MFSSFYFIVL TLFGNYTLLN VFLAIAVDNL ANAQELTK D EEEMEEAANQ KLALQKAKEV AEVSPMSAAN ISIAARQQNS AKARSVWEQR ASQLRLQNLR ASCEALYSEM DPEERLRFA TTRHLRPDMK THLDRPLVVE LGRDGARGPV GGKARPEAAE APEGVDPPRR HHRHRDKDKT PAAGDQDRAE APKAESGEPG AREERPRPH RSHSKEAAGP PEARSERGRG PGPEGGRRHH RRGSPEEAAE REPRRHRAHR HQDPSKECAG AKGERRARHR G GPRAGPRE AESGEEPARR HRARHKAQPA HEAVEKETTE KEATEKEAEI VEADKEKELR NHQPREPHCD LETSGTVTVG PM HTLPSTC LQKVEEQPED ADNQRNVTRM GSQPPDPNTI VHIPVMLTGP LGEATVVPSG NVDLESQAEG KKEVEADDVM RSG PRPIVP YSSMFCLSPT NLLRRFCHYI VTMRYFEVVI LVVIALSSIA LAAEDPVRTD SPRNNALKYL DYIFTGVFTF EMVI KMIDL GLLLHPGAYF RDLWNILDFI VVSGALVAFA FSGSKGKDIN TIKSLRVLRV LRPLKTIKRL PKLKAVFDCV VNSLK NVLN ILIVYMLFMF IFAVIAVQLF KGKFFYCTDE SKELERDCRG QYLDYEKEEV EAQPRQWKKY DFHYDNVLWA LLTLFT VST GEGWPMVLKH SVDATYEEQG PSPGYRMELS IFYVVYFVVF PFFFVNIFVA LIIITFQEQG DKVMSECSLE KNERACI DF AISAKPLTRY MPQNRQSFQY KTWTFVVSPP FEYFIMAMIA LNTVVLMMKF YDAPYEYELM LKCLNIVFTS MFSMECVL K IIAFGVLNYF RDAWNVFDFV TVLGSITDIL VTEIAETNNF INLSFLRLFR AARLIKLLRQ GYTIRILLWT FVQSFKALP YVCLLIAMLF FIYAIIGMQV FGNIALDDDT SINRHNNFRT FLQALMLLFR SATGEAWHEI MLSCLSNQAC DEQANATECG SDFAYFYFV SFIFLCSFLM LNLFVAVIMD NFEYLTRDSS ILGPHHLDEF IRVWAEYDPA ACGRISYNDM FEMLKHMSPP L GLGKKCPA RVAYKRLVRM NMPISNEDMT VHFTSTLMAL IRTALEIKLA PAGTKQHQCD AELRKEISVV WANLPQKTLD LL VPPHKPD EMTVGKVYAA LMIFDFYKQN KTTRDQMQQA PGGLSQMGPV SLFHPLKATL EQTQPAVLRG ARVFLRQKSS TSL SNGGAI QNQESGIKES VSWGTQRTQD APHEARPPLE RGHSTEIPVG RSGALAVDVQ MQSITRRGPD GEPQPGLESQ GRAA SMPRL AAETQPVTDA SPMKRSISTL AQRPRGTHLC STTPDRPPPS QASSHHHHHR CHRRRDRKQR SLEKGPSLSA DMDGA PSSA VGPGLPPGEG PTGCRRERER RQERGRSQER RQPSSSSSEK QRFYSCDRFG GREPPKPKPS LSSHPTSPTA GQEPGP HPQ GSGSVNGSPL LSTSGASTPG RGGRRQLPQT PLTPRPSITY KTANSSPIHF AGAQTSLPAF SPGRLSRGLS EHNALLQ RD PLSQPLAPGS RIGSDPYLGQ RLDSEASVHA LPEDTLTFEE AVATNSGRSS RTSYVSSLTS QSHPLRRVPN GYHCTLGL S SGGRARHSYH HPDQDHWC

+
分子 #2: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.607852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYDDSYVPGF EDSEAGSADS YTSRPSLDSD VSLEEDRESA RREVESQAQQ QLERAKHKPV AFAVRTNVSY CGVLDEECPV QGSGVNFEA KDFLHIKEKY SNDWWIGRLV KEGGDIAFIP SPQRLESIRL KQEQKARRSG NPSSLSDIGN RRSPPPSLAK Q KQKQAEHV ...文字列:
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+
分子 #3: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.692469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI ...文字列:
MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI PTDIYEGSTI VLNELNWTSA LDEVFKKNRE EDPSLLWQVF GSATGLARYY PASPWVDNSR TPNKIDLYDV RR RPWYIQG AASPKDMLIL VDVSGSVSGL TLKLIRTSVS EMLETLSDDD FVNVASFNSN AQDVSCFQHL VQANVRNKKV LKD AVNNIT AKGITDYKKG FSFAFEQLLN YNVSRANCNK IIMLFTDGGE ERAQEIFNKY NKDKKVRVFT FSVGQHNYDR GPIQ WMACE NKGYYYEIPS IGAIRINTQE YLDVLGRPMV LAGDKAKQVQ WTNVYLDALE LGLVITGTLP VFNITGQFEN KTNLK NQLI LGVMGVDVSL EDIKRLTPRF TLCPNGYYFA IDPNGYVLLH PNLQPKPIGV GIPTINLRKR RPNIQNPKSQ EPVTLD FLD AELENDIKVE IRNKMIDGES GEKTFRTLVK SQDERYIDKG NRTYTWTPVN GTDYSLALVL PTYSFYYIKA KLEETIT QA RYSETLKPDN FEESGYTFIA PRDYCNDLKI SDNNTEFLLN FNEFIDRKTP NNPSCNADLI NRVLLDAGFT NELVQNYW S KQKNIKGVKA RFVVTDGGIT RVYPKEAGEN WQENPETYED SFYKRSLDND NYVFTAPYFN KSGPGAYESG IMVSKAVEI YIQGKLLKPA VVGIKIDVNS WIENFTKTSI RDPCAGPVCD CKRNSDVMDC VILDDGGFLL MANHDDYTNQ IGRFFGEIDP SLMRHLVNI SVYAFNKSYD YQSVCEPGAA PKQGAGHRSA YVPSVADILQ IGWWATAAAW SILQQFLLSL TFPRLLEAVE M EDDDFTAS LSKQSCITEQ TQYFFDNDSK SFSGVLDCGN CSRIFHGEKL MNTNLIFIMV ESKGTCPCDT RLLIQAEQTS DG PNPCDMV KQPRYRKGPD VCFDNNVLED YTDCGGVSGL NPSLWYIIGI QFLLLWLVSG STHRLL

+
分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #9: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #10: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #11: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #12: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tr...

分子名称: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: PT5
分子量理論値: 1.047088 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 6 seconds before plunging.
詳細Cav2.2

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56615
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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