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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21460 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SLC40/ferroportin in complex with Fab | ||||||||||||
マップデータ | structure of SLC40/ferroportin in complex with Fab | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion transmembrane transporter activity / peptide hormone binding / basolateral plasma membrane / intracellular iron ion homeostasis / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Carlito syrichta (哺乳類) / Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shen J / Ren Z / Pan Y / Gao S / Yan N / Zhou M | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis of ion transport and inhibition in ferroportin. 著者: Yaping Pan / Zhenning Ren / Shuai Gao / Jiemin Shen / Lie Wang / Zhichun Xu / Ye Yu / Preetham Bachina / Hanzhi Zhang / Xiao Fan / Arthur Laganowsky / Nieng Yan / Ming Zhou / 要旨: Ferroportin is an iron exporter essential for releasing cellular iron into circulation. Ferroportin is inhibited by a peptide hormone, hepcidin. In humans, mutations in ferroportin lead to ...Ferroportin is an iron exporter essential for releasing cellular iron into circulation. Ferroportin is inhibited by a peptide hormone, hepcidin. In humans, mutations in ferroportin lead to ferroportin diseases that are often associated with accumulation of iron in macrophages and symptoms of iron deficiency anemia. Here we present the structures of the ferroportin from the primate Philippine tarsier (TsFpn) in the presence and absence of hepcidin solved by cryo-electron microscopy. TsFpn is composed of two domains resembling a clamshell and the structure defines two metal ion binding sites, one in each domain. Both structures are in an outward-facing conformation, and hepcidin binds between the two domains and reaches one of the ion binding sites. Functional studies show that TsFpn is an electroneutral H/Fe antiporter so that transport of each Fe is coupled to transport of two H in the opposite direction. Perturbing either of the ion binding sites compromises the coupled transport of H and Fe. These results establish the structural basis of metal ion binding, transport and inhibition in ferroportin and provide a blueprint for targeting ferroportin in pharmacological intervention of ferroportin diseases. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21460.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21460-v30.xml emd-21460.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21460.png | 102.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21460 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21460 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | structure of SLC40/ferroportin in complex with Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.114 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM map of SLC40/ferroportin in complex with Fab
全体 | 名称: Cryo-EM map of SLC40/ferroportin in complex with Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM map of SLC40/ferroportin in complex with Fab
超分子 | 名称: Cryo-EM map of SLC40/ferroportin in complex with Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Carlito syrichta (哺乳類) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: Solute carrier family 40 protein
分子 | 名称: Solute carrier family 40 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Carlito syrichta (哺乳類) |
分子量 | 理論値: 63.705004 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSRAREQERQ GGCCRSLANY LTSAKFLLYL GHSLSTWGDR MWHFAVSVFL VELYGNSLLL TAVYGLVVAG SVLVLGAIIG DWVDKNARL KVAQTSLVIQ NVSVILCGII LMMVFLHKDE LLTMYHGWVL TSCYILIITI ANIANLASTA TAITIQRDWI V VVAGEDRS ...文字列: MSRAREQERQ GGCCRSLANY LTSAKFLLYL GHSLSTWGDR MWHFAVSVFL VELYGNSLLL TAVYGLVVAG SVLVLGAIIG DWVDKNARL KVAQTSLVIQ NVSVILCGII LMMVFLHKDE LLTMYHGWVL TSCYILIITI ANIANLASTA TAITIQRDWI V VVAGEDRS KLANMNATVR RIDQLTNILA PMAVGQIMTY GSPVIGCGFI SGWNLVSMCV EYFLLWKVYQ KTPALAVKAA LK VEETELK QLNLHKDTEP KPLEGTHLMG EKDPNIHELE HEQEPTCASQ MAEPFRTFRD GWVSYYNQPI FLAGMGLAFL YMT VLGFDC ITTGYAYTQG LSGSVLSILM GASAITGIMG TVAFTWLRRK CGLVRTGLIS GWAQISCLIL CVISVFMPGS PLDL SVSPF EDIRSRFIQE ELITPTKIPE TIITTEMHIS NGSDLHIAPE ASPQSVPIIS VSLLFAGVIA ARIGLWSFDL TVTQL LQEN VIESERGIIN GVQNSMNYLL DLLHFIMVIL APNPEAFGLL VLISVSFVVM GHIMYFRFAQ KTLGNQLFVC GPDAKE VTN ENQSNTSVVE NLYQ |
-分子 #2: 11F9 light-chain
分子 | 名称: 11F9 light-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.493885 KDa |
配列 | 文字列: DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS ITCKASQNVG TAVAWYQKKP GQSPKLLIYS ASNRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNMQS EDLADYFCQ QYGSYPLTFG SGTKLEIKEA EAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列: DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS ITCKASQNVG TAVAWYQKKP GQSPKLLIYS ASNRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNMQS EDLADYFCQ QYGSYPLTFG SGTKLEIKEA EAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNE |
-分子 #3: 11F9 heavy-chain
分子 | 名称: 11F9 heavy-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.815039 KDa |
配列 | 文字列: MKCSWVIFFL MAVVTGVNSE VQLQQSGAEL VRPGALVKLS CKASGFNIKD YYMHWVKERP EQGLEWIGWI DPENGNTIYD PKFQGKASI TADTSSNTAY LQLSSLTSED TAVYYCARKR GYYGPYFDYW GQGTTLTVSS KTTAPSVYPL APVCGDTTGS S VTLGCLVK ...文字列: MKCSWVIFFL MAVVTGVNSE VQLQQSGAEL VRPGALVKLS CKASGFNIKD YYMHWVKERP EQGLEWIGWI DPENGNTIYD PKFQGKASI TADTSSNTAY LQLSSLTSED TAVYYCARKR GYYGPYFDYW GQGTTLTVSS KTTAPSVYPL APVCGDTTGS S VTLGCLVK GYFPEPVTLT WNSGSLSSGV HTFPAVLQSG LYTLSSSVTV TSSTWPSQSI TCNVAHPASS TKVDKKIEPA |
-分子 #4: COBALT (II) ION
分子 | 名称: COBALT (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CO |
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分子量 | 理論値: 58.933 Da |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 13 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 305 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215752 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |