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万見
- EMDB-21886: Local refined structure of stator and C-ring interaction region i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21886
タイトルLocal refined structure of stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotating delta-cheY3 Borrelia flagellar motor
マップデータLocal refined structure of stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotating %u2206cheY3 Borrelia flagellar motor
試料
  • 複合体: Stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotating delta-cheY3 Borrelia flagellar motor
生物種Borreliella burgdorferi (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Chang YJ / Liu J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI132818 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI087946 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism for rotational switching of the bacterial flagellar motor.
著者: Yunjie Chang / Kai Zhang / Brittany L Carroll / Xiaowei Zhao / Nyles W Charon / Steven J Norris / Md A Motaleb / Chunhao Li / Jun Liu /
要旨: The bacterial flagellar motor can rotate in counterclockwise (CCW) or clockwise (CW) senses, and transitions are controlled by the phosphorylated form of the response regulator CheY (CheY-P). To ...The bacterial flagellar motor can rotate in counterclockwise (CCW) or clockwise (CW) senses, and transitions are controlled by the phosphorylated form of the response regulator CheY (CheY-P). To dissect the mechanism underlying flagellar rotational switching, we use Borrelia burgdorferi as a model system to determine high-resolution in situ motor structures in cheX and cheY3 mutants, in which motors are locked in either CCW or CW rotation. The structures showed that CheY3-P interacts directly with a switch protein, FliM, inducing a major remodeling of another switch protein, FliG2, and altering its interaction with the torque generator. Our findings lead to a model in which the torque generator rotates in response to an inward flow of H driven by the proton motive force, and conformational changes in FliG2 driven by CheY3-P allow the switch complex to interact with opposite sides of the rotating torque generator, facilitating rotational switching.
履歴
登録2020年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年9月9日-
現状2020年9月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21886.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refined structure of stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotating %u2206cheY3 Borrelia flagellar motor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.75 Å/pix.
x 240 pix.
= 659.28 Å		2.75 Å/pix.
x 140 pix.
= 384.58 Å		2.75 Å/pix.
x 140 pix.
= 384.58 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.747 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.29539245 - 0.23283818
平均 (標準偏差)-0.0000002508 (±0.028295118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140240
Spacing140140240
セルA: 384.58 Å / B: 384.58 Å / C: 659.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.7472.7472.747
M x/y/z140140240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.580384.580659.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140240
D min/max/mean-0.2950.233-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotatin...

全体名称: Stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotating delta-cheY3 Borrelia flagellar motor
要素
  • 複合体: Stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotating delta-cheY3 Borrelia flagellar motor

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超分子 #1: Stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotatin...

超分子名称: Stator and C-ring interaction region in counter-clockwise rotating delta-cheY3 Borrelia flagellar motor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi (バクテリア) / 株: B31A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 13240
抽出トモグラム数: 301 / 使用した粒子像数: 18368
CTF補正詳細: IMOD ctfphaseflip
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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