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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sre | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC AND THERMODYNAMIC COMPARISON OF NATURAL AND SYNTHETIC LIGANDS BOUND TO STREPTAVIDIN | ||||||
要素 | STREPTAVIDIN | ||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Weber, P.C. / Salemme, F.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1994 タイトル: Structure-Based Design of Synthetic Azobenzene Ligands for Streptavidin 著者: Weber, P.C. / Pantoliano, M.W. / Simons, D.M. / Salemme, