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万見
- EMDB-20503: Subtomogram average of a purified Leptospira biflexa -fcpB mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20503
タイトルSubtomogram average of a purified Leptospira biflexa -fcpB mutant flagellum
マップデータMap of the Leptospira biflexa purified -fcpB flagellum, determined through subtomogram averaging with emClarity.
試料
  • 複合体: Flagellum
生物種Leptospira biflexa serovar Patoc (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.4 Å
データ登録者Brady MR / Gibson KH / Sindelar CV
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2018
タイトル: FcpB Is a Surface Filament Protein of the Endoflagellum Required for the Motility of the Spirochete .
著者: Elsio A Wunder / Leyla Slamti / David N Suwondo / Kimberley H Gibson / Zhiguo Shang / Charles V Sindelar / Felipe Trajtenberg / Alejandro Buschiazzo / Albert I Ko / Mathieu Picardeau /
要旨: The spirochete endoflagellum is a unique motility apparatus among bacteria. Despite its critical importance for pathogenesis, the full composition of the flagellum remains to be determined. We have ...The spirochete endoflagellum is a unique motility apparatus among bacteria. Despite its critical importance for pathogenesis, the full composition of the flagellum remains to be determined. We have recently reported that FcpA is a novel flagellar protein and a major component of the sheath of the filament of the spirochete . By screening a library of random transposon mutants in the spirochete , we found a motility-deficient mutant harboring a disruption in a hypothetical gene of unknown function. Here, we show that this gene encodes a surface component of the endoflagellar filament and is required for typical hook- and spiral-shaped ends of the cell body, coiled structure of the endoflagella, and high velocity phenotype. We therefore named the gene for flagellar-coiling protein B. is conserved in all members of the genus, but not present in other organisms including other spirochetes. Complementation of the mutant restored the wild-type morphology and motility phenotypes. Immunoblotting with anti-FcpA and anti-FcpB antisera and cryo-electron microscopy of the filament indicated that FcpB assembled onto the surface of the sheath of the filament and mostly located on the outer (convex) side of the coiled filament. We provide evidence that FcpB, together with FcpA, are -specific novel components of the sheath of the filament, key determinants of the coiled and asymmetric structure of the endoflagella and are essential for high velocity. Defining the components of the endoflagella and their functions in these atypical bacteria should greatly enhance our understanding of the mechanisms by which these bacteria produce motility.
履歴
登録2019年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20503.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the Leptospira biflexa purified -fcpB flagellum, determined through subtomogram averaging with emClarity.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.97 Å/pix.
x 171 pix.
= 849.87 Å		4.97 Å/pix.
x 171 pix.
= 849.87 Å		4.97 Å/pix.
x 171 pix.
= 849.87 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.01 / ムービー #1: 4.01
最小 - 最大-12.255934 - 18.001131
平均 (標準偏差)-0.0000000001 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ171171171
Spacing171171171
セルA=B=C: 849.86993 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.974.974.97
M x/y/z171171171
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z849.870849.870849.870
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ172172172
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS171171171
D min/max/mean-12.25618.001-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half mask of the Leptospira biflexa purified -fcpB...

ファイルemd_20503_half_map_1.map
注釈Half mask of the Leptospira biflexa purified -fcpB flagellum, determined through subtomogram averaging with emClarity.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half mask of the Leptospira biflexa purified -fcpB...

ファイルemd_20503_half_map_2.map
注釈Half mask of the Leptospira biflexa purified -fcpB flagellum, determined through subtomogram averaging with emClarity.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flagellum

全体名称: Flagellum
要素
  • 複合体: Flagellum

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超分子 #1: Flagellum

超分子名称: Flagellum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Purified periplasmic flagella from Leptospira biflexa serovar Patoc -fcpB mutant
由来(天然)生物種: Leptospira biflexa serovar Patoc (バクテリア)
細胞中の位置: Periplasmic space

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8 / 構成要素 - 式: H2O
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 3.0 nm / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: The sample was glow-discharged with ArO2 for 6 seconds.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blot time of 6 seconds, blot offset -1mm.
詳細Flagella were purified from Leptospira biflexa serovar Patoc according to the method described from Wunder et al. 2016 (Molecular Microbiology). After the final centrifugation, the flagella were resuspended in 0.5 mL H2O, and approximately 0.2% sodium azide was added as a preservative. Flagella were stored at 4 degrees C.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 8.35 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 14500
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity
詳細: emClarity was used to generate a final structure from the 10 best tomograms (that contained 14 filaments).
使用したサブトモグラム数: 10
抽出トモグラム数: 24 / 使用した粒子像数: 5917 / ソフトウェア - 名称: RELION
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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