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万見
- EMDB-2226: Single particle analysis of recombinant human anaphase promoting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2226
タイトルSingle particle analysis of recombinant human anaphase promoting complex (APC/C)
マップデータreconstruction of recombinant human APC/C
試料
  • 試料: recombinant human APC/C
  • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワードAnaphase promoting complex / cyclosome / cell cycle / recombinant expression / single particle / 3-dimensional structure / ubiquitination
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Zhang Z / Yang J / Kong EH / Chao WCH / Morris EP / da Fonseca PCA / Barford D
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2013
タイトル: Recombinant expression, reconstitution and structure of human anaphase-promoting complex (APC/C).
著者: Ziguo Zhang / Jing Yang / Eric H Kong / William C H Chao / Edward P Morris / Paula C A da Fonseca / David Barford /
要旨: Mechanistic and structural studies of large multi-subunit assemblies are greatly facilitated by their reconstitution in heterologous recombinant systems. In the present paper, we describe the ...Mechanistic and structural studies of large multi-subunit assemblies are greatly facilitated by their reconstitution in heterologous recombinant systems. In the present paper, we describe the generation of recombinant human APC/C (anaphase-promoting complex/cyclosome), an E3 ubiquitin ligase that regulates cell-cycle progression. Human APC/C is composed of 14 distinct proteins that assemble into a complex of at least 19 subunits with a combined molecular mass of ~1.2 MDa. We show that recombinant human APC/C is correctly assembled, as judged by its capacity to ubiquitinate the budding yeast APC/C substrate Hsl1 (histone synthetic lethal 1) dependent on the APC/C co-activator Cdh1 [Cdc (cell division cycle) 20 homologue 1], and its three-dimensional reconstruction by electron microscopy and single-particle analysis. Successful reconstitution validates the subunit composition of human APC/C. The structure of human APC/C is compatible with the Saccharomyces cerevisiae APC/C homology model, and in contrast with endogenous human APC/C, no evidence for conformational flexibility of the TPR (tetratricopeptide repeat) lobe is observed. Additional density present in the human APC/C structure, proximal to Apc3/Cdc27 of the TPR lobe, is assigned to the TPR subunit Apc7, a subunit specific to vertebrate APC/C.
履歴
登録2012年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月31日-
マップ公開2012年10月31日-
更新2012年12月26日-
現状2012年12月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2226.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of recombinant human APC/C
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.47 Å/pix.
x 140 pix.
= 486.15 Å		3.47 Å/pix.
x 140 pix.
= 486.15 Å		3.47 Å/pix.
x 140 pix.
= 486.15 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.25 / ムービー #1: 3.25
最小 - 最大-17.873140339999999 - 19.05537605
平均 (標準偏差)0.05397222 (±0.88403845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 486.15002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.47253.47253.4725
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.150486.150486.150
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-70
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-17.87319.0550.054

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : recombinant human APC/C

全体名称: recombinant human APC/C
要素
  • 試料: recombinant human APC/C
  • タンパク質・ペプチド: Apc1
  • タンパク質・ペプチド: Apc5
  • タンパク質・ペプチド: Apc15
  • タンパク質・ペプチド: Apc10
  • タンパク質・ペプチド: Apc8
  • タンパク質・ペプチド: Apc13
  • タンパク質・ペプチド: Apc2
  • タンパク質・ペプチド: Apc4
  • タンパク質・ペプチド: Apc11
  • タンパク質・ペプチド: Apc3
  • タンパク質・ペプチド: Apc16
  • タンパク質・ペプチド: Cdc26
  • タンパク質・ペプチド: Apc7
  • タンパク質・ペプチド: Apc6

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超分子 #1000: recombinant human APC/C

超分子名称: recombinant human APC/C / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 14
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Apc1

分子名称: Apc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #2: Apc5

分子名称: Apc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #3: Apc15

分子名称: Apc15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #4: Apc10

分子名称: Apc10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #5: Apc8

分子名称: Apc8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #6: Apc13

分子名称: Apc13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #7: Apc2

分子名称: Apc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #8: Apc4

分子名称: Apc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #9: Apc11

分子名称: Apc11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #10: Apc3

分子名称: Apc3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #11: Apc16

分子名称: Apc16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #12: Cdc26

分子名称: Cdc26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #13: Apc7

分子名称: Apc7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #14: Apc6

分子名称: Apc6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES NaOH pH 8.0, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: grids stained with 2% (w/v) uranyl acetate
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3 grids coated with a thin layer of carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年1月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
詳細: on recording each adjacent boxes of 2x2 pixels were averaged
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were manually selected using the EMAN boxer software. The images were analysed using a combination of IMAGIC and Spider software.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Imagic / 使用した粒子像数: 5639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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