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万見
- EMDB-22979: Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungaroto... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22979
タイトルAlpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in a resting state.
マップデータAlpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in a resting state primary map
試料
  • 複合体: Complex between alpha-bungarotoxin and the human alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor
    • 複合体: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion
      • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion
    • 複合体: Alpha-bungarotoxin isoform V31
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-bungarotoxin isoform V31
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードCys-loop receptor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory processing / synaptic transmission involved in micturition / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / regulation of amyloid fibril formation / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity ...sensory processing / synaptic transmission involved in micturition / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / regulation of amyloid fibril formation / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / short-term memory / cation channel complex / ion channel regulator activity / dendritic spine organization / chloride channel regulator activity / acetylcholine binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor complex / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of protein metabolic process / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to amyloid-beta / monoatomic ion channel activity / ligand-gated ion channel signaling pathway / plasma membrane raft / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / toxic substance binding / monoatomic ion transport / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / response to nicotine / electron transport chain / synapse organization / calcium channel activity / cognition / memory / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / transmembrane signaling receptor activity / amyloid-beta binding / toxin activity / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to hypoxia / learning or memory / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / neuron projection / positive regulation of MAPK cascade / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / synapse / heme binding / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Nicotinic acetylcholine receptor / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain ...Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Nicotinic acetylcholine receptor / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7 / Alpha-bungarotoxin isoform V31
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Noviello CM / Hibbs RE
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS095899 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS077983 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structure and gating mechanism of the α7 nicotinic acetylcholine receptor.
著者: Colleen M Noviello / Anant Gharpure / Nuriya Mukhtasimova / Rico Cabuco / Leah Baxter / Dominika Borek / Steven M Sine / Ryan E Hibbs /
要旨: The α7 nicotinic acetylcholine receptor plays critical roles in the central nervous system and in the cholinergic inflammatory pathway. This ligand-gated ion channel assembles as a homopentamer, is ...The α7 nicotinic acetylcholine receptor plays critical roles in the central nervous system and in the cholinergic inflammatory pathway. This ligand-gated ion channel assembles as a homopentamer, is exceptionally permeable to Ca, and desensitizes faster than any other Cys-loop receptor. The α7 receptor has served as a prototype for the Cys-loop superfamily yet has proven refractory to structural analysis. We present cryo-EM structures of the human α7 nicotinic receptor in a lipidic environment in resting, activated, and desensitized states, illuminating the principal steps in the gating cycle. The structures also reveal elements that contribute to its function, including a C-terminal latch that is permissive for channel opening, and an anionic ring in the extracellular vestibule that contributes to its high conductance and calcium permeability. Comparisons among the α7 structures provide a foundation for mapping the gating cycle and reveal divergence in gating mechanisms in the Cys-loop receptor superfamily.
履歴
登録2020年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7koo
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22979.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in a resting state primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.224 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.224 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.224 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.079 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0132 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.12901723 - 0.2264349
平均 (標準偏差)0.00037004022 (±0.0051400177)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.224 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0791.0791.079
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.224276.224276.224
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ496496496
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1290.2260.000

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添付データ

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追加マップ: Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in...

ファイルemd_22979_additional_1.map
注釈Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in a resting state additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in...

ファイルemd_22979_half_map_1.map
注釈Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in a resting state half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in...

ファイルemd_22979_half_map_2.map
注釈Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to alpha-bungarotoxin in a resting state half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between alpha-bungarotoxin and the human alpha-7 nicotini...

全体名称: Complex between alpha-bungarotoxin and the human alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor
要素
  • 複合体: Complex between alpha-bungarotoxin and the human alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor
    • 複合体: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion
      • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion
    • 複合体: Alpha-bungarotoxin isoform V31
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-bungarotoxin isoform V31
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Complex between alpha-bungarotoxin and the human alpha-7 nicotini...

超分子名称: Complex between alpha-bungarotoxin and the human alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrom...

超分子名称: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Alpha-bungarotoxin isoform V31

超分子名称: Alpha-bungarotoxin isoform V31 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrom...

分子名称: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.832293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EFQRKLYKEL VKNYNPLERP VANDSQPLTV YFSLSLLQIM DVDEKNQVLT TNIWLQMSWT DHYLQWNVSE YPGVKTVRFP DGQIWKPDI LLYNSADERF DATFHTNVLV NSSGHCQYLP PGIFKSSCYI DVRWFPFDVQ HCKLKFGSWS YGGWSLDLQM Q EADISGYI ...文字列:
EFQRKLYKEL VKNYNPLERP VANDSQPLTV YFSLSLLQIM DVDEKNQVLT TNIWLQMSWT DHYLQWNVSE YPGVKTVRFP DGQIWKPDI LLYNSADERF DATFHTNVLV NSSGHCQYLP PGIFKSSCYI DVRWFPFDVQ HCKLKFGSWS YGGWSLDLQM Q EADISGYI PNGEWDLVGI PGKRSERFYE CCKEPYPDVT FTVTMRRRTL YYGLNLLIPC VLISALALLV FLLPADSGEK IS LGITVLL SLTVFMLLVA EIMPATSDSV PLIAQYFAST MIIVGLSVVV TVIVLQYHHH DPDGGKMPKW TRVILLNWCA WFL RMKRPG EDKVRPACQH KQRRCSLASV EMAGAMADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKL EDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLCGRMACS PTHDEHLLHG GQPPE GDPD LAKILEEVRY IANRFRCQDE SEAVCSEWKF AACVVDRLCL MAFSVFTIIC TIGILMSAPN FVEAVSKDFA WSHPQF EK

UniProtKB: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7, Soluble cytochrome b562, Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

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分子 #2: Alpha-bungarotoxin isoform V31

分子名称: Alpha-bungarotoxin isoform V31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
分子量理論値: 7.721973 KDa
配列文字列:
IVCHTTATSP ISAVTCPPGE NLCYRKMWCD VFCSSRGKVV ELGCAATCPS KKPYEEVTCC STDKCNPHPK Q

UniProtKB: Alpha-bungarotoxin isoform V31

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 792521
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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