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万見
- EMDB-20487: Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20487
タイトルHuman alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor in complex with nicotine
マップデータ
試料
  • 複合体: Human alpha3beta4 nicotinic receptor in complex with Fab fragments and bound to nicotine
    • 複合体: Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor
      • 複合体: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3
        • タンパク質・ペプチド: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 and Soluble cytochrome b562
      • 複合体: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4
        • タンパク質・ペプチド: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 and Soluble cytochrome b562
    • 複合体: IgG2b/kappa antibody
      • 複合体: IgG2b heavy chain
        • タンパク質・ペプチド: IgG2b Fab heavy chain
      • 複合体: Kappa Fab light chain
        • タンパク質・ペプチド: Kappa Fab light chain
  • リガンド: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: nonane
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse ...regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / regulation of neurotransmitter secretion / behavioral response to nicotine / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / nervous system process / acetylcholine receptor signaling pathway / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / neurotransmitter receptor activity / regulation of dendrite morphogenesis / plasma membrane raft / membrane depolarization / tertiary granule membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / smooth muscle contraction / neuronal action potential / specific granule membrane / monoatomic ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / excitatory postsynaptic potential / locomotory behavior / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / response to nicotine / nervous system development / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / postsynaptic density / nuclear speck / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / synapse / dendrite / heme binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor ...Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / house mouse (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Gharpure A / Teng J / Zhuang Y / Noviello CM / Walsh RM / Cabuco R / Howard RJ / Zaveri NT / Lindahl E / Hibbs RE
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationI-1812 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008203 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)T32DA07290 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA042072 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA037492 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS095899 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2019
タイトル: Agonist Selectivity and Ion Permeation in the α3β4 Ganglionic Nicotinic Receptor.
著者: Anant Gharpure / Jinfeng Teng / Yuxuan Zhuang / Colleen M Noviello / Richard M Walsh / Rico Cabuco / Rebecca J Howard / Nurulain T Zaveri / Erik Lindahl / Ryan E Hibbs /
要旨: Nicotinic acetylcholine receptors are pentameric ion channels that mediate fast chemical neurotransmission. The α3β4 nicotinic receptor subtype forms the principal relay between the central and ...Nicotinic acetylcholine receptors are pentameric ion channels that mediate fast chemical neurotransmission. The α3β4 nicotinic receptor subtype forms the principal relay between the central and peripheral nervous systems in the autonomic ganglia. This receptor is also expressed focally in brain areas that affect reward circuits and addiction. Here, we present structures of the α3β4 nicotinic receptor in lipidic and detergent environments, using functional reconstitution to define lipids appropriate for structural analysis. The structures of the receptor in complex with nicotine, as well as the α3β4-selective ligand AT-1001, complemented by molecular dynamics, suggest principles of agonist selectivity. The structures further reveal much of the architecture of the intracellular domain, where mutagenesis experiments and simulations define residues governing ion conductance.
履歴
登録2019年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pv7
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20487.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0275 / ムービー #1: 0.0275
最小 - 最大-0.10608274 - 0.1819137
平均 (標準偏差)0.0002577802 (±0.0038265774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.000321.000321.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1060.1820.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_20487_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_20487_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human alpha3beta4 nicotinic receptor in complex with Fab fragment...

全体名称: Human alpha3beta4 nicotinic receptor in complex with Fab fragments and bound to nicotine
要素
  • 複合体: Human alpha3beta4 nicotinic receptor in complex with Fab fragments and bound to nicotine
    • 複合体: Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor
      • 複合体: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3
        • タンパク質・ペプチド: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 and Soluble cytochrome b562
      • 複合体: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4
        • タンパク質・ペプチド: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 and Soluble cytochrome b562
    • 複合体: IgG2b/kappa antibody
      • 複合体: IgG2b heavy chain
        • タンパク質・ペプチド: IgG2b Fab heavy chain
      • 複合体: Kappa Fab light chain
        • タンパク質・ペプチド: Kappa Fab light chain
  • リガンド: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: nonane
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human alpha3beta4 nicotinic receptor in complex with Fab fragment...

超分子名称: Human alpha3beta4 nicotinic receptor in complex with Fab fragments and bound to nicotine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Fab fragments generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor

超分子名称: Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2

+
超分子 #3: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3

超分子名称: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4

超分子名称: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2

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超分子 #5: IgG2b/kappa antibody

超分子名称: IgG2b/kappa antibody / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody

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超分子 #6: IgG2b heavy chain

超分子名称: IgG2b heavy chain / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #3

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超分子 #7: Kappa Fab light chain

超分子名称: Kappa Fab light chain / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #4

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分子 #1: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3...

