+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22190 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subtomogram averaging map of yeast polysome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Kastritis PL | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Structural impact of K63 ubiquitin on yeast translocating ribosomes under oxidative stress. 著者: Ye Zhou / Panagiotis L Kastritis / Shannon E Dougherty / Jonathan Bouvette / Allen L Hsu / Laura Burbaum / Shyamal Mosalaganti / Stefan Pfeffer / Wim J H Hagen / Friedrich Förster / Mario J ...著者: Ye Zhou / Panagiotis L Kastritis / Shannon E Dougherty / Jonathan Bouvette / Allen L Hsu / Laura Burbaum / Shyamal Mosalaganti / Stefan Pfeffer / Wim J H Hagen / Friedrich Förster / Mario J Borgnia / Christine Vogel / Martin Beck / Alberto Bartesaghi / Gustavo M Silva / 要旨: Subpopulations of ribosomes are responsible for fine tuning the control of protein synthesis in dynamic environments. K63 ubiquitination of ribosomes has emerged as a new posttranslational ...Subpopulations of ribosomes are responsible for fine tuning the control of protein synthesis in dynamic environments. K63 ubiquitination of ribosomes has emerged as a new posttranslational modification that regulates protein synthesis during cellular response to oxidative stress. K63 ubiquitin, a type of ubiquitin chain that functions independently of the proteasome, modifies several sites at the surface of the ribosome, however, we lack a molecular understanding on how this modification affects ribosome structure and function. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we resolved the first three-dimensional (3D) structures of K63 ubiquitinated ribosomes from oxidatively stressed yeast cells at 3.5-3.2 Å resolution. We found that K63 ubiquitinated ribosomes are also present in a polysome arrangement, similar to that observed in yeast polysomes, which we determined using cryoelectron tomography (cryo-ET). We further showed that K63 ubiquitinated ribosomes are captured uniquely at the rotated pretranslocation stage of translation elongation. In contrast, cryo-EM structures of ribosomes from mutant cells lacking K63 ubiquitin resolved at 4.4-2.7 Å showed 80S ribosomes represented in multiple states of translation, suggesting that K63 ubiquitin regulates protein synthesis at a selective stage of elongation. Among the observed structural changes, ubiquitin mediates the destabilization of proteins in the 60S P-stalk and in the 40S beak, two binding regions of the eukaryotic elongation factor eEF2. These changes would impact eEF2 function, thus, inhibiting translocation. Our findings help uncover the molecular effects of K63 ubiquitination on ribosomes, providing a model of translation control during oxidative stress, which supports elongation halt at pretranslocation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22190.map.gz | 945.2 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-22190-v30.xml emd-22190.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22190.png | 39.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22190 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22190_validation.pdf.gz | 263.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_22190_full_validation.pdf.gz | 263 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22190_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22190_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22190 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast Ribosome
全体 | 名称: Yeast Ribosome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Yeast Ribosome
超分子 | 名称: Yeast Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 10 mM MgCl2, 150 mM KCl, 1 mM DTT, 0.1 mg/mL cycloheximide |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 60 |
---|