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- PDB-1zw5: X-ray structure of Farnesyl diphosphate synthase protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zw5
タイトルX-ray structure of Farnesyl diphosphate synthase protein
要素farnesyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / ISOPRENOID PATHWAY / CHOLESTEROL SYNTHESIS / BISPHOSPHONATE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ZOLEDRONIC ACID / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kavanagh, K.L. / Guo, K. / Wu, X. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: The molecular mechanism of nitrogen-containing bisphosphonates as antiosteoporosis drugs.
著者: Kavanagh, K.L. / Guo, K. / Dunford, J.E. / Wu, X. / Knapp, S. / Ebetino, F.H. / Rogers, M.J. / Russell, R.G. / Oppermann, U.
履歴
登録2005年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年5月22日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3626
ポリマ－40,7701
非ポリマー5915
水1,08160
1
A: farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,72312
ポリマ－81,5412
非ポリマー1,18210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.255, 112.255, 63.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 farnesyl diphosphate synthase / farnesyl pyrophosphate synthetase / dimethylallyl transferase / geranyl transferase / FPPS / FDPS


分子量: 40770.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS / プラスミド: PET11 DERIVATIVE / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#4: 化合物 ChemComp-ZOL / ZOLEDRONIC ACID / (1-HYDROXY-2-IMIDAZOL-1-YLETHYLIDENE)DIPHOSPHONIC ACID / ゾレドロン酸


分子量: 272.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O7P2 / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 14% PEG 6000, 0.7 M LiCl, 70 mM citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→63 Å / Num. all: 18323 / Num. obs: 17517 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YV5

1yv5


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 15.179 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22311 886 5.1 %RANDOM
Rwork0.17249 ---
all0.17508 17553 --
obs0.17508 16605 94.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.785 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.86 Å20 Å20 Å2
2---3.86 Å20 Å2
3---7.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2697 0 33 60 2790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9793793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8435865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.535339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94724.47132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.6415467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.521515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.22463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0470.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.42731870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6483687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.52952715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.87371244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.394111077
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 67 -
Rwork0.242 1228 -
obs--97.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.3239 Å / Origin y: 30.1888 Å / Origin z: -6.7934 Å
111213212223313233
T-0.1421 Å20.0017 Å2-0.0201 Å2--0.0701 Å20.0631 Å2---0.1438 Å2
L3.6652 °20.0684 °2-0.2487 °2-0.9623 °2-0.0095 °2--0.8333 °2
S0.0141 Å °0.3846 Å °0.5119 Å °0.0351 Å °0.0725 Å °0.3939 Å °-0.032 Å °-0.2254 Å °-0.0866 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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