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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20374 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with taurine in nanodisc, desensitized state | |||||||||
マップデータ | zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with taurine in nanodisc, desensitized | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / neurotransmitter receptor activity / regulation of neuron differentiation / glycine binding / chloride channel complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / neurotransmitter receptor activity / regulation of neuron differentiation / glycine binding / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / neuropeptide signaling pathway / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / central nervous system development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / synapse / dendrite / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu J / Zhu H / Gouaux E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Mechanism of gating and partial agonist action in the glycine receptor. 著者: Jie Yu / Hongtao Zhu / Remigijus Lape / Timo Greiner / Juan Du / Wei Lü / Lucia Sivilotti / Eric Gouaux / 要旨: Ligand-gated ion channels mediate signal transduction at chemical synapses and transition between resting, open, and desensitized states in response to neurotransmitter binding. Neurotransmitters ...Ligand-gated ion channels mediate signal transduction at chemical synapses and transition between resting, open, and desensitized states in response to neurotransmitter binding. Neurotransmitters that produce maximum open channel probabilities (Po) are full agonists, whereas those that yield lower than maximum Po are partial agonists. Cys-loop receptors are an important class of neurotransmitter receptors, yet a structure-based understanding of the mechanism of partial agonist action has proven elusive. Here, we study the glycine receptor with the full agonist glycine and the partial agonists taurine and γ-amino butyric acid (GABA). We use electrophysiology to show how partial agonists populate agonist-bound, closed channel states and cryo-EM reconstructions to illuminate the structures of intermediate, pre-open states, providing insights into previously unseen conformational states along the receptor reaction pathway. We further correlate agonist-induced conformational changes to Po across members of the receptor family, providing a hypothetical mechanism for partial and full agonist action at Cys-loop receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20374.map.gz | 165.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20374-v30.xml emd-20374.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20374_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20374.png | 79.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20374 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20374 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6plsMC 6ploC 6plpC 6plqC 6plrC 6pltC 6pluC 6plvC 6plwC 6plxC 6plyC 6plzC 6pm0C 6pm1C 6pm2C 6pm3C 6pm4C 6pm5C 6pm6C 6pxdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with taurine in nanodisc, desensitized | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : glycine receptor in complex with taurine
全体 | 名称: glycine receptor in complex with taurine |
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要素 |
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-超分子 #1: glycine receptor in complex with taurine
超分子 | 名称: glycine receptor in complex with taurine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 実験値: 250 KDa |
-分子 #1: Glycine receptor subunit alphaZ1
分子 | 名称: Glycine receptor subunit alphaZ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 52.537598 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN ...文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN FPMDVQTCIM QLESFGYTMN DLIFEWDEKG AVQVADGLTL PQFILKEEKD LRYCTKHYNT GKFTCIEARF HL ERQMGYY LIQMYIPSLL IVILSWVSFW INMDAAPARV GLGITTVLTM TTQSSGSRAS LPKVSYVKAI DIWMAVCLLF VFS ALLEYA AVNFIARQHK ELLRFQRRRR HLKEDEAGDG RFSFAAYGMG PACLQAKDGM AIKGNNNNAP TSTNPPEKTV EEMR KLFIS RAKRIDTVSR VAFPLVFLIF NIFYWITYKI IRSEDIHKQL VPRGSHHHHH HHH |
-分子 #3: 2-AMINOETHANESULFONIC ACID
分子 | 名称: 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: TAU |
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分子量 | 理論値: 125.147 Da |
Chemical component information | ChemComp-TAU: |
-分子 #4: UNKNOWN LIGAND
分子 | 名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 60 / 式: UNL |
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分子量 | 理論値: 184.361 Da |
Chemical component information |
ChemComp-UNL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |