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- EMDB-22914: Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22914
タイトルStructure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 protein decoy, CTC-445.2 (State 2)
マップデータfinal, non-uniform refined map
試料
  • 複合体: Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 stabilized 6P spike glycoprotein
    • 複合体: CTC-445.2 inhibitor
      • タンパク質・ペプチド: CTC-445.2 inhibitor
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Barnes CO / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-AI13893 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: De novo design of potent and resilient hACE2 decoys to neutralize SARS-CoV-2.
著者: Thomas W Linsky / Renan Vergara / Nuria Codina / Jorgen W Nelson / Matthew J Walker / Wen Su / Christopher O Barnes / Tien-Ying Hsiang / Katharina Esser-Nobis / Kevin Yu / Z Beau Reneer / ...著者: Thomas W Linsky / Renan Vergara / Nuria Codina / Jorgen W Nelson / Matthew J Walker / Wen Su / Christopher O Barnes / Tien-Ying Hsiang / Katharina Esser-Nobis / Kevin Yu / Z Beau Reneer / Yixuan J Hou / Tanu Priya / Masaya Mitsumoto / Avery Pong / Uland Y Lau / Marsha L Mason / Jerry Chen / Alex Chen / Tania Berrocal / Hong Peng / Nicole S Clairmont / Javier Castellanos / Yu-Ru Lin / Anna Josephson-Day / Ralph S Baric / Deborah H Fuller / Carl D Walkey / Ted M Ross / Ryan Swanson / Pamela J Bjorkman / Michael Gale / Luis M Blancas-Mejia / Hui-Ling Yen / Daniel-Adriano Silva /
要旨: We developed a de novo protein design strategy to swiftly engineer decoys for neutralizing pathogens that exploit extracellular host proteins to infect the cell. Our pipeline allowed the design, ...We developed a de novo protein design strategy to swiftly engineer decoys for neutralizing pathogens that exploit extracellular host proteins to infect the cell. Our pipeline allowed the design, validation, and optimization of de novo human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) decoys to neutralize severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The best monovalent decoy, CTC-445.2, bound with low nanomolar affinity and high specificity to the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) showed that the design is accurate and can simultaneously bind to all three RBDs of a single spike protein. Because the decoy replicates the spike protein target interface in hACE2, it is intrinsically resilient to viral mutational escape. A bivalent decoy, CTC-445.2d, showed ~10-fold improvement in binding. CTC-445.2d potently neutralized SARS-CoV-2 infection of cells in vitro, and a single intranasal prophylactic dose of decoy protected Syrian hamsters from a subsequent lethal SARS-CoV-2 challenge.
履歴
登録2020年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22914.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final, non-uniform refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 432 pix.
= 375.408 Å		0.87 Å/pix.
x 432 pix.
= 375.408 Å		0.87 Å/pix.
x 432 pix.
= 375.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.869 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.3537072 - 0.7524439
平均 (標準偏差)-0.00012195952 (±0.021820871)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 375.40802 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8690.8690.869
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.408375.408375.408
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-300-300
NX/NY/NZ600600600
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.3540.752-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin

全体名称: Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin
要素
  • 複合体: Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 stabilized 6P spike glycoprotein
    • 複合体: CTC-445.2 inhibitor
      • タンパク質・ペプチド: CTC-445.2 inhibitor

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超分子 #1: Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin

超分子名称: Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量実験値: 600 KDa

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超分子 #2: Spike glycoprotein

超分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: CTC-445.2 inhibitor

超分子名称: CTC-445.2 inhibitor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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分子 #1: SARS-CoV-2 stabilized 6P spike glycoprotein

分子名称: SARS-CoV-2 stabilized 6P spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIH VSGTNGTKRF DNPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI V NNATNVVI KVCEFQFCND PFLGVYYHKN NKSWMESEFR VYSSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIH VSGTNGTKRF DNPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI V NNATNVVI KVCEFQFCND PFLGVYYHKN NKSWMESEFR VYSSANNCTF EYVSQPFLMD LE GKQGNFK NLREFVFKNI DGYFKIYSKH TPINLVRDLP QGFSALEPLV DLPIGINITR FQT LLALHR SYLTPGDSSS GWTAGAAAYY VGYLQPRTFL LKYNENGTIT DAVDCALDPL SETK CTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFGEVFNAT RFASVYAWNR KRISN CVAD YSVLYNSASF STFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYADSFVIRG DEVRQIAPGQ TGKIAD YNY KLPDDFTGCV IAWNSNNLDS KVGGNYNYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGSTPC NG VEGFNCYFPL QSYGFQPTNG VGYQPYRVVV LSFELLHAPA TVCGPKKSTN LVKNKCVN F NFNGLTGTGV LTESNKKFLP FQQFGRDIAD TTDAVRDPQT LEILDITPCS FGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAG ICASYQTQTN SPGSASSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT I SVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QE VFAQVKQ IYKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSP IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDC LGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQI PFPM QMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNQN AQALN TLVK QLSSNFGAIS SVLNDILSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRA SAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QSAPHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPA IC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRNFYEP QIITTDNTFV SGNCDVVIGI VNNTVYDP L QPELDSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASVVNIQK EIDRLNEVAK NLNESLIDL QELGKYEQGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHH

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分子 #2: CTC-445.2 inhibitor

分子名称: CTC-445.2 inhibitor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
SAEIDLGKGD FREIRASEDA REAAEALAEA ARAMKEALEI IREIAEKLRD SSRASEAAKR IAKAIRKAAD AIAEAAKIA ARAAKDGDAA RNAENAARKA KEFAEEQAKL ADMYAELAKN GDKSSVLEQL KTFADKAFHE M EDRFYQAA LAVFEAAEAA AG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.02 MTris-HCLTris
0.12 MNaClSodium Chloride
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 0.2 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3s blot, 0 blot force.
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
詳細3x3 beam tilt collection
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2250 / 平均露光時間: 3.6 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 420998
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.14) / 使用した粒子像数: 47013
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.14)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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