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- EMDB-2154: Electron tomography of Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2154
タイトルElectron tomography of Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragment on a taxol stabilized microtubule
マップデータTomogram of Sacchromyces cerevisiae kinetochore fragment on taxol stabilized microtubule
試料
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragment on a taxol stabilized microtubule
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule
  • 細胞器官・細胞要素: Kinetochore fragment
キーワードKinetochore / microtubule / dam1 / ndc80 / KMN / taxol / Saccharomyces cerevisiae
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Gonen S / Akiyoshi B / Iadanza MG / Shi D / Duggan N / Biggins S / Gonen T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: The structure of purified kinetochores reveals multiple microtubule-attachment sites.
著者: Shane Gonen / Bungo Akiyoshi / Matthew G Iadanza / Dan Shi / Nicole Duggan / Sue Biggins / Tamir Gonen /
要旨: Chromosomes must be accurately partitioned to daughter cells to prevent aneuploidy, a hallmark of many tumors and birth defects. Kinetochores are the macromolecular machines that segregate ...Chromosomes must be accurately partitioned to daughter cells to prevent aneuploidy, a hallmark of many tumors and birth defects. Kinetochores are the macromolecular machines that segregate chromosomes by maintaining load-bearing attachments to the dynamic tips of microtubules. Here, we present the structure of isolated budding-yeast kinetochore particles, as visualized by EM and electron tomography of negatively stained preparations. The kinetochore appears as an ~126-nm particle containing a large central hub surrounded by multiple outer globular domains. In the presence of microtubules, some particles also have a ring that encircles the microtubule. Our data, showing that kinetochores bind to microtubules via multivalent attachments, lay the foundation to uncover the key mechanical and regulatory mechanisms by which kinetochores control chromosome segregation and cell division.
履歴
登録2012年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年8月15日-
マップ公開2012年8月15日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2154.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 55.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomogram of Sacchromyces cerevisiae kinetochore fragment on taxol stabilized microtubule
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.3 Å
密度
表面レベルBy EMDB: -61.0
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-81.162292480000005 (±9.36362362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-639-63950
サイズ769769100
Spacing769769100
セルA: 3306.7002 Å / B: 3306.7002 Å / C: 430.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z4.34.34.3
M x/y/z769769100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z3306.7003306.700430.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-639-63950
NC/NR/NS769769100
D min/max/mean-128.000127.000-81.162

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragment on a taxol stabiliz...

全体名称: Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragment on a taxol stabilized microtubule
要素
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragment on a taxol stabilized microtubule
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule
  • 細胞器官・細胞要素: Kinetochore fragment

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超分子 #1000: Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragment on a taxol stabiliz...

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae kinetochore fragment on a taxol stabilized microtubule
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: fragment of native kinetochore, individual components not identified
Number unique components: 2

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超分子 #1: Microtubule

超分子名称: Microtubule / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 詳細: stabilized with taxol / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: SBY8253 / 別称: Baker's Yeast / 細胞中の位置: Cytoplasm

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超分子 #2: Kinetochore fragment

超分子名称: Kinetochore fragment / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 詳細: individual components not identified / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: SBY8253 / 別称: Baker's Yeast / 細胞中の位置: Cytoplasm

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 25 mM HEPES, 0.2 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA, 0.5 mM EGTA, 150 mM KCl, 15% (v/v) Glycerol, 0.1% (v/v) NP-40
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sample applied to grid for 20 sec, washed with one drop of ultrapure water and two drops of 0.75% uranyl formate. Anti-mouse IgG-gold fiducial markers added and second layer of carbon applied by evaporation.
グリッド詳細: Gilder 400 mesh copper grid, carbon coated by evaporation. Positive discharge.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2012年1月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 100
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: Amira, IMOD / 使用した粒子像数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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