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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23703 | |||||||||
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タイトル | Full length alpha1 Glycine receptor in presence of 1mM Glycine | |||||||||
マップデータ | maps reconstructed independently each using half of the experimental data | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / central nervous system development / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / dendrite / synapse / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar A / Chakrapani S | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Mechanisms of activation and desensitization of full-length glycine receptor in lipid nanodiscs. 著者: Arvind Kumar / Sandip Basak / Shanlin Rao / Yvonne Gicheru / Megan L Mayer / Mark S P Sansom / Sudha Chakrapani / 要旨: Glycinergic synapses play a central role in motor control and pain processing in the central nervous system. Glycine receptors (GlyRs) are key players in mediating fast inhibitory neurotransmission ...Glycinergic synapses play a central role in motor control and pain processing in the central nervous system. Glycine receptors (GlyRs) are key players in mediating fast inhibitory neurotransmission at these synapses. While previous high-resolution structures have provided insights into the molecular architecture of GlyR, several mechanistic questions pertaining to channel function are still unanswered. Here, we present Cryo-EM structures of the full-length GlyR protein complex reconstituted into lipid nanodiscs that are captured in the unliganded (closed), glycine-bound (open and desensitized), and allosteric modulator-bound conformations. A comparison of these states reveals global conformational changes underlying GlyR channel gating and modulation. The functional state assignments were validated by molecular dynamics simulations, and the observed permeation events are in agreement with the anion selectivity and conductance of GlyR. These studies provide the structural basis for gating, ion selectivity, and single-channel conductance properties of GlyR in a lipid environment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23703.map.gz | 80.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23703-v30.xml emd-23703.xml | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23703_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23703.png | 58.6 KB | ||
その他 | emd_23703_additional_1.map.gz emd_23703_additional_2.map.gz emd_23703_half_map_1.map.gz emd_23703_half_map_2.map.gz | 96.5 MB 80.9 MB 80.8 MB 80.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23703 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23703 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23703_validation.pdf.gz | 671.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23703_full_validation.pdf.gz | 671.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23703_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23703_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23703 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23703 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7m6pMC 7m6mC 7m6nC 7m6oC 7m6qC 7m6rC 7m6sC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | maps reconstructed independently each using half of the experimental data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: postprocessing maps generated using half maps and softmask...
ファイル | emd_23703_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | postprocessing maps generated using half maps and softmask in relion 3.1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: maps generated in the final rounds of 3D-autorefinement in relion 3.1
ファイル | emd_23703_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | maps generated in the final rounds of 3D-autorefinement in relion 3.1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: maps reconstructed independently each using half of the...
ファイル | emd_23703_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | maps reconstructed independently each using half of the experimental data | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: maps reconstructed independently each using half of the...
ファイル | emd_23703_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | maps reconstructed independently each using half of the experimental data | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Glycine receptor subunit alpha Z1
全体 | 名称: Glycine receptor subunit alpha Z1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Glycine receptor subunit alpha Z1
超分子 | 名称: Glycine receptor subunit alpha Z1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 250 kDa/nm |
-分子 #1: Glycine receptor subunit alphaZ1
分子 | 名称: Glycine receptor subunit alphaZ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 50.821711 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN ...文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN FPMDVQTCIM QLESFGYTMN DLIFEWDEKG AVQVADGLTL PQFILKEEKD LRYCTKHYNT GKFTCIEARF HL ERQMGYY LIQMYIPSLL IVILSWVSFW INMDAAPARV GLGITTVLTM TTQSSGSRAS LPKVSYVKAI DIWMAVCLLF VFS ALLEYA AVNFIARQHK ELLRFQRRRR HLKEDEAGDG RFSFAAYGMG PACLQAKDGM AIKGNNNNAP TSTNPPEKTV EEMR KLFIS RAKRIDTVSR VAFPLVFLIF NIFYWITYKI IRSEDIHKQ |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #3: GLYCINE
分子 | 名称: GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: GLY |
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分子量 | 理論値: 75.067 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLY: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3.5 ul of 0.1 mg/ml protein solution was applied on a grid in the Vitrobot MkIV chamber set to 100% RH at 4 degC for 30s and then blotted for 2 s and plunged. | |||||||||
詳細 | Full length Zebrafish GlyR alpha1 homopentamer reconsituted in Nanodisc |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 9700 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |