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- EMDB-21111: VRC01 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21111
タイトルVRC01 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure
マップデータVRC01 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
試料
  • 複合体: Complex between VRC01 and BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
    • 複合体: BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: VRC01
      • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...immunoglobulin complex / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160 / Ig-like domain-containing protein / IGK@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Henderson R / Acharya P / Bartesaghi A / Zhou Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI145687-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Disruption of the HIV-1 Envelope allosteric network blocks CD4-induced rearrangements.
著者: Rory Henderson / Maolin Lu / Ye Zhou / Zekun Mu / Robert Parks / Qifeng Han / Allen L Hsu / Elizabeth Carter / Scott C Blanchard / R J Edwards / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Mario J ...著者: Rory Henderson / Maolin Lu / Ye Zhou / Zekun Mu / Robert Parks / Qifeng Han / Allen L Hsu / Elizabeth Carter / Scott C Blanchard / R J Edwards / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Walther Mothes / Barton F Haynes / Priyamvada Acharya / S Munir Alam /
要旨: The trimeric HIV-1 Envelope protein (Env) mediates viral-host cell fusion via a network of conformational transitions, with allosteric elements in each protomer orchestrating host receptor-induced ...The trimeric HIV-1 Envelope protein (Env) mediates viral-host cell fusion via a network of conformational transitions, with allosteric elements in each protomer orchestrating host receptor-induced exposure of the co-receptor binding site and fusion elements. To understand the molecular details of this allostery, here, we introduce Env mutations aimed to prevent CD4-induced rearrangements in the HIV-1 BG505 Env trimer. Binding analysis and single-molecule Förster Resonance Energy Transfer confirm that these mutations prevent CD4-induced transitions of the HIV-1 Env. Structural analysis by single-particle cryo-electron microscopy performed on the BG505 SOSIP mutant Env proteins shows rearrangements in the gp120 topological layer contacts with gp41. Displacement of a conserved tryptophan (W571) from its typical pocket in these Env mutants renders the Env insensitive to CD4 binding. These results reveal the critical function of W571 as a conformational switch in Env allostery and receptor-mediated viral entry and provide insights on Env conformation that are relevant for vaccine design.
履歴
登録2019年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月5日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v8x
  • 表面レベル: 2.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈VRC01 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 415.918 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 415.918 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 415.918 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08312 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.1 / ムービー #1: 2.1
最小 - 最大-4.695386 - 10.300267
平均 (標準偏差)0.0085041765 (±0.14213288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 415.9181 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.08311979166671.08311979166671.0831197916667
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z415.918415.918415.918
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-4.69510.3000.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex between VRC01 and BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer

全体名称: Complex between VRC01 and BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
要素
  • 複合体: Complex between VRC01 and BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
    • 複合体: BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: VRC01
      • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex between VRC01 and BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer

超分子名称: Complex between VRC01 and BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer

超分子名称: BG505 F14 HIV-1 SOSIP Env Trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: VRC01

超分子名称: VRC01 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 52.79184 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNIWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNAITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ...文字列:
NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNIWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNAITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ITQVCPKLSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVLSTQLL LNGSLAEEEV MI RSENITN NAKNILVQFN TPVQINCTRP NNNTRKSIRI GPGQAFYATG DIIGDIRQAH CNVSKATWNE TLGKVVKQLR KHF GNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNSTWISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAM YAPPI QGVIRCVSNI TGLILTRDGG STNSTTETFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRV

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.44767 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LGFLGAAGST MGAASMTLTV QARNLLSGIV QQQSNLLRAI EAQQHLLKLT VWGIKQLQAR VLAVERYLRD QQLLGIWGCS GKLICCTNV PWNSSWSNRN LSEIWDNMTW LQWDKEISNY TQIIYGLLEE SQNQQEKNEQ DLLALD

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分子 #3: VRC01 Fab Heavy Chain

分子名称: VRC01 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.367631 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGGQ MKKPGESMRI SCRASGYEFI DCTLNWIRLA PGKRPEWMGW LKPRGGAVNY ARPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVD DTAVYFCTRG KNCDYNWDFE HWGRGTPVIV SSPSTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGGQ MKKPGESMRI SCRASGYEFI DCTLNWIRLA PGKRPEWMGW LKPRGGAVNY ARPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVD DTAVYFCTRG KNCDYNWDFE HWGRGTPVIV SSPSTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK AEPKSC

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分子 #4: VRC01 Fab Light Chain

分子名称: VRC01 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.930412 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VLTQSPGTLS LSPGETAIIS CRTSQYGSLA WYQQRPGQAP RLVIYSGSTR AAGIPDRFSG SRWGPDYNLT ISNLESGDFG VYYCQQYEF FGQGTKVQVD IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS ...文字列:
VLTQSPGTLS LSPGETAIIS CRTSQYGSLA WYQQRPGQAP RLVIYSGSTR AAGIPDRFSG SRWGPDYNLT ISNLESGDFG VYYCQQYEF FGQGTKVQVD IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLRSP VTKSFNRGEC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77632
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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