分子名称: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 and Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.087363 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SEAEHRLFER LFEDYNEIIR PVANVSDPVI IHFEVSMSQL VKVDEVNQIM ETNLWLKQIW NDYKLKWNPS DYGGAEFMRV PAQKIWKPD IVLYNNAVGD FQVDDKTKAL LKYTGEVTWI PPAIFKSSCK IDVTYFPFDY QNCTMKFGSW SYDKAKIDLV L IGSSMNLK ...文字列:
SEAEHRLFER LFEDYNEIIR PVANVSDPVI IHFEVSMSQL VKVDEVNQIM ETNLWLKQIW NDYKLKWNPS DYGGAEFMRV PAQKIWKPD IVLYNNAVGD FQVDDKTKAL LKYTGEVTWI PPAIFKSSCK IDVTYFPFDY QNCTMKFGSW SYDKAKIDLV L IGSSMNLK DYWESGEWAI IKAPGYKHDI KYNCCEEIYP DITYSLYIRR LPLFYTINLI IPCLLISFLT VLVFYLPSDC GE KVTLCIS VLLSLTVFLL VITETIPSTS LVIPLIGEYL LFTMIFVTLS IVITVFVLNV HYRTPTTHTM PSWVKTVFLN LLP RVMFMT RPTSNEGNAQ KPRPLYGAEL SADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKATPPKLE DKSP DSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLLS ALSPEIKEAI QSVKYIAENM KAQNE AKEI QDDWKYVAMV IDRIFLWVFT LVCILGTAGL FLQPLMARED A

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分子 #2: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 ...

分子名称: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 and Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.337594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVANAEEKLM DDLLNKTRYN NLIRPATSSS QLISIKLQLS LAQLISVNER EQIMTTNVWL KQEWTDYRLT WNSSRYEGVN ILRIPAKRI WLPDIVLYNN ADGTYEVSVY TNLIVRSNGS VLWLPPAIYK SACKIEVKYF PFDQQNCTLK FRSWTYDHTE I DMVLMTPT ...文字列:
RVANAEEKLM DDLLNKTRYN NLIRPATSSS QLISIKLQLS LAQLISVNER EQIMTTNVWL KQEWTDYRLT WNSSRYEGVN ILRIPAKRI WLPDIVLYNN ADGTYEVSVY TNLIVRSNGS VLWLPPAIYK SACKIEVKYF PFDQQNCTLK FRSWTYDHTE I DMVLMTPT ASMDDFTPSG EWDIVALPGR RTVNPQDPSY VDVTYDFIIK RKPLFYTINL IIPCVLTTLL AILVFYLPSD CG EKMTLCI SVLLALTFFL LLISKIVPPT SLDVPLIGKY LMFTMVLVTF SIVTSVCVLN VHHRSPSTHT MAPWVKRCFL HKL PTFLFM KRPGPDSSPA RAFPADLEDN WETLNDNLKV IEKADNAAQV KDALTKMRAA ALDAQKATPP KLEDKSPDSP EMKD FRHGF DILVGQIDDA LKLANEGKVK EAQAAAEQLK TTRNAYIQKY LSGRFRQDVQ EALEGVSFIA QHMKNDDEDQ SVVED WKYV AMVVDRLFLW VFMFVCVLGT VGLFLPPLFQ THAASEGPYA AQRDSAWSHP QFEK

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分子 #3: IgG2b Fab heavy chain

分子名称: IgG2b Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: house mouse (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
分子量理論値: 23.396051 KDa
配列文字列: QVQLQQSGPE LVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DYALYWVRQS HAKSLEWIGV INPYSGNTNY NQKFKGKATM TVDKSSSTAY MELARLTSD DSAIYYCASG YDGYPYTMDY WGPGASVTVS SAKTTPPSVY PLAPGCGDTT GSSVTLGCLV KGYFPESVTV T WNSGSLSS ...文字列:
QVQLQQSGPE LVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DYALYWVRQS HAKSLEWIGV INPYSGNTNY NQKFKGKATM TVDKSSSTAY MELARLTSD DSAIYYCASG YDGYPYTMDY WGPGASVTVS SAKTTPPSVY PLAPGCGDTT GSSVTLGCLV KGYFPESVTV T WNSGSLSS SVHTFPALLQ SGLYTMSSSV TVPSSTWPSQ TVTCSVAHPA SSTTVDKKLE P

+
分子 #4: Kappa Fab light chain

分子名称: Kappa Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: house mouse (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
分子量理論値: 23.401861 KDa
配列文字列: QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSMT YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT SQLASGVPAR FRGSGSGTSF SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNPLTFGG GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSMT YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT SQLASGVPAR FRGSGSGTSF SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNPLTFGG GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #8: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE

分子名称: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NCT
分子量理論値: 162.232 Da
Chemical component information

ChemComp-NCT:
(S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / ニコチン / alkaloid*YM

+
分子 #9: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 10 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #10: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #12: nonane

分子名称: nonane / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: DD9
分子量理論値: 128.255 Da
Chemical component information

ChemComp-DD9:
nonane / ノナン

+
分子 #13: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMC9H15O6PTris(2-carboxyethyl)phosphine
1.0 mMC10H14N2Nicotine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 5053 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 46730 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 705401
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: De novo initial model from Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 112737
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6pv7:
Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor in complex with nicotine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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