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万見
- EMDB-21203: 1.4A damaged structure of GSNQNNF used to determine initial phase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21203
タイトル1.4A damaged structure of GSNQNNF used to determine initial phases from radiation damage
マップデータ2mFo-Fc map for the damaged GSNQNNF structure refined from the solved low-dose structure that had initially determined experimental phases
試料
  • 複合体: Synthetic proto-filament
    • タンパク質・ペプチド: GSNQNNF
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETATE ION
  • リガンド: water
キーワードMicroED / damage / phasing / RIP / protein fibril
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Martynowycz MW / Hattne J
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Experimental Phasing of MicroED Data Using Radiation Damage.
著者: Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tamir Gonen /
要旨: We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present ...We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present an example of an experimentally phased structure using only MicroED data. The structure of a seven-residue peptide is solved starting from differences to the diffraction intensities induced by structural changes due to radiation damage. The same wedge of reciprocal space was recorded twice by continuous-rotation MicroED from a set of 11 individual crystals. The data from the first pass were merged to make a "low-dose dataset." The data from the second pass were similarly merged to form a "damaged dataset." Differences between these two datasets were used to identify a single heavy-atom site from a Patterson difference map, and initial phases were generated. Finally, the structure was completed by iterative cycles of modeling and refinement.
履歴
登録2020年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.35997
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.35997
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vhc
  • 表面レベル: 0.35997
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6vhc
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21203.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2mFo-Fc map for the damaged GSNQNNF structure refined from the solved low-dose structure that had initially determined experimental phases
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.44 Å/pix.
x 93 pix.
= 40.966 Å		0.41 Å/pix.
x 101 pix.
= 41.073 Å		0.44 Å/pix.
x 93 pix.
= 41.182 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.40667 Å / Y: 0.44281 Å / Z: 0.4405 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35997 / ムービー #1: 0.35997
最小 - 最大-0.8414527 - 1.840897
平均 (標準偏差)0.0012663071 (±0.23998328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-532-20
サイズ1019393
Spacing1019393
セルA: 41.073334 Å / B: 41.181564 Å / C: 40.9665 Å
α: 83.6 ° / β: 84.98 ° / γ: 83.31 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.406663366336630.442817204301080.44049462365591
M x/y/z1019393
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z41.07341.18240.966
α/β/γ83.60084.98083.310
start NX/NY/NZ-532-20
NX/NY/NZ1019393
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS2-53-20
NC/NR/NS9310193
D min/max/mean-0.8411.8410.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Synthetic proto-filament

全体名称: Synthetic proto-filament
要素
  • 複合体: Synthetic proto-filament
    • タンパク質・ペプチド: GSNQNNF
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Synthetic proto-filament

超分子名称: Synthetic proto-filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 899.141 Da

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分子 #1: GSNQNNF

分子名称: GSNQNNF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 779.756 Da
配列文字列:
GSNQNNF

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #3: ACETATE ION

分子名称: ACETATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ACT
分子量理論値: 59.044 Da
Chemical component information

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
0.1 MC6H13NO4SMES
10.0 %C6H14O2MPD
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Hanging drop.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 736 / 回折像の数: 736 / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 0.00588 e/Å2 / 詳細: Images collected as a movies.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 730 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Rolling shutter and binned by 2.
最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 6314 / Number structure factors: 722 / Fourier space coverage: 78.1 / R sym: 0.21 / R merge: 0.199 / Overall phase error: 26 / Overall phase residual: 26 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.4 Å
詳細: Model from the low-dose set refined against the damage dataset without any changes.
殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.4 Å / 殻 - Low resolution: 13.97 Å / 殻 - Number structure factors: 722 / 殻 - Phase residual: 26 / 殻 - Fourier space coverage: 78.1 / 殻 - Multiplicity: 8.7

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6clj


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-7 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 5
得られたモデル

PDB-6vhc:
1.4A damaged structure of GSNQNNF used to determine initial phases from radiation damage

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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