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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21260 | |||||||||
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タイトル | icosahedral symmetry reconstruction of brome mosaic virus (RNA 3+4) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Brome mosaic virus (RNA 3 and 4) / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Brome mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Beren C / Cui YX | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Genome organization and interaction with capsid protein in a multipartite RNA virus. 著者: Christian Beren / Yanxiang Cui / Antara Chakravarty / Xue Yang / A L N Rao / Charles M Knobler / Z Hong Zhou / William M Gelbart / 要旨: We report the asymmetric reconstruction of the single-stranded RNA (ssRNA) content in one of the three otherwise identical virions of a multipartite RNA virus, brome mosaic virus (BMV). We exploit a ...We report the asymmetric reconstruction of the single-stranded RNA (ssRNA) content in one of the three otherwise identical virions of a multipartite RNA virus, brome mosaic virus (BMV). We exploit a sample consisting exclusively of particles with the same RNA content-specifically, RNAs 3 and 4-assembled in planta by agrobacterium-mediated transient expression. We find that the interior of the particle is nearly empty, with most of the RNA genome situated at the capsid shell. However, this density is disordered in the sense that the RNA is not associated with any particular structure but rather, with an ensemble of secondary/tertiary structures that interact with the capsid protein. Our results illustrate a fundamental difference between the ssRNA organization in the multipartite BMV viral capsid and the monopartite bacteriophages MS2 and Qβ for which a dominant RNA conformation is found inside the assembled viral capsids, with RNA density conserved even at the center of the particle. This can be understood in the context of the differing demands on their respective lifecycles: BMV must package separately each of several different RNA molecules and has been shown to replicate and package them in isolated, membrane-bound, cytoplasmic complexes, whereas the bacteriophages exploit sequence-specific "packaging signals" throughout the viral RNA to package their monopartite genomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21260.map.gz | 150.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21260-v30.xml emd-21260.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21260.png | 269.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21260.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21260 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21260_validation.pdf.gz | 594.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21260_full_validation.pdf.gz | 593.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21260_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21260_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21260 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Brome mosaic virus
全体 | 名称: Brome mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Brome mosaic virus
超分子 | 名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Brome mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 20.411525 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: MSTSGTGKMT RAQRRAAARR NRWTARVQPV IVEPLAAGQG KAIKAIAGYS ISKWEASSDA ITAKATNAMS ITLPHELSSE KNKELKVGR VLLWLGLLPS VAGRIKACVA EKQAQAEAAF QVALAVADSS KEVVAAMYTD AFRGATLGDL LNLQIYLYAS E AVPAKAVV ...文字列: MSTSGTGKMT RAQRRAAARR NRWTARVQPV IVEPLAAGQG KAIKAIAGYS ISKWEASSDA ITAKATNAMS ITLPHELSSE KNKELKVGR VLLWLGLLPS VAGRIKACVA EKQAQAEAAF QVALAVADSS KEVVAAMYTD AFRGATLGDL LNLQIYLYAS E AVPAKAVV VHLEVEHVRP TFDDFFTPVY R UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 色収差補正装置: none / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 30.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 8.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: a Gaussian ball |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70470 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |