+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20908 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of VcCascasde-TniQ complex | |||||||||
マップデータ | Composite map of different focused refinement | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) / Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Li Z / Zhang H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of a type I-F CRISPR RNA guided surveillance complex bound to transposition protein TniQ. 著者: Zhuang Li / Heng Zhang / Renjian Xiao / Leifu Chang / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20908.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-20908-v30.xml emd-20908.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20908.png | 54.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20908 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20908_validation.pdf.gz | 349.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_20908_full_validation.pdf.gz | 349.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20908_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20908_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20908 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Composite map of different focused refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : protein complex 5
全体 | 名称: protein complex 5 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: protein complex 5
超分子 | 名称: protein complex 5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
-分子 #1: Cas6
分子 | 名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 25.136523 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SQDPNSSMVK WYYKTITFLP ELCNNESLAA KCLRVLHGFN YQYETRNIGV SFPLWCDATV GKKISFVSKN KIELDLLLK QHYFVQMEQL QYFHISNTVL VPEDCTYVSF RRCQSIDKLT AAGLARKIRR LEKRALSRGE QFDPSSFAQK E HTAIAHYH ...文字列: MGSSHHHHHH SQDPNSSMVK WYYKTITFLP ELCNNESLAA KCLRVLHGFN YQYETRNIGV SFPLWCDATV GKKISFVSKN KIELDLLLK QHYFVQMEQL QYFHISNTVL VPEDCTYVSF RRCQSIDKLT AAGLARKIRR LEKRALSRGE QFDPSSFAQK E HTAIAHYH SLGESSKQTN RNFRLNIRML SEQPREGNSI FSSYGLSNSE NSFQPVPLI |
-分子 #2: Cas8/5
分子 | 名称: Cas8/5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 72.29493 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG ...文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG CSQKTCKAMA KQLADITLTT INVTLAPNYL TQISLPDSDT SYISLSPVAS LSMQSHFHQR LQDENRHSAI TR FSRTTNM GVTAMTCGGA FRMLKSGAKF SSPPHHRLNS KRSWLTSEHV QSLKQYQRLN KSLIPENSRI ALRRKYKIEL QNM VRSWFA MQDHTLDSNI LIQHLNHDLS YLGATKRFAY DPAMTKLFTE LLKRELSNSI NNGEQHTNGS FLVLPNIRVC GATA LSSPV TVGIPSLTAF FGFVHAFERN INRTTSSFRV ESFAICVHQL HVEKRGLTAE FVEKGDGTIS APATRDDWQC DVVFS LILN TNFAQHIDQD TLVTSLPKRL ARGSAKIAID DFKHINSFST LETAIESLPI EAGRWLSLYA QSNNNLSDLL AAMTED HQL MASCVGYHLL EEPKDKPNSL RGYKHAIAEC IIGLINSITF SSETDPNTIF WSLKNYQNYL VVQPRSINDE TTDKSSL |
-分子 #3: Cas7
分子 | 名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 40.185352 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MADLKLPTNL AYERSIDPSD VCFFVVWPDD RKTPLTYNSR TLLGQMEAAS LAYDVSGQPI KSATAEALAQ GNPHQVDFCH VPYGASHIE CSFSVSFSSE LRQPYKCNSS KVKQTLVQLV ELYETKIGWT ELATRYLMNI CNGKWLWKNT RKAYCWNIVL T PWPWNGEK ...文字列: MADLKLPTNL AYERSIDPSD VCFFVVWPDD RKTPLTYNSR TLLGQMEAAS LAYDVSGQPI KSATAEALAQ GNPHQVDFCH VPYGASHIE CSFSVSFSSE LRQPYKCNSS KVKQTLVQLV ELYETKIGWT ELATRYLMNI CNGKWLWKNT RKAYCWNIVL T PWPWNGEK VGFEDIRTNY TSRQDFKNNK NWSAIVEMIK TAFSSTDGLA IFEVRATLHL PTNAMVRPSQ VFTEKESGSK SK SKTQNSR VFQSTTIDGE RSPILGAFKT GAAIATIDDW YPEATEPLRV GRFGVHREDV TCYRHPSTGK DFFSILQQAE HYI EVLSAN KTPAQETIND MHFLMANLIK GGMFQHKGD |
-分子 #4: TniQ
分子 | 名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 45.597867 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD ...文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD YRVSGLKGIC CKCKEPITLT SRENGHEAAC TVSNWLAGHE SKPLPNLPKS YRWGLVHWWM GIKDSEFDHF SF VQFFSNW PRSFHSIIED EVEFNLEHAV VSTSELRLKD LLGRLFFGSI RLPERNLQHN IILGELLCYL ENRLWQDKGL IAN LKMNAL EATVMLNCSL DQIASMVEQR ILKPNRKSKP NSPLDVTDYL FHFGDIFCLW LAEFQSDEFN RSFYVSRW |
-分子 #6: Cas8_HelicalBundle
分子 | 名称: Cas8_HelicalBundle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 8.358294 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK) |
-分子 #5: crRNA
分子 | 名称: crRNA / タイプ: other / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 19.554586 KDa |
配列 | 文字列: CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCA(DG) C |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 582000 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |