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万見
- EMDB-20928: Cryo-EM structure of Torpedo acetylcholine receptor in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20928
タイトルCryo-EM structure of Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin
マップデータ
試料
  • 複合体: Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-bungarotoxin
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: N-OCTANE
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / postsynaptic membrane / neuron projection / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Nicotinic acetylcholine receptor / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain ...Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Nicotinic acetylcholine receptor / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Acetylcholine receptor subunit beta / Acetylcholine receptor subunit gamma / Acetylcholine receptor subunit delta / Alpha-bungarotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Tetronarce californica (エイ) / Pacific electric ray (エイ) / Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Rahman MM / Teng J / Worrell BT / Noveillo CM / Lee M / Karlin A / Stowell M / Hibbs RE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA) 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2020
タイトル: Structure of the Native Muscle-type Nicotinic Receptor and Inhibition by Snake Venom Toxins.
著者: Md Mahfuzur Rahman / Jinfeng Teng / Brady T Worrell / Colleen M Noviello / Myeongseon Lee / Arthur Karlin / Michael H B Stowell / Ryan E Hibbs /
要旨: The nicotinic acetylcholine receptor, a pentameric ligand-gated ion channel, converts the free energy of binding of the neurotransmitter acetylcholine into opening of its central pore. Here we ...The nicotinic acetylcholine receptor, a pentameric ligand-gated ion channel, converts the free energy of binding of the neurotransmitter acetylcholine into opening of its central pore. Here we present the first high-resolution structure of the receptor type found in muscle-endplate membrane and in the muscle-derived electric tissues of fish. The native receptor was purified from Torpedo electric tissue and functionally reconstituted in lipids optimal for cryo-electron microscopy. The receptor was stabilized in a closed state by the binding of α-bungarotoxin. The structure reveals the binding of a toxin molecule at each of two subunit interfaces in a manner that would block the binding of acetylcholine. It also reveals a closed gate in the ion-conducting pore, formed by hydrophobic amino acid side chains, located ∼60 Å from the toxin binding sites. The structure provides a framework for understanding gating in ligand-gated channels and how mutations in the acetylcholine receptor cause congenital myasthenic syndromes.
履歴
登録2019年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年4月15日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uwz
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20928.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 248.832 Å		0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 248.832 Å		0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 248.832 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.648 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.031067662 - 0.058364067
平均 (標準偏差)0.00011594461 (±0.0015678703)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 248.832 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6480.6480.648
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.832248.832248.832
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0310.0580.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_20928_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_20928_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin

全体名称: Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin
要素
  • 複合体: Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-bungarotoxin
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: N-OCTANE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin

超分子名称: Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Tetronarce californica (エイ)

+
分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha

分子名称: Acetylcholine receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 50.168164 KDa
配列文字列: SEHETRLVAN LLENYNKVIR PVEHHTHFVD ITVGLQLIQL ISVDEVNQIV ETNVRLRQQW IDVRLRWNPA DYGGIKKIRL PSDDVWLPD LVLYNNADGD FAIVHMTKLL LDYTGKIMWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDQ QNCTMKLGIW TYDGTKVSIS P ESDRPDLS ...文字列:
SEHETRLVAN LLENYNKVIR PVEHHTHFVD ITVGLQLIQL ISVDEVNQIV ETNVRLRQQW IDVRLRWNPA DYGGIKKIRL PSDDVWLPD LVLYNNADGD FAIVHMTKLL LDYTGKIMWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDQ QNCTMKLGIW TYDGTKVSIS P ESDRPDLS TFMESGEWVM KDYRGWKHWV YYTCCPDTPY LDITYHFIMQ RIPLYFVVNV IIPCLLFSFL TGLVFYLPTD SG EKMTLSI SVLLSLTVFL LVIVELIPST SSAVPLIGKY MLFTMIFVIS SIIITVVVIN THHRSPSTHT MPQWVRKIFI DTI PNVMFF STMKRASKEK QENKIFADDI DISDISGKQV TGEVIFQTPL IKNPDVKSAI EGVKYIAEHM KSDEESSNAA EEWK YVAMV IDHILLCVFM LICIIGTVSV FAGRLIELSQ EG

