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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21670 | |||||||||||||||
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タイトル | Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae, an archaeon with an unusual 5S rRNA insertion | |||||||||||||||
マップデータ | Final map of Halococcus morrhuae large subunit | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Halococcus morrhuae (古細菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tirumalai MR / Kaelber JT / Fox GE | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron microscopy visualization of a large insertion in the 5S ribosomal RNA of the extremely halophilic archaeon Halococcus morrhuae. 著者: Madhan R Tirumalai / Jason T Kaelber / Donghyun R Park / Quyen Tran / George E Fox / 要旨: The extreme halophile Halococcus morrhuae (ATCC 17082) contains a 108-nucleotide insertion in its 5S rRNA. Large rRNA expansions in Archaea are rare. This one almost doubles the length of the 5S rRNA. ...The extreme halophile Halococcus morrhuae (ATCC 17082) contains a 108-nucleotide insertion in its 5S rRNA. Large rRNA expansions in Archaea are rare. This one almost doubles the length of the 5S rRNA. In order to understand how such an insertion is accommodated in the ribosome, we obtained a cryo-electron microscopy reconstruction of the native large subunit at subnanometer resolution. The insertion site forms a four-way junction that fully preserves the canonical 5S rRNA structure. Moving away from the junction site, the inserted region is conformationally flexible and does not pack tightly against the large subunit. The high-salt requirement of the H. morrhuae ribosomes for their stability conflicted with the low-salt threshold for cryo-electron microscopy procedures. Despite this obstacle, this is the first cryo-electron microscopy map of Halococcus ribosomes. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21670.map.gz | 26.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21670-v30.xml emd-21670.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21670_fsc.xml | 9.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21670.png | 104.1 KB | ||
マスクデータ | emd_21670_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21670_half_map_1.map.gz emd_21670_half_map_2.map.gz | 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21670 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21670_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21670_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21670_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21670 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map of Halococcus morrhuae large subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21670_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unmasked unfiltered half-map A
ファイル | emd_21670_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked unfiltered half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unmasked unfiltered half-map B
ファイル | emd_21670_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked unfiltered half-map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae
全体 | 名称: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae |
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要素 |
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-超分子 #1: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae
超分子 | 名称: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Halococcus morrhuae (古細菌) / 株: ATCC 17082 |
分子量 | 理論値: 1.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
詳細: pure water was added to the sample on the grid | |||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 2 microliters of sample were applied to the grid, then 6 microliters of pure water was applied to the reverse face of the grid.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 902 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 26.0 e/Å2 / 詳細: some images collected manually (no serialEM) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 5.716 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.915 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |