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万見
- EMDB-20118: Full length HIV-1 Env AMC011 in complex with PGT151 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20118
タイトルFull length HIV-1 Env AMC011 in complex with PGT151 Fab
マップデータFull length AMC011 HIV-1 Env in complex with PGT151 Fab
試料
  • 複合体: PGT151 Fab in complex with full length AMC011 HIV-1 Env
    • 複合体: AMC011 Glycoprotein 120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • 複合体: AMC011 Glycoprotein 41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: PGT151 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Rantalainen K / Torrents de la Pena A / Ward AB
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31 AI131873 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019
タイトル: Similarities and differences between native HIV-1 envelope glycoprotein trimers and stabilized soluble trimer mimetics.
著者: Alba Torrents de la Peña / Kimmo Rantalainen / Christopher A Cottrell / Joel D Allen / Marit J van Gils / Jonathan L Torres / Max Crispin / Rogier W Sanders / Andrew B Ward /
要旨: The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer is located on the surface of the virus and is the target of broadly neutralizing antibodies (bNAbs). Recombinant native-like soluble Env trimer mimetics, ...The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer is located on the surface of the virus and is the target of broadly neutralizing antibodies (bNAbs). Recombinant native-like soluble Env trimer mimetics, such as SOSIP trimers, have taken a central role in HIV-1 vaccine research aimed at inducing bNAbs. We therefore performed a direct and thorough comparison of a full-length unmodified Env trimer containing the transmembrane domain and the cytoplasmic tail, with the sequence matched soluble SOSIP trimer, both based on an early Env sequence (AMC011) from an HIV+ individual that developed bNAbs. The structures of the full-length AMC011 trimer bound to either bNAb PGT145 or PGT151 were very similar to the structures of SOSIP trimers. Antigenically, the full-length and SOSIP trimers were comparable, but in contrast to the full-length trimer, the SOSIP trimer did not bind at all to non-neutralizing antibodies, most likely as a consequence of the intrinsic stabilization of the SOSIP trimer. Furthermore, the glycan composition of full-length and SOSIP trimers was similar overall, but the SOSIP trimer possessed slightly less complex and less extensively processed glycans, which may relate to the intrinsic stabilization as well as the absence of the membrane tether. These data provide insights into how to best use and improve membrane-associated full-length and soluble SOSIP HIV-1 Env trimers as immunogens.
履歴
登録2019年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月31日-
マップ公開2019年7月31日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0218
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0218
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6olp
  • 表面レベル: 0.0218
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6olp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20118.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full length AMC011 HIV-1 Env in complex with PGT151 Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0218 / ムービー #1: 0.0218
最小 - 最大-0.034411278 - 0.067403115
平均 (標準偏差)0.0001558608 (±0.0027043528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 360.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.500360.500360.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0340.0670.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20118_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Full length AMC011 HIV-1 Env in complex with PGT151 Fab - half map 2

ファイルemd_20118_half_map_1.map
注釈Full length AMC011 HIV-1 Env in complex with PGT151 Fab - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Full length AMC011 HIV-1 Env in complex with PGT151 Fab - half map 1

ファイルemd_20118_half_map_2.map
注釈Full length AMC011 HIV-1 Env in complex with PGT151 Fab - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PGT151 Fab in complex with full length AMC011 HIV-1 Env

全体名称: PGT151 Fab in complex with full length AMC011 HIV-1 Env
要素
  • 複合体: PGT151 Fab in complex with full length AMC011 HIV-1 Env
    • 複合体: AMC011 Glycoprotein 120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • 複合体: AMC011 Glycoprotein 41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: PGT151 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: PGT151 Fab in complex with full length AMC011 HIV-1 Env

超分子名称: PGT151 Fab in complex with full length AMC011 HIV-1 Env
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: AMC011 Glycoprotein 120

超分子名称: AMC011 Glycoprotein 120 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: AMC011 Glycoprotein 41

超分子名称: AMC011 Glycoprotein 41 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: PGT151 Fab

超分子名称: PGT151 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 56.973098 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRVKEIRKNY QHLWKWGIML LGILMICSAA EQLWVTVYYG VPVWKEATTT LFCASDARAY DTEVHNVWAT HACVPTDPNP QEVVLENVT ENFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTDLRNATNT NATNTTSSSR GTMEGGEIKN C SFNITTSM ...文字列:
MRVKEIRKNY QHLWKWGIML LGILMICSAA EQLWVTVYYG VPVWKEATTT LFCASDARAY DTEVHNVWAT HACVPTDPNP QEVVLENVT ENFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTDLRNATNT NATNTTSSSR GTMEGGEIKN C SFNITTSM RDKVQKEYAL FYKLDVVPIK NDNTSYRLIS CNTSVITQAC PKVSFEPIPI HYCAPAGFAI LKCNDKKFNG TG PCTNVST VQCTHGIRPV VSTQLLLNGS LAEEEVVIRS ANFTDNAKII IVQLNKSVEI NCTRPNNNTR KSIHIGPGRA FYT TGEIIG DIRQAHCNIS GTKWNDTLKQ IVVKLKEQFG NKTIVFNHSS GGDPEIVMHS FNCGGEFFYC NSTQLFNSTW NDTT GSNYT GTIVLPCRIK QIVNMWQEVG KAMYAPPIKG QIRCSSNITG LILIRDGGKN RSENTEIFRP GGGDMRDNWR SELYK YKVV KIEPLGIAPT KAKRRVVQRE KR

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 39.677762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RLLLSGIVQQ QNNLLRAIEA QQHLLQLTVW GIKQLQARVL AVERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICTTAVPW NTSWSNKSYN QIWNNMTWME WEREIDNYTS LIYTLIEDSQ NQQEKNEQEL LELDKWASLW N WFDITKWL ...文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RLLLSGIVQQ QNNLLRAIEA QQHLLQLTVW GIKQLQARVL AVERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICTTAVPW NTSWSNKSYN QIWNNMTWME WEREIDNYTS LIYTLIEDSQ NQQEKNEQEL LELDKWASLW N WFDITKWL WYIKIFIMIV GGLIGLRIVF TVLSIVNRIR QGYSPLSFQT PLPTPRGPDR PEGIEEEGGE RDRDRSDRLV TG FLALIWV DLRSLCLFSY HRLRDLLLIV TRIVELLGRR GWGVLKYWWN LLQYWSQELR NSAVSLLNAT AIAVAEGTDR VIE VSQRAF RAILHVPVRI RQGLERALV

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分子 #3: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.087438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF ...文字列:
RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DK

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分子 #4: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.057809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 41 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisTris base
150.0 mMNaClSodium Chloride
0.1 %DDMn-Dodecyl-B-D-Maltoside
0.03 mg/mlDeoxycholateSodium Deoxycholate

詳細: Detergent removed with biobeads prior to grid preparation
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 0 No wait Blot time 6 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3076 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generated with CRYOSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 74889
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6olp:
Full length HIV-1 Env AMC011 in complex with PGT151 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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