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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20398 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | In situ structure of BTV RNA-dependent RNA polymerase in BTV virion | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | BTV RNA-dependent RNA polymerase in BTV virion | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA dependent RNA polymerase / Viral protein / Transferase | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bluetongue virus 1 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | He Y / Shivakoti S | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: In situ structures of RNA-dependent RNA polymerase inside bluetongue virus before and after uncoating. 著者: Yao He / Sakar Shivakoti / Ke Ding / Yanxiang Cui / Polly Roy / Z Hong Zhou / 要旨: Bluetongue virus (BTV), a major threat to livestock, is a multilayered, nonturreted member of the , a family of segmented dsRNA viruses characterized by endogenous RNA transcription through an RNA- ...Bluetongue virus (BTV), a major threat to livestock, is a multilayered, nonturreted member of the , a family of segmented dsRNA viruses characterized by endogenous RNA transcription through an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). To date, the structure of BTV RdRp has been unknown, limiting our mechanistic understanding of BTV transcription and hindering rational drug design effort targeting this essential enzyme. Here, we report the in situ structures of BTV RdRp VP1 in both the triple-layered virion and double-layered core, as determined by cryo-electron microscopy (cryoEM) and subparticle reconstruction. BTV RdRp has 2 unique motifs not found in other viral RdRps: a fingernail, attached to the conserved fingers subdomain, and a bundle of 3 helices: 1 from the palm subdomain and 2 from the N-terminal domain. BTV RdRp VP1 is anchored to the inner surface of the capsid shell via 5 asymmetrically arranged N termini of the inner capsid shell protein VP3A around the 5-fold axis. The structural changes of RdRp VP1 and associated capsid shell proteins between BTV virions and cores suggest that the detachment of the outer capsid proteins VP2 and VP5 during viral entry induces both global movements of the inner capsid shell and local conformational changes of the N-terminal latch helix (residues 34 to 51) of 1 inner capsid shell protein VP3A, priming RdRp VP1 within the capsid for transcription. Understanding this mechanism in BTV also provides general insights into RdRp activation and regulation during viral entry of other multilayered, nonturreted dsRNA viruses. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20398.map.gz | 87 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20398-v30.xml emd-20398.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20398.png | 227.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20398.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20398 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20398_validation.pdf.gz | 704.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20398_full_validation.pdf.gz | 704.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20398_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20398_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20398 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 96.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BTV RNA-dependent RNA polymerase in BTV virion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bluetongue virus 1
全体 | 名称: Bluetongue virus 1 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bluetongue virus 1
超分子 | 名称: Bluetongue virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 35327 / 生物種: Bluetongue virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Bluetongue virus 1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 149.926281 KDa |
配列 | 文字列: MVAITVQGAQ LIKRVVERFY PGIAFNINEG ACYIYKFSDH IRRIRMKHGT KYRRQAEEII RNISLRKERL YGIPVLDEVE WKYVFDGQT FQSYAFEVYV NSILPWSELD PEEEFLRNYR VSREMTEVEK FIEFRAKNEM QIYGDIPIKV WCCFINELSA E LKHVPLGM ...文字列: MVAITVQGAQ LIKRVVERFY PGIAFNINEG ACYIYKFSDH IRRIRMKHGT KYRRQAEEII RNISLRKERL YGIPVLDEVE WKYVFDGQT FQSYAFEVYV NSILPWSELD PEEEFLRNYR VSREMTEVEK FIEFRAKNEM QIYGDIPIKV WCCFINELSA E LKHVPLGM QVMADFVNRF DSPFHQGNRD LSNLEDFQVA YTTPLLFEMC CMESILEFNI KMRMREEEIS ALEFGDMKVD PV GLLREFF ILCLPHPKKI NNVLRAPYSW FVKMWGVGAD PIVVLQSTAG DDRNSKDVFY DKFRTEPNRY KALFRSSFYN ESR RMNEEK ILEAVKYSQK LGSHDRRLPL FEKMLKTVYT TPFYPHKSSN MILASFLLSI QTITGYGRAW VKNVSTEFDK QLKP NPSNL VQDVSDLTRE FFKQAYVEAK ERREEIVKPE DLYTSMLRLA RNTSSGFSTE IYVKKRFGPR LRDKDLIKIN SRIKA LVIF TKGHTVFTDE ELHKKYNSVE LYQTKGSRDV PIKATRTIYS INLSVLVPQL IVTLPLNEYF SRVGGITSPD YKKIGG KVI VGDLEATGSR VMDAADCFRN SADRDIFTIA IDYSEYDTHL TRHNFRTGML QGIREAMAPY RDLRYEGYTL EQIIDFG YG EGRVANTLWN GKRRLFKTTF DAYIRLDESE RDKGSFKVPK GVLPVSSVDV ANRIAVDKGF DTLIAATDGS DLALIDTH L SGENSTLIAN SMHNMAIGTL MQREVGREQP GVLTFLSEQY VGDDTLFYTK LHTTDTKVFD KVAASIFDTV AKCGHEASP SKTMMTPYSV EKTQTHAKQG CYVPQDRMMI ISSERRKDIE DVQGYVRSQV QTMITKVSRG FCHDLAQLIL MLKTTFIGAW KMKRTIKED AMYRDRKFDS NDEDGFTLIQ IRNPLALYVP IGWNGYGAHP AALNIVMTEE MYVDSIMISK LDEIMAPIRR I VHDIPPCW NETQGDKRGL ISATKMSFFS KMARPAVQAA LSDPQIINLV EELPLGEFSP GRISRTMMHS ALLKESSART LL SSGYELE YQKALNSWIT QVSMRLGEES GVISTSYAKL FDVYFEGELD GAPHMFPDQN LSPQFYIQKM MIGPRVSSRV RNS YVDRID VILRKDVVMR GFITANTILN VIEKLGTNHS VGDLVTVFTL MNIETRVAEE LAEYMTSEKI RFDALKLLKK GIAG DEFTM SLNVATQDFI DTYLAYPYQL TKTEVDAISL YCTQMIMLRA ALGLPKKKMK IVVTDDAKKR YKIRLQRFRT HVPKI KVLK KLIDPNRMTV RNLENQFV UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase |
-分子 #2: Inner core structural protein VP3
分子 | 名称: Inner core structural protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bluetongue virus 1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 103.410508 KDa |
配列 | 文字列: MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG KGSFILHDIP TRDHRGMEVA E PEVLGVEF ...文字列: MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG KGSFILHDIP TRDHRGMEVA E PEVLGVEF KNVLPVLTAE HRAMIQNALD GSIIENGNVA TRDVDVFIGA CSEPVYRIYN RLQGYIEAVQ LQELRNSIGW LE RLGHRKR ITYSQEVLTD FRRQDTIWVL ALQLPVNPQV VWDVPRSSIA NLIMNIATCL PTGEYIAPNP RISSITLTQR ITT TGPFAI LTGSTPTAQQ LNDVRKIYLA LMFPGQIILD LKIDPGERMD PAVRMVAGVV GHLLFTAGGR FTNLTQNMAR QLDI ALNDY LLYMYNTRVQ VNYGPTGEPL DFQIGRNQYD CNVFRADFAT GTGYNGWATI DVEYREPAPY VHAQRYIRYC GIDSR ELIN PTTYGIGMTY HCYNEMLRML VAAGKDSEAA YFRSMLPFHM VRFARINQII NEDLHSVFSL PDDMFNALLP DLIAGA HQN ADPVVLDVSW ISLWFAFNRS FEPTHRNEML EVAPLIESVY ASELSVMKVD MRHLSLMQRR FPDVLIQARP SHFWKAV LN DSPEAVKAVM NLSHSHNFIN IRDMMRWVML PSLQPSLKLA LEEEAWAAAN DFEDLMLTDQ VYMHRDMLPE PRLDDIER F RQEGFYYTNM LEAPPEIDRV VQYTYEIARL QANMGQFRAA LRRIMDDDDW VRFGGVLRTV RVKFYDARPP DDVLQGLPF SYDTNERGGL AYATIKYATE TTIFYLIYNV EFSNTPDSLV LINPTYTMTK VFINKRIVER VRVGQILAVL NRRFVAYKGK MRIMDITQS LKMGTKLAAP TV UniProtKB: Core protein VP3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 244063 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |