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- EMDB-21146: Cryo-EM structure of Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21146
タイトルCryo-EM structure of Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex
マップデータCascade-TniQ-dsDNA ternary complex
試料
  • 複合体: Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex
    • 複合体: DNA/RNA
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
      • DNA: DNA (100-MER)
      • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • 複合体: Cascade ternary complex
      • RNA: RNA (61-MER)
      • タンパク質・ペプチド: Cas8
      • タンパク質・ペプチド: Cas7
      • タンパク質・ペプチド: TniQ
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCRISPR-Cas system / Cascade- TniQ / IMMUNE SYSTEM
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jia N / Patel DJ
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Structure-function insights into the initial step of DNA integration by a CRISPR-Cas-Transposon complex.
著者: Ning Jia / Wei Xie / M Jason de la Cruz / Edward T Eng / Dinshaw J Patel /
履歴
登録2019年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年1月29日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vbw
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 306.432 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 306.432 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 306.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.101571605 - 0.17907953
平均 (標準偏差)0.00019449755 (±0.0036486867)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 306.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z306.432306.432306.432
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.1020.1790.000

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex

全体名称: Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex
要素
  • 複合体: Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex
    • 複合体: DNA/RNA
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
      • DNA: DNA (100-MER)
      • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • 複合体: Cascade ternary complex
      • RNA: RNA (61-MER)
      • タンパク質・ペプチド: Cas8
      • タンパク質・ペプチド: Cas7
      • タンパク質・ペプチド: TniQ
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex

超分子名称: Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
分子量理論値: 400 KDa

+
超分子 #2: DNA/RNA

超分子名称: DNA/RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #6
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

+
超分子 #3: Cascade ternary complex

超分子名称: Cascade ternary complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#5, #7
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

+
分子 #1: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*...

分子名称: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 6.685354 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)

+
分子 #2: DNA (100-MER)

分子名称: DNA (100-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 30.901777 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG) (DA)(DT)(DC)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG) (DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #3: RNA (61-MER)

分子名称: RNA (61-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 19.566543 KDa
配列文字列:
CUGAUAACUU ACAGGACGCU UUGGCUUCAU UGCUUUUCAG GUGAACUGCC GAGUAGGUAG A

+
分子 #4: Cas8

分子名称: Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 72.29493 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG ...文字列:
MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG CSQKTCKAMA KQLADITLTT INVTLAPNYL TQISLPDSDT SYISLSPVAS LSMQSHFHQR LQDENRHSAI TR FSRTTNM GVTAMTCGGA FRMLKSGAKF SSPPHHRLNS KRSWLTSEHV QSLKQYQRLN KSLIPENSRI ALRRKYKIEL QNM VRSWFA MQDHTLDSNI LIQHLNHDLS YLGATKRFAY DPAMTKLFTE LLKRELSNSI NNGEQHTNGS FLVLPNIRVC GATA LSSPV TVGIPSLTAF FGFVHAFERN INRTTSSFRV ESFAICVHQL HVEKRGLTAE FVEKGDGTIS APATRDDWQC DVVFS LILN TNFAQHIDQD TLVTSLPKRL ARGSAKIAID DFKHINSFST LETAIESLPI EAGRWLSLYA QSNNNLSDLL AAMTED HQL MASCVGYHLL EEPKDKPNSL RGYKHAIAEC IIGLINSITF SSETDPNTIF WSLKNYQNYL VVQPRSINDE TTDKSSL

+
分子 #5: Cas7

分子名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 39.886031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKLPTNLAYE RSIDPSDVCF FVVWPDDRKT PLTYNSRTLL GQMEAASLAY DVSGQPIKSA TAEALAQGNP HQVDFCHVPY GASHIECSF SVSFSSELRQ PYKCNSSKVK QTLVQLVELY ETKIGWTELA TRYLMNICNG KWLWKNTRKA YCWNIVLTPW P WNGEKVGF ...文字列:
MKLPTNLAYE RSIDPSDVCF FVVWPDDRKT PLTYNSRTLL GQMEAASLAY DVSGQPIKSA TAEALAQGNP HQVDFCHVPY GASHIECSF SVSFSSELRQ PYKCNSSKVK QTLVQLVELY ETKIGWTELA TRYLMNICNG KWLWKNTRKA YCWNIVLTPW P WNGEKVGF EDIRTNYTSR QDFKNNKNWS AIVEMIKTAF SSTDGLAIFE VRATLHLPTN AMVRPSQVFT EKESGSKSKS KT QNSRVFQ STTIDGERSP ILGAFKTGAA IATIDDWYPE ATEPLRVGRF GVHREDVTCY RHPSTGKDFF SILQQAEHYI EVL SANKTP AQETINDMHF LMANLIKGGM FQHKGD

+
分子 #6: Cas6

分子名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 23.13043 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR ...文字列:
MKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR MLSEQPREGN SIFSSYGLSN SENSFQPVPL I

+
分子 #7: TniQ

分子名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 45.597867 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD ...文字列:
MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD YRVSGLKGIC CKCKEPITLT SRENGHEAAC TVSNWLAGHE SKPLPNLPKS YRWGLVHWWM GIKDSEFDHF SF VQFFSNW PRSFHSIIED EVEFNLEHAV VSTSELRLKD LLGRLFFGSI RLPERNLQHN IILGELLCYL ENRLWQDKGL IAN LKMNAL EATVMLNCSL DQIASMVEQR ILKPNRKSKP NSPLDVTDYL FHFGDIFCLW LAEFQSDEFN RSFYVSRW

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 式: Tris / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 55900
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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