+
分子 #2: Acetylcholine receptor subunit delta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 57.625711 KDa
配列文字列: VNEEERLIND LLIVNKYNKH VRPVKHNNEV VNIALSLTLS NLISLKETDE TLTSNVWMDH AWYDHRLTWN ASEYSDISIL RLPPELVWI PDIVLQNNND GQYHVAYFCN VLVRPNGYVT WLPPAIFRSS CPINVLYFPF DWQNCSLKFT ALNYDANEIT M DLMTDTID ...文字列:
VNEEERLIND LLIVNKYNKH VRPVKHNNEV VNIALSLTLS NLISLKETDE TLTSNVWMDH AWYDHRLTWN ASEYSDISIL RLPPELVWI PDIVLQNNND GQYHVAYFCN VLVRPNGYVT WLPPAIFRSS CPINVLYFPF DWQNCSLKFT ALNYDANEIT M DLMTDTID GKDYPIEWII IDPEAFTENG EWEIIHKPAK KNIYPDKFPN GTNYQDVTFY LIIRRKPLFY VINFITPCVL IS FLASLAF YLPAESGEKM STAISVLLAQ AVFLLLTSQR LPETALAVPL IGKYLMFIMS LVTGVIVNCG IVLNFHFRTP STH VLSTRV KQIFLEKLPR ILHMSRADES EQPDWQNDLK LRRSSSVGYI SKAQEYFNIK SRSELMFEKQ SERHGLVPRV TPRI GFGNN NENIAASDQL HDEIKSGIDS TNYIVKQIKE KNAYDEEVGN WNLVGQTIDR LSMFIITPVM VLGTIFIFVM GNFNH PPAK PFEGDPFDYS SDHPRCA

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分子 #3: Acetylcholine receptor subunit beta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 53.731773 KDa
配列文字列: SVMEDTLLSV LFETYNPKVR PAQTVGDKVT VRVGLTLTNL LILNEKIEEM TTNVFLNLAW TDYRLQWDPA AYEGIKDLRI PSSDVWQPD IVLMNNNDGS FEITLHVNVL VQHTGAVSWQ PSAIYRSSCT IKVMYFPFDW QNCTMVFKSY TYDTSEVTLQ H ALDAKGER ...文字列:
SVMEDTLLSV LFETYNPKVR PAQTVGDKVT VRVGLTLTNL LILNEKIEEM TTNVFLNLAW TDYRLQWDPA AYEGIKDLRI PSSDVWQPD IVLMNNNDGS FEITLHVNVL VQHTGAVSWQ PSAIYRSSCT IKVMYFPFDW QNCTMVFKSY TYDTSEVTLQ H ALDAKGER EVKEIVINKD AFTENGQWSI EHKPSRKNWR SDDPSYEDVT FYLIIQRKPL FYIVYTIIPC ILISILAILV FY LPPDAGE KMSLSISALL AVTVFLLLLA DKVPETSLSV PIIIRYLMFI MILVAFSVIL SVVVLNLHHR SPNTHTMPNW IRQ IFIETL PPFLWIQRPV TTPSPDSKPT IISRANDEYF IRKPAGDFVC PVDNARVAVQ PERLFSEMKW HLNGLTQPVT LPQD LKEAV EAIKYIAEQL ESASEFDDLK KDWQYVAMVA DRLFLYVFFV ICSIGTFSIF LDASHNVPPD NPFA

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分子 #4: Acetylcholine receptor subunit gamma

分子名称: Acetylcholine receptor subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 56.574094 KDa
配列文字列: ENEEGRLIEK LLGDYDKRII PAKTLDHIID VTLKLTLTNL ISLNEKEEAL TTNVWIEIQW NDYRLSWNTS EYEGIDLVRI PSELLWLPD VVLENNVDGQ FEVAYYANVL VYNDGSMYWL PPAIYRSTCP IAVTYFPFDW QNCSLVFRSQ TYNAHEVNLQ L SAEEGEAV ...文字列:
ENEEGRLIEK LLGDYDKRII PAKTLDHIID VTLKLTLTNL ISLNEKEEAL TTNVWIEIQW NDYRLSWNTS EYEGIDLVRI PSELLWLPD VVLENNVDGQ FEVAYYANVL VYNDGSMYWL PPAIYRSTCP IAVTYFPFDW QNCSLVFRSQ TYNAHEVNLQ L SAEEGEAV EWIHIDPEDF TENGEWTIRH RPAKKNYNWQ LTKDDTDFQE IIFFLIIQRK PLFYIINIIA PCVLISSLVV LV YFLPAQA GGQKCTLSIS VLLAQTIFLF LIAQKVPETS LNVPLIGKYL IFVMFVSMLI VMNCVIVLNV SLRTPNTHSL SEK IKHLFL GFLPKYLGMQ LEPSEETPEK PQPRRRSSFG IMIKAEEYIL KKPRSELMFE EQKDRHGLKR VNKMTSDIDI GTTV DLYKD LANFAPEIKS CVEACNFIAK STKEQNDSGS ENENWVLIGK VIDKA(P1L)FWIA LLLFSIGTLA IFLTGHFNQV P EFPFPGDP RKYVP

+
分子 #5: Alpha-bungarotoxin

分子名称: Alpha-bungarotoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
分子量理論値: 8.005281 KDa
配列文字列:
IVCHTTATSP ISAVTCPPGE NLCYRKMWCD AFCSSRGKVV ELGCAATCPS KKPYEEVTCC STDKCNPHPK QRPG

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分子 #9: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #11: N-OCTANE

分子名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: OCT
分子量理論値: 114.229 Da
Chemical component information

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

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分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 138 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: De novo initial model from RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 127482
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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