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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21365 | ||||||||||||
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タイトル | Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor | ||||||||||||
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![]() | translocase / anthrax toxin / protective antigen / edema factor / octamer | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of apoptotic process in another organism / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / : / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex ...positive regulation of apoptotic process in another organism / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / : / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex / small molecule binding / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metallopeptidase activity / toxin activity / calmodulin binding / host cell plasma membrane / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Zhou K / Hardenbrook NJ | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Atomic Structures of Anthrax Prechannel Bound with Full-Length Lethal and Edema Factors. 著者: Kang Zhou / Shiheng Liu / Nathan J Hardenbrook / Yanxiang Cui / Bryan A Krantz / Z Hong Zhou / ![]() 要旨: Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) ...Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) prechannel and subsequently translocated across channels formed on the endosomal membrane upon exposure to low pH. Here, we report the atomic structures of PA prechannel-bound full-length EF and LF. In this pretranslocation state, the N-terminal segment of both factors refolds into an α helix engaged in the α clamp of the prechannel. Recruitment to the PA prechannel exposes an originally buried β strand of both toxins and enables domain organization of EF. Many interactions occur on domain interfaces in both PA prechannel-bound EF and LF, leading to toxin compaction prior to translocation. Our results provide key insights into the molecular mechanisms of translocation-coupled protein unfolding and translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 96.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 216.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 562.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 561.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor
全体 | 名称: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor |
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要素 |
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-超分子 #1: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor
超分子 | 名称: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 860 kDa/nm |
-分子 #1: Protective antigen
分子 | 名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 82.511336 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR EDPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS ...文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR EDPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS TSAGPTVPDR DNDGIPDSLE VEGYTVDVKN KRTFLSPWIS NIHEKKGLTK YKSSPEKWST ASDPYSDFEK VT GRIDGNV SPEANHPLVA AYPIVHVDME NIILSKNEDQ STQNTDSQTR TISKNTSTSR THTSEVHGNA EVHASFFDIG GSV SAGFSN SNSSTVAIDH SLSLAGERTW AETMGLNTAD TARLNANIRY VNTGTAPIYN VLPTTSLVLG KNQTLATIKA KENQ LSQIL APNNYYPSKN LAPIALNAQD DFSSTPITMN YNQFLELEKT KQLRLDTDQV YGNIATYNFE NGRVRVDTGS NWSEV LPQI QETTARIIFN GKDLNLVERR IAAVNPSDPL ETTKPDMTLK EALKIAFGFN EPNGNLQYQG KDITEFDFNF DQQTSQ NIK NQLAELNATN IYTVLDKIKL NAKMNILIRD KRFHYDRNNI AVGADESVVK EAHREVINSS TEGLLLNIDK DIRKILS GY IVEIEDTEGL KEVINDRYDM LNISSLRQDG KTFIDFKKYN DKLPLYISNP NYKVNVYAVT KENTIINPSE NGDTSTNG I KKILIFSKKG YEIG UniProtKB: Protective antigen |
-分子 #2: Protective antigen
分子 | 名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 82.639672 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR ENPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS ...文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR ENPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS TSAGPTVPDR DNDGIPDSLE VEGYTVDVKN KRTFLSPWIS NIHEKKGLTK YKSSPEKWST ASDPYSDFEK VT GRIDKNV SPEARHPLVA AYPIVHVDME NIILSKNEDQ STQNTDSQTR TISKNTSTSR THTSEVHGNA EVHASFFDIG GSV SAGFSN SNSSTVAIDH SLSLAGERTW AETMGLNTAD TARLNANIRY VNTGTAPIYN VLPTTSLVLG KNQTLATIKA KENQ LSQIL APNNYYPSKN LAPIALNAQD DFSSTPITMN YNQFLELEKT KQLRLDTDQV YGNIATYNFE NGRVRVDTGS NWSEV LPQI QETTARIIFN GKDLNLVERR IAAVNPSKPL ETTKPDMTLK EALKIAFGFN EPNGNLQYQG KDITEFDFNF DQQTSQ NIK NQLAELNATN IYTVLDKIKL NAKMNILIRD KRFHYDRNNI AVGADESVVK EAHREVINSS TEGLLLNIDK DIRKILS GY IVEIEDTEGL KEVINDRYDM LNISSLRQDG KTFIDFKKYN DKLPLYISNP NYKVNVYAVT KENTIINPSE NGDTSTNG I KKILIFSKKG YEIG UniProtKB: Protective antigen |
-分子 #3: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
分子 | 名称: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: adenylate cyclase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 88.955578 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNEHYTESDI KRNHKTEKNK TEKEKFKDSI NNLVKTEFTN ETLDKIQQTQ DLLKKIPKDV LEIYSELGGE IYFTDIDLVE HKELQDLSE EEKNSMNSRG EKVPFASRFV FEKKRETPKL IINIKDYAIN SEQSKEVYYE IGKGISLDII SKDKSLDPEF L NLIKSLSD ...文字列: MNEHYTESDI KRNHKTEKNK TEKEKFKDSI NNLVKTEFTN ETLDKIQQTQ DLLKKIPKDV LEIYSELGGE IYFTDIDLVE HKELQDLSE EEKNSMNSRG EKVPFASRFV FEKKRETPKL IINIKDYAIN SEQSKEVYYE IGKGISLDII SKDKSLDPEF L NLIKSLSD DSDSSDLLFS QKFKEKLELN NKSIDINFIK ENLTEFQHAF SLAFSYYFAP DHRTVLELYA PDMFEYMNKL EK GGFEKIS ESLKKEGVEK DRIDVLKGEK ALKASGLVPE HADAFKKIAR ELNTYILFRP VNKLATNLIK SGVATKGLNV HGK SSDWGP VAGYIPFDQD LSKKHGQQLA VEKGNLENKK SITEHEGEIG KIPLKLDHLR IEELKENGII LKGKKEIDNG KKYY LLESN NQVYEFRISD ENNEVQYKTK EGKITVLGEK FNWRNIEVMA KNVEGVLKPL TADYDLFALA PSLTEIKKQI PQKEW DKVV NTPNSLEKQK GVTNLLIKYG IERKPDSTKG TLSNWQKQML DRLNEAVKYT GYTGGDVVNH GTEQDNEEFP EKDNEI FII NPEGEFILTK NWEMTGRFIE KNITGKDYLY YFNRSYNKIA PGNKAYIEWT DPITKAKINT IPTSAEFIKN LSSIRRS SN VGVYKDSGDK DEFAKKESVK KIAGYLSDYY NSANHIFSQE KKRKISIFRG IQAYNEIENV LKSKQIAPEY KNYFQYLK E RITNQVQLLL THQKSNIEFK LLYKQLNFTE NETDNFEVFQ KIIDEK UniProtKB: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 62.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |