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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v39 | ||||||||||||
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タイトル | DC26 MUTANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE AND M7G(5')PPPG | ||||||||||||
要素 | VP39 | ||||||||||||
キーワード | METHYLTRANSFERASE / RNA CAP / POLY(A) POLYMERASE / VACCINIA / MRNA PROCESSING / TRANSCRIPTION | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / virion component / methylation / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Specific protein recognition of an mRNA cap through its alkylated base. 著者: Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Shi, X. / Wang, S.M. / Quiocho, F.A. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996 タイトル: The 1.85 A Structure of Vaccinia Protein Vp39: A Bifunctional Enzyme that Participates in the Modification of Both Mrna Ends 著者: Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Shi, X. / Quiocho, F.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v39.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v39.ent.gz | 57.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v39.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1v39_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1v39_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1v39_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1v39_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/1v39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/1v39 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37133.703 Da / 分子数: 1 / 変異: 26 C-TERMINAL RESIDUES DELETED / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) 属: Orthopoxvirus / 株: WR / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P07617, polynucleotide adenylyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 化合物 | ChemComp-M7G / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: DC26/ADOHCY CRYSTAL SOAKED IN 10MM M7GPPPG., pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.5 詳細: macro-seeding, Hodel, A.E., (1996) Cell(Cambridge,Mass.), 85, 247. 手法: other | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月6日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 35403 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 35 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 67 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1VPT 解像度: 1.8→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |