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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21253
タイトルSubtomogram average of filamentous segments from in vitro aggregates of polyglutamine peptide (Q51)
マップデータSubtomogram average of filamentous segments from in vitro aggregates of polyglutamine peptide (Q51)
試料
  • 複合体: polyQ peptide (Q51) filament
生物種Pichia kudriavzevii (酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Galaz-Montoya JG / Shahmoradian SH / Shen K / Frydman J / Chiu W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS092525 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-electron tomography provides topological insights into mutant huntingtin exon 1 and polyQ aggregates.
著者: Jesús G Galaz-Montoya / Sarah H Shahmoradian / Koning Shen / Judith Frydman / Wah Chiu /
要旨: Huntington disease (HD) is a neurodegenerative trinucleotide repeat disorder caused by an expanded poly-glutamine (polyQ) tract in the mutant huntingtin (mHTT) protein. The formation and topology of ...Huntington disease (HD) is a neurodegenerative trinucleotide repeat disorder caused by an expanded poly-glutamine (polyQ) tract in the mutant huntingtin (mHTT) protein. The formation and topology of filamentous mHTT inclusions in the brain (hallmarks of HD implicated in neurotoxicity) remain elusive. Using cryo-electron tomography and subtomogram averaging, here we show that mHTT exon 1 and polyQ-only aggregates in vitro are structurally heterogenous and filamentous, similar to prior observations with other methods. Yet, we find filaments in both types of aggregates under ~2 nm in width, thinner than previously reported, and regions forming large sheets. In addition, our data show a prevalent subpopulation of filaments exhibiting a lumpy slab morphology in both aggregates, supportive of the polyQ core model. This provides a basis for future cryoET studies of various aggregated mHTT and polyQ constructs to improve their structure-based modeling as well as their identification in cells without fusion tags.
履歴
登録2020年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月14日-
マップ公開2021年7月14日-
更新2021年8月25日-
現状2021年8月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21253.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21253.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of filamentous segments from in vitro aggregates of polyglutamine peptide (Q51)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.29 Å/pix.
x 128 pix.
= 676.992 Å		5.29 Å/pix.
x 128 pix.
= 676.992 Å		5.29 Å/pix.
x 128 pix.
= 676.992 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.289 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.4 / ムービー #1: 3.4
最小 - 最大-11.395136 - 17.173775
平均 (標準偏差)0.05623686 (±0.8008347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 676.992 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.2895.2895.289
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z676.992676.992676.992
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-11.39517.1740.056

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : polyQ peptide (Q51) filament

全体名称: polyQ peptide (Q51) filament
要素
  • 複合体: polyQ peptide (Q51) filament

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超分子 #1: polyQ peptide (Q51) filament

超分子名称: polyQ peptide (Q51) filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pichia kudriavzevii (酵母)
組換発現生物種: Pichia kudriavzevii (酵母)
分子量理論値: 5.8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内温度: 22 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 1.311 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 295
抽出トモグラム数: 6 / 使用した粒子像数: 493 / 手法: manual / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 295 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: Of 493 subtomograms picked, the best 60% was kept in the final average.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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