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万見
- EMDB-20669: HBV T=3 particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20669
タイトルHBV T=3 particle
マップデータReconstruction of HBV T=3 particles, 5-fold view
試料
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HBV
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
Core protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Wu W / Watts NR / Cheng N / Huang R / Steven A / Wingfield PT
引用ジャーナル: PLoS Comput Biol / 年: 2020
タイトル: Expression of quasi-equivalence and capsid dimorphism in the Hepadnaviridae.
著者: Weimin Wu / Norman R Watts / Naiqian Cheng / Rick Huang / Alasdair C Steven / Paul T Wingfield /
要旨: Hepatitis B virus (HBV) is a leading cause of liver disease. The capsid is an essential component of the virion and it is therefore of interest how it assembles and disassembles. The capsid protein ...Hepatitis B virus (HBV) is a leading cause of liver disease. The capsid is an essential component of the virion and it is therefore of interest how it assembles and disassembles. The capsid protein is unusual both for its rare fold and that it polymerizes according to two different icosahedral symmetries, causing the polypeptide chain to exist in seven quasi-equivalent environments: A, B, and C in AB and CC dimers in T = 3 capsids, and A, B, C, and D in AB and CD dimers in T = 4 capsids. We have compared the two capsids by cryo-EM at 3.5 Å resolution. To ensure a valid comparison, the two capsids were prepared and imaged under identical conditions. We find that the chains have different conformations and potential energies, with the T = 3 C chain having the lowest. Three of the four quasi-equivalent dimers are asymmetric with respect to conformation and potential energy; however, the T = 3 CC dimer is symmetrical and has the lowest potential energy although its intra-dimer interface has the least free energy of formation. Of all the inter-dimer interfaces, the CB interface has the least area and free energy, in both capsids. From the calculated energies of higher-order groupings of dimers discernible in the lattices we predict early assembly intermediates, and indeed we observe such structures by negative stain EM of in vitro assembly reactions. By sequence analysis and computational alanine scanning we identify key residues and motifs involved in capsid assembly. Our results explain several previously reported observations on capsid assembly, disassembly, and dimorphism.
履歴
登録2019年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2020年5月6日-
現状2020年5月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ui6
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ui6
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20669.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of HBV T=3 particles, 5-fold view
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.008
最小 - 最大-0.033278618 - 0.048797883
平均 (標準偏差)0.00001637628 (±0.0027343659)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-216-216-216
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 401.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.930.930.93
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z401.760401.760401.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-216-216-216
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0330.0490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus

全体名称: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HBV

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超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)

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分子 #1: HBV

分子名称: HBV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
配列文字列:
MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHASP HHTALRQAIL AWGELMTLAT WVGNNKEDPA SRDLVVNYVN TNMGLKIRQL LWFHISALTF GRETVLEYLV SFGVWIRTPP AYRPPNAPIL ST

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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