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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22808 | |||||||||
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タイトル | Myosin XI-F-actin complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | myosin / actin / cytoskeleton / motor protein / CONTRACTILE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Striated Muscle Contraction / myosin complex / cytoskeletal motor activity / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...Striated Muscle Contraction / myosin complex / cytoskeletal motor activity / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin filament binding / calmodulin binding / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Chara corallina (オウシャジクモ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Gong R / Alushin GM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2021 タイトル: Optical control of fast and processive engineered myosins in vitro and in living cells. 著者: Paul V Ruijgrok / Rajarshi P Ghosh / Sasha Zemsky / Muneaki Nakamura / Rui Gong / Lin Ning / Robert Chen / Vipul T Vachharajani / Alexander E Chu / Namrata Anand / Raphael R Eguchi / Po-Ssu ...著者: Paul V Ruijgrok / Rajarshi P Ghosh / Sasha Zemsky / Muneaki Nakamura / Rui Gong / Lin Ning / Robert Chen / Vipul T Vachharajani / Alexander E Chu / Namrata Anand / Raphael R Eguchi / Po-Ssu Huang / Michael Z Lin / Gregory M Alushin / Jan T Liphardt / Zev Bryant / 要旨: Precision tools for spatiotemporal control of cytoskeletal motor function are needed to dissect fundamental biological processes ranging from intracellular transport to cell migration and division. ...Precision tools for spatiotemporal control of cytoskeletal motor function are needed to dissect fundamental biological processes ranging from intracellular transport to cell migration and division. Direct optical control of motor speed and direction is one promising approach, but it remains a challenge to engineer controllable motors with desirable properties such as the speed and processivity required for transport applications in living cells. Here, we develop engineered myosin motors that combine large optical modulation depths with high velocities, and create processive myosin motors with optically controllable directionality. We characterize the performance of the motors using in vitro motility assays, single-molecule tracking and live-cell imaging. Bidirectional processive motors move efficiently toward the tips of cellular protrusions in the presence of blue light, and can transport molecular cargo in cells. Robust gearshifting myosins will further enable programmable transport in contexts ranging from in vitro active matter reconstitutions to microfabricated systems that harness molecular propulsion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22808.map.gz | 282.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22808-v30.xml emd-22808.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22808_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22808.png | 72.4 KB | ||
マスクデータ | emd_22808_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-22808.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_22808_half_map_1.map.gz emd_22808_half_map_2.map.gz | 411.1 MB 411 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22808 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22808_validation.pdf.gz | 933.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22808_full_validation.pdf.gz | 932.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22808_validation.xml.gz | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22808_validation.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22808 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.096 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22808_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_22808_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_22808_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Myosin XI-F-actin complex
全体 | 名称: Myosin XI-F-actin complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Myosin XI-F-actin complex
超分子 | 名称: Myosin XI-F-actin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 209 kDa/nm |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 42.096953 KDa |
組換発現 | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
配列 | 文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY ...文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSSL EK SYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQK EIT ALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-分子 #2: Unconventional myosin heavy chain
分子 | 名称: Unconventional myosin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chara corallina (オウシャジクモ) |
分子量 | 理論値: 83.01532 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: GSPAWVEDVE TVWIEATVVK LDGDAITART VNGDLVETTM ANALPRDEDV TMRGVDDMTK LSYLHEPGVL HNLYTRFKHD EIYTFTGNI LIAVNPFTRL PHLFNTYMMK QYQDAQPGDL NPHVYSVADA AYKAMMEEMK SQAILVSGES GAGKTETTKQ I MQYLAFVG ...文字列: GSPAWVEDVE TVWIEATVVK LDGDAITART VNGDLVETTM ANALPRDEDV TMRGVDDMTK LSYLHEPGVL HNLYTRFKHD EIYTFTGNI LIAVNPFTRL PHLFNTYMMK QYQDAQPGDL NPHVYSVADA AYKAMMEEMK SQAILVSGES GAGKTETTKQ I MQYLAFVG GRTVGDERSV EQQVLQSNPL LEAFGNAKTV RNNNSSRFGK FVEIQFNNGK ISGAAVRTYL LERSRVTQIS SP ERNYHCF YQLVAGASPE DAERLKLGPP DSFHYLNQSK CVEVGAIDDC KEYQLTREAM DIVGITTEEQ EAIFRTIAAV LHL GNIEFD SGESDASEVS TEKSKFHLKA AAEMLMCDEQ MLEKSLTTRI MKATRTESIT KILNKSQATD NRDSIAKTIY AKLF DWLVN KVNKSIGQDP HSTVLIGVLD IYGFESFEIN SFEQFCINLT NEKLQQHFNT HVFKMEQAEY RKEEINWDNI DFVDN IDVL DLIEKKPLGI IALLDEACML PRSTAESFAR KLGDTFNNHR RFSKHKFKRT AFTIDHYAGQ VEYRADLFLE KNKDFV VPE HQQLLHASRC AFVSGLFPAD EGGGKKGGTK APSKKKFMSI GSQFKLQLAA LMETLKLTAP HYIRCVKPNM QLKPQIF EN KNVLQQLRCS GVLEAVRISC AGFPTRRTFE EFLDRFGLLH PEVLIESAEE SADEKVACQN LLEKCNLKGY QIGKTKVF L RAGQMAILDT LRSN UniProtKB: Unconventional myosin heavy chain |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
詳細: 10 mM imidazole pH 7.0,50 mM KCl,1mM MgCl2, 1mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3 | |||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 67.12 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |