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- PDB-1zgc: Crystal Structure of Torpedo Californica Acetylcholinesterase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zgc
タイトルCrystal Structure of Torpedo Californica Acetylcholinesterase in Complex With an (RS)-Tacrine(10)-Hupyridone Inhibitor.
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / SERINE-HYDROLASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / ENANTIOMERIC SELECTIVITY / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / choline metabolic process / acetylcholinesterase activity / side of membrane / synaptic cleft / synapse / : / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A2E / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Haviv, H. / Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Carlier, P.R. / Pang, Y.P. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Crystal Packing Mediates Enantioselective Ligand Recognition at the Peripheral Site of Acetylcholinesterase
著者: Haviv, H. / Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Carlier, P.R. / Pang, Y.P. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: BIOORG.MED.CHEM.LETT. / 年: 1999
タイトル: Potent, easily synthesized huperzine A-tacrine hybrid acetylcholinesterase inhibitors
著者: Carlier, P.R. / Du, D.-M. / Han, Y.-F. / Liu, J. / Pang, Y.-P.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Acetylcholinesterase Complexed with Bivalent Ligands Related to Huperzine A: Experimental Evidence for Species-Dependent Protein-Ligand Complementarity
著者: Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Dvir, H. / Carlier, P.R. / Han, Y.-F. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: The complex of a bivalent derivative of galanthamine with torpedo acetylcholinesterase displays drastic deformation of the active-site gorge: implications for structure-based drug design
著者: Greenblatt, H.M. / Guillou, C. / Guenard, D. / Argaman, A. / Botti, S. / Badet, B. / Thal, C. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic structure of acetylcholinesterase from Torpedo californica: a prototypic acetylcholine-binding protein
著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I.
履歴
登録2005年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7589
ポリマ－122,6502
非ポリマー2,1077
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area38540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.996, 105.543, 150.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 61325.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-A2E / (5S)-5-{[10-(1,2,3,4-TETRAHYDROACRIDIN-9-YLAMINO)DECYL]AMINO}-5,6,7,8-TETRAHYDROQUINOLIN-2(1H)-ONE / (S)-N-9 -(1 ,2 ,3 ,4 -TETRAHYDROACRIDINYL)-N'-5 -[5 ,6 ,7 ,8 -TETRAHYDRO-2'(1'H)-QUINOLINONYL]-1,10-DIAMINODECANE / (S)-TACRINE(10)-HUPYRIDONE


分子量: 500.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H44N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化温度: 277 K
詳細: PEG 200, pH 5.8, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP. PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-30% V/V PEG 200 0.5 M MES PH 5.8 AT 277K, WITHOUT SEEDING WITH MICROCRYSTALS; THEN SOAKED IN ...詳細: PEG 200, pH 5.8, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP. PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-30% V/V PEG 200 0.5 M MES PH 5.8 AT 277K, WITHOUT SEEDING WITH MICROCRYSTALS; THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR (40% V/V PEG 200 IN 0.1 M MES BUFFER, PH 5.8) CONTAINING 4MM (RS)-(+/-)- TACRINE(10)-HUPYRIDONE ((5RS)-(+/-)-5-{[10-(1,2,3,4- TETRAHYDROACRIDIN-9-YLAMINO)DECYL]AMINO}5,6,7,8-TETRAHYDRO-QUINOLIN-2(1H)-ONE) BIS-OXALATE FOR 40 HOURS.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月2日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.5 Å / Num. obs: 84805 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 0.61 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 3.83 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
STRATEGYデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
XTALVIEW精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→34.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.485 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 4157 4.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 80089 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2--3.46 Å20 Å2
3----1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8369 0 144 341 8854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.0218774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5061.94611922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2462.98817917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.57451052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1990.21253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.029755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.021864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2590.28837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.24848
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3510.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4061.55252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.29228479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.61233522
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2374.53443
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 273
Rwork0.265 5649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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