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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tad | ||||||
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タイトル | GTPASE MECHANISM OF GPROTEINS FROM THE 1.7-ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSDUCIN ALPHA-GDP-ALF4- | ||||||
![]() | TRANSDUCIN-ALPHA | ||||||
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機能・相同性 | ![]() detection of light stimulus involved in visual perception / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sondek, J. / Lambright, D.G. / Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: GTPase mechanism of Gproteins from the 1.7-A crystal structure of transducin alpha-GDP-AIF-4. 著者: Sondek, J. / Lambright, D.G. / Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B. #1: ![]() タイトル: Structural Determinants for Activation of the Alpha-Subunit of a Heterotrimeric G Protein 著者: Lambright, D.G. / Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B. #2: ![]() タイトル: The 2.2 Angstroms Crystal Structure of Transducin-Alpha Complexed with GTP-Gamma-S 著者: Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES CAC A 353, CAC B 353, AND CAC C 353 MODIFY RESIDUES CYS A 62, CYS B 62, AND CYS C 62, RESPECTIVELY. 2: RESIDUES CAC A 354, CAC B 354, AND CAC C 354 MODIFY RESIDUES CYS A 210, CYS B 210, AND CYS C 210, RESPECTIVELY. | ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THERE ARE THREE COMPLEXES OF TRANSDUCIN ALPHA, GDP, ALUMINUM FLUORIDE, AND CA 2+ PER ASYMMETRIC UNIT. MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 C 30 .. C 340 B 30 .. B 340 0.252 M2 C 30 .. C 340 A 30 .. A 340 0.353 M3 B 30 .. B 340 A 30 .. A 340 0.404 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 37141.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1029分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/ALF.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/ALF.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CAC / ![]() #4: 化合物 | #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | CAC IS DIMETHYL ARSENIC OXIDE, DERIVED FROM CRYSTALLIZATION BUFFER. ALSO KNOWN AS DIMETHYLARSINIC ...CAC IS DIMETHYL ARSENIC OXIDE, DERIVED FROM CRYSTALLIZ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月11日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | Num. obs: 116584 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.103 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.78 Å / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 4.22 % / Num. unique obs: 12535 / Rmerge(I) obs: 0.186 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor all![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |