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- PDB-1u68: DHNA 7,8 DIHYDRONEOPTERIN COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u68
タイトルDHNA 7,8 DIHYDRONEOPTERIN COMPLEX
要素Dihydroneopterin aldolase
キーワードLYASE / DHNA / 7 / 8 DIHYDRONEOPTERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


7,8-dihydroneopterin epimerase / dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / isomerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NPR / Dihydroneopterin aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sanders, W.J. / Nienaber, V.L. / Lerner, C.G. / McCall, J.O. / Merrick, S.M. / Swanson, S.J. / Harlan, J.E. / Stoll, V.S. / Stamper, G.F. / Betz, S.F. ...Sanders, W.J. / Nienaber, V.L. / Lerner, C.G. / McCall, J.O. / Merrick, S.M. / Swanson, S.J. / Harlan, J.E. / Stoll, V.S. / Stamper, G.F. / Betz, S.F. / Condroski, K.R. / Meadows, R.P. / Severin, J.M. / Walter, K.A. / Magdalinos, P. / Jakob, C.G. / Wagner, R. / Beutel, B.A.
引用ジャーナル: J.MED.CHEM. / 年: 2004
タイトル: Discovery of potent inhibitors of dihydroneopterin aldolase using CrystaLEAD high-throughput X-ray crystallographic screening and structure-directed lead optimization.
著者: Sanders, W.J. / Nienaber, V.L. / Lerner, C.G. / McCall, J.O. / Merrick, S.M. / Swanson, S.J. / Harlan, J.E. / Stoll, V.S. / Stamper, G.F. / Betz, S.F. / Condroski, K.R. / Meadows, R.P. / ...著者: Sanders, W.J. / Nienaber, V.L. / Lerner, C.G. / McCall, J.O. / Merrick, S.M. / Swanson, S.J. / Harlan, J.E. / Stoll, V.S. / Stamper, G.F. / Betz, S.F. / Condroski, K.R. / Meadows, R.P. / Severin, J.M. / Walter, K.A. / Magdalinos, P. / Jakob, C.G. / Wagner, R. / Beutel, B.A.
履歴
登録2004年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年10月19日ID: 1RR5
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0252
ポリマ－13,7701
非ポリマー2551
水00
1
A: Dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,19916
ポリマ－110,1578
非ポリマー2,0428
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area26680 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area35800 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.947, 60.947, 123.689
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Dihydroneopterin aldolase / DHNA


分子量: 13769.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: folB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56740, dihydroneopterin aldolase
#2: 化合物 ChemComp-NPR / 2-AMINO-7,8-DIHYDRO-6-(1,2,3-TRIHYDROXYPROPYL)-4(1H)-PTERIDINONE / 7,8-DIHYDRONEOPTERIN / 2-アミノ-6-[(1S,2S)-1,2,3-トリヒドロキシプロピル]-7,8-ジヒドロプテリジン-4(3H)-オン


分子量: 255.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N5O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M TRI-SODIUM CITRATE, 30% MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20.05 Å / Observed criterion σ(F): 19132
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→20.05 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.368 230 random
Rwork0.279 --
all-19132 -
obs-4532 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å / Luzzati sigma a obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数967 0 18 0 985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル最高解像度: 2.4 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.368 -
Rwork0.279 -
obs-93.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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