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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23462 | |||||||||
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タイトル | Structure of CD4 mimetic BNM-III-170 in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer and 17b Fab | |||||||||
マップデータ | Map of BNM-III-170-BG505-17b Fab complex. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / apoptotic process / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Jette CA / Bjorkman PJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of HIV-1 trimer bound to CD4-mimetics BNM-III-170 and M48U1 adopt a CD4-bound open conformation. 著者: Claudia A Jette / Christopher O Barnes / Sharon M Kirk / Bruno Melillo / Amos B Smith / Pamela J Bjorkman / 要旨: Human immunodeficiency virus-1 (HIV-1), the causative agent of AIDS, impacts millions of people. Entry into target cells is mediated by the HIV-1 envelope (Env) glycoprotein interacting with host ...Human immunodeficiency virus-1 (HIV-1), the causative agent of AIDS, impacts millions of people. Entry into target cells is mediated by the HIV-1 envelope (Env) glycoprotein interacting with host receptor CD4, which triggers conformational changes allowing binding to a coreceptor and subsequent membrane fusion. Small molecule or peptide CD4-mimetic drugs mimic CD4's Phe43 interaction with Env by inserting into the conserved Phe43 pocket on Env subunit gp120. Here, we present single-particle cryo-EM structures of CD4-mimetics BNM-III-170 and M48U1 bound to a BG505 native-like Env trimer plus the CD4-induced antibody 17b at 3.7 Å and 3.9 Å resolution, respectively. CD4-mimetic-bound BG505 exhibits canonical CD4-induced conformational changes including trimer opening, formation of the 4-stranded gp120 bridging sheet, displacement of the V1V2 loop, and formation of a compact and elongated gp41 HR1C helical bundle. We conclude that CD4-induced structural changes on both gp120 and gp41 Env subunits are induced by binding to the gp120 Phe43 pocket. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23462.map.gz | 5.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23462-v30.xml emd-23462.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23462.png | 52.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23462 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23462 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23462_validation.pdf.gz | 337.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23462_full_validation.pdf.gz | 337.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23462_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23462_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23462 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23462 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of BNM-III-170-BG505-17b Fab complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.104 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of BG505 SOSIP.664 Env with CD4 mimetic BNM-III-170 and 1...
全体 | 名称: Complex of BG505 SOSIP.664 Env with CD4 mimetic BNM-III-170 and 17b Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of BG505 SOSIP.664 Env with CD4 mimetic BNM-III-170 and 1...
超分子 | 名称: Complex of BG505 SOSIP.664 Env with CD4 mimetic BNM-III-170 and 17b Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: 17b Fab
超分子 | 名称: 17b Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 詳細: Final reconstruction masked out the constant domain so only coordinates for the variable domain were modeled, but full Fab was used to assemble complex. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-超分子 #3: BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
超分子 | 名称: BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BG505 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-分子 #1: Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
分子 | 名称: Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.864086 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ...文字列: NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV MI RSENITN NAKNILVQFN TPVQINCTRP NNNTRKSIRI GPGQAFYATG DIIGDIRQAH CNVSKATWNE TLGKVVKQLR KHF GNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNSTWISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAM YAPPI QGVIRCVSNI TGLILTRDGG STNSTTETFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVVGRR RRRR |
-分子 #2: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
分子 | 名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: 17b Fab Light Chain
分子 | 名称: 17b Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.399898 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASESVS SDLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA RFSGSGSGAE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPPRYT FGQGTRLEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASESVS SDLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA RFSGSGSGAE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPPRYT FGQGTRLEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRG |
-分子 #4: 17b Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 17b Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.748771 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGAE VKKPGSSVKV SCKASGDTFI RYSFTWVRQA PGQGLEWMGR IITILDVAHY APHLQGRVTI TADKSTSTVY LELRNLRSD DTAVYFCAGV YEGEADEGEY DNNGFLKHWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: EVQLVESGAE VKKPGSSVKV SCKASGDTFI RYSFTWVRQA PGQGLEWMGR IITILDVAHY APHLQGRVTI TADKSTSTVY LELRNLRSD DTAVYFCAGV YEGEADEGEY DNNGFLKHWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDKHHHHH H |
-分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 27 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #10: ~{N}'-[(1~{R},2~{R})-2-(carbamimidamidomethyl)-5-(methylaminometh...
分子 | 名称: ~{N}'-[(1~{R},2~{R})-2-(carbamimidamidomethyl)-5-(methylaminomethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-~{N}-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)ethanediamide タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: 5VG |
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分子量 | 理論値: 446.906 Da |
Chemical component information | ChemComp-5VG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.4 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 662861 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |