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- EMDB-20341: The Nexin-dynein Regulatory Complex (N-DRC) from the cryo-electro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20341
タイトルThe Nexin-dynein Regulatory Complex (N-DRC) from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas SNAP-DRC4 axonemes, labeled with streptavidin-nanogold
マップデータN-DRC structure from SNAP-DRC4 Chlamydomonas
試料
  • 細胞: The nexin-dynein regulatory complex averaged from Chlamydomonas SNAP-DRC4 axoneme, labeled with streptavidin-nanogold
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Gui L / Song K / Tritschler D / Bower R / Yan S / Dai A / Augspurger K / Sakizadeh J / Grzemska M / Ni T ...Gui L / Song K / Tritschler D / Bower R / Yan S / Dai A / Augspurger K / Sakizadeh J / Grzemska M / Ni T / Porter ME / Nicastro D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM083122 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM055667 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Scaffold subunits support associated subunit assembly in the ciliary nexin-dynein regulatory complex.
著者: Long Gui / Kangkang Song / Douglas Tritschler / Raqual Bower / Si Yan / Aguang Dai / Katherine Augspurger / Jason Sakizadeh / Magdalena Grzemska / Thomas Ni / Mary E Porter / Daniela Nicastro /
要旨: The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) in motile cilia and flagella functions as a linker between neighboring doublet microtubules, acts to stabilize the axonemal core structure, and serves as a ...The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) in motile cilia and flagella functions as a linker between neighboring doublet microtubules, acts to stabilize the axonemal core structure, and serves as a central hub for the regulation of ciliary motility. Although the N-DRC has been studied extensively using genetic, biochemical, and structural approaches, the precise arrangement of the 11 (or more) N-DRC subunits remains unknown. Here, using cryo-electron tomography, we have compared the structure of wild-type flagella to that of strains with specific DRC subunit deletions or rescued strains with tagged DRC subunits. Our results show that DRC7 is a central linker subunit that helps connect the N-DRC to the outer dynein arms. DRC11 is required for the assembly of DRC8, and DRC8/11 form a subcomplex in the proximal lobe of the linker domain that is required to form stable contacts to the neighboring B-tubule. Gold labeling of tagged subunits determines the precise locations of the previously ambiguous N terminus of DRC4 and C terminus of DRC5. DRC4 is now shown to contribute to the core scaffold of the N-DRC. Our results reveal the overall architecture of N-DRC, with the 3 subunits DRC1/2/4 forming a core complex that serves as the scaffold for the assembly of the "functional subunits," namely DRC3/5-8/11. These findings shed light on N-DRC assembly and its role in regulating flagellar beating.
履歴
登録2019年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月24日-
マップ公開2019年11月6日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 548.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈N-DRC structure from SNAP-DRC4 Chlamydomonas
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.77 Å/pix.
x 65 pix.
= 700.282 Å		10.77 Å/pix.
x 40 pix.
= 430.943 Å		10.77 Å/pix.
x 54 pix.
= 581.772 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.77356 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 132 / ムービー #1: 132
最小 - 最大101.08708 - 167.4963
平均 (標準偏差)128.44873 (±10.965531)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-47-36
サイズ405465
Spacing544065
セルA: 581.77246 Å / B: 430.94257 Å / C: 700.2817 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.77355555555610.77357510.773569230769
M x/y/z544065
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z581.772430.943700.282
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-47-40-36
NC/NR/NS544065
D min/max/mean101.087167.496128.449

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The nexin-dynein regulatory complex averaged from Chlamydomonas S...

全体名称: The nexin-dynein regulatory complex averaged from Chlamydomonas SNAP-DRC4 axoneme, labeled with streptavidin-nanogold
要素
  • 細胞: The nexin-dynein regulatory complex averaged from Chlamydomonas SNAP-DRC4 axoneme, labeled with streptavidin-nanogold

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超分子 #1: The nexin-dynein regulatory complex averaged from Chlamydomonas S...

超分子名称: The nexin-dynein regulatory complex averaged from Chlamydomonas SNAP-DRC4 axoneme, labeled with streptavidin-nanogold
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Axonemes from the N-terminal SNAP tagged DRC4 rescued Chlamydomonas pf2-4 strain, labeled with streptavidin-nanogold
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: pf2-4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 973
抽出トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 973
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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