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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2233 | |||||||||
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タイトル | Subnanometer structure of the bacterial pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase | |||||||||
マップデータ | Subnanometer reconstruction of the pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacterial secretion / type IV secretion / vir / tra | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Rivera-Calzada A / Fronzes R / Savva CG / Chandran V / Lian PW / Laeremans T / Pardon E / Steyaert J / Remaut H / Waksman G / Orlova EV | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2013 タイトル: Structure of a bacterial type IV secretion core complex at subnanometre resolution. 著者: Angel Rivera-Calzada / Rémi Fronzes / Christos G Savva / Vidya Chandran / Pei W Lian / Toon Laeremans / Els Pardon / Jan Steyaert / Han Remaut / Gabriel Waksman / Elena V Orlova / 要旨: Type IV secretion (T4S) systems are able to transport DNAs and/or proteins through the membranes of bacteria. They form large multiprotein complexes consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and ...Type IV secretion (T4S) systems are able to transport DNAs and/or proteins through the membranes of bacteria. They form large multiprotein complexes consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB7, 9 and 10 assemble into a 1.07 MegaDalton membrane-spanning core complex (CC), around which all other components assemble. This complex is made of two parts, the O-layer inserted in the outer membrane and the I-layer inserted in the inner membrane. While the structure of the O-layer has been solved by X-ray crystallography, there is no detailed structural information on the I-layer. Using high-resolution cryo-electron microscopy and molecular modelling combined with biochemical approaches, we determined the I-layer structure and located its various components in the electron density. Our results provide new structural insights on the CC, from which the essential features of T4S system mechanisms can be derived. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2233.map.gz | 14.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2233-v30.xml emd-2233.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2233_500x500.tif | 295.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2233 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2233 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2233_validation.pdf.gz | 230.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2233_full_validation.pdf.gz | 229.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2233_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2233 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2233 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subnanometer reconstruction of the pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml...
全体 | 名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml-1 of elastase for 40 min at room temperature |
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要素 |
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-超分子 #1000: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml...
超分子 | 名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml-1 of elastase for 40 min at room temperature タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 880 KDa / 理論値: 830 KDa / 手法: gel filtration |
-分子 #1: traF
分子 | 名称: traF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: traF-virB10 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞中の位置: inner membrane |
分子量 | 理論値: 40 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c |
配列 | InterPro: Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI |
-分子 #2: traO
分子 | 名称: traO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: traO-virB9 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 理論値: 30 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c |
配列 | InterPro: Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX |
-分子 #3: traN
分子 | 名称: traN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: traN-virB7 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 理論値: 5 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCL, 200 mM NaCl, 10 mM LDAO |
グリッド | 詳細: continuous carbon-coated grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 92 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: blot 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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温度 | 平均: 95 K |
詳細 | 4000x4000 CCD |
日付 | 2012年1月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 262 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 68100 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 66000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | Particles picked with BOXER (EMAN) |
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CTF補正 | 詳細: phase flipping, each CCD image |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C14 (14回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: imagic / 詳細: final map was calculated from 5430 particles / 使用した粒子像数: 5430 |
最終 2次元分類 | クラス数: 1810 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Situs, Sculptor, Flex-EM |
詳細 | Protocol: Rigid body followed by flexible fitting |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation |
得られたモデル | PDB-3zbi: PDB-3zbj: |