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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21708 | |||||||||
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タイトル | Cu(I)-bound Copper Storage Protein BsCsp3 | |||||||||
![]() | BsCSP3 Density Map | |||||||||
![]() |
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![]() | small protein (47 kDa) / Z-contrast enhancement in cryo-EM / copper storage protein / metal binding protein | |||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Chen JZ / Oken A | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cu(I)-bound Copper Storage Protein BsCsp3 著者: Chen JZ / Dennison C | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 194.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 3.4 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 1.7 MB 1.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 619 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 618.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BsCSP3 Density Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.296 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BsCSP3 half map - even
ファイル | emd_21708_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | BsCSP3 half map - even | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BsCSP3 half map - odd
ファイル | emd_21708_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | BsCSP3 half map - odd | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : BsCsp3, Cu(I) ions
全体 | 名称: BsCsp3, Cu(I) ions |
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要素 |
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-超分子 #1: BsCsp3, Cu(I) ions
超分子 | 名称: BsCsp3, Cu(I) ions / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47 KDa |
-分子 #1: Csp3
分子 | 名称: Csp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.853758 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEQYSEACIE ACIDCMKACN HCFTKCLEES VQHHLSGCIR LDRECADICA LAVKAMQTDS PFMKEICALC ADICEACGTE CGKHDHDHC QACAKACFTC AEQCRSMAA UniProtKB: Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.11 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 15 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa / 詳細: 15 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 5 micro-liters of sample loaded, waited 1 second,front + back blotted for 4.5 seconds at force 1 before plunging. | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2212 / 平均露光時間: 0.985 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: Images were collected at 40 frames per movie. Four movies were collected per stage shift. Frames were collected in super resolution mode at a calibrated pixel size of 0.324 A/pixel. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 136000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.15 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.85 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |