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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of human SetD3 methyl-transferase in complex with 2A protease from Coxsackievirus B3 | |||||||||
![]() | From cryosparc 2 non uniform refinement job, final map, filtered by FSC (3.5A), sharpened with b-factor of 180. | |||||||||
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![]() | Methyltransferase / viral protease / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host transcription / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / positive regulation of muscle cell differentiation ...protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host transcription / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / positive regulation of muscle cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / PKMTs methylate histone lysines / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / actin binding / DNA replication / transcription coactivator activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / virion attachment to host cell / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Verba KA / Schulze-Gahmen U | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-function analysis of enterovirus protease 2A in complex with its essential host factor SETD3. 著者: Christine E Peters / Ursula Schulze-Gahmen / Manon Eckhardt / Gwendolyn M Jang / Jiewei Xu / Ernst H Pulido / Conner Bardine / Charles S Craik / Melanie Ott / Or Gozani / Kliment A Verba / ...著者: Christine E Peters / Ursula Schulze-Gahmen / Manon Eckhardt / Gwendolyn M Jang / Jiewei Xu / Ernst H Pulido / Conner Bardine / Charles S Craik / Melanie Ott / Or Gozani / Kliment A Verba / Ruth Hüttenhain / Jan E Carette / Nevan J Krogan / ![]() 要旨: Enteroviruses cause a number of medically relevant and widespread human diseases with no approved antiviral therapies currently available. Host-directed therapies present an enticing option for this ...Enteroviruses cause a number of medically relevant and widespread human diseases with no approved antiviral therapies currently available. Host-directed therapies present an enticing option for this diverse genus of viruses. We have previously identified the actin histidine methyltransferase SETD3 as a critical host factor physically interacting with the viral protease 2A. Here, we report the 3.5 Å cryo-EM structure of SETD3 interacting with coxsackievirus B3 2A at two distinct interfaces, including the substrate-binding surface within the SET domain. Structure-function analysis revealed that mutations of key residues in the SET domain resulted in severely reduced binding to 2A and complete protection from enteroviral infection. Our findings provide insight into the molecular basis of the SETD3-2A interaction and a framework for the rational design of host-directed therapeutics against enteroviruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 137 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7lmsMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | From cryosparc 2 non uniform refinement job, final map, filtered by FSC (3.5A), sharpened with b-factor of 180. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_23441_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_23441_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Coxsackievirus B3 2A protease and human SetD3 ...
全体 | 名称: Ternary complex of Coxsackievirus B3 2A protease and human SetD3 methyltransferase |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of Coxsackievirus B3 2A protease and human SetD3 ...
超分子 | 名称: Ternary complex of Coxsackievirus B3 2A protease and human SetD3 methyltransferase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 84 KDa |
-分子 #1: Protease 2A
分子 | 名称: Protease 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: Nancy |
分子量 | 理論値: 16.584482 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNAMGQQSGA VYVGNYRVVN RHLATSADWQ NCVWESYNRD LLVSTTTAHG CDIIARCQCT TGVYFCASKN KHYPISFEGP GLVEVQESE YYPRRYQSHV LLAAGFSEPG DAGGILRCEH GVIGIVTMGG EGVVGFADIR DLLWLEDDAM EQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Actin-histidine N-methyltransferase
分子 | 名称: Actin-histidine N-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-histidine N-methyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 67.483117 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNAGKKSRVK TQKSGTGATA TVSPKEILNL TSELLQKCSS PAPGPGKEWE EYVQIRTLVE KIRKKQKGLS VTFDGKREDY FPDLMKWAS ENGASVEGFE MVNFKEEGFG LRATRDIKAE ELFLWVPRKL LMTVESAKNS VLGPLYSQDR ILQAMGNIAL A FHLLCERA ...文字列: SNAGKKSRVK TQKSGTGATA TVSPKEILNL TSELLQKCSS PAPGPGKEWE EYVQIRTLVE KIRKKQKGLS VTFDGKREDY FPDLMKWAS ENGASVEGFE MVNFKEEGFG LRATRDIKAE ELFLWVPRKL LMTVESAKNS VLGPLYSQDR ILQAMGNIAL A FHLLCERA SPNSFWQPYI QTLPSEYDTP LYFEEDEVRY LQSTQAIHDV FSQYKNTARQ YAYFYKVIQT HPHANKLPLK DS FTYEDYR WAVSSVMTRQ NQIPTEDGSR VTLALIPLWD MCNHTNGLIT TGYNLEDDRC ECVALQDFRA GEQIYIFYGT RSN AEFVIH SGFFFDNNSH DRVKIKLGVS KSDRLYAMKA EVLARAGIPT SSVFALHFTE PPISAQLLAF LRVFCMTEEE LKEH LLGDS AIDRIFTLGN SEFPVSWDNE VKLWTFLEDR ASLLLKTYKT TIEEDKSVLK NHDLSVRAKM AIKLRLGEKE ILEKA VKSA AVNREYYRQQ MEEKAPLPKY EESNLGLLES SVGDSRLPLV LRNLEEEAGV QDALNIREAI SKAKATENGL VNGENS IPN GTRSENESLN QESKRAVEDA KGSSSDSTAG VKE UniProtKB: Actin-histidine N-methyltransferase |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子 | 名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SAH |
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分子量 | 理論値: 384.411 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SAH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.34 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 17mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1200 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 68.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-7lms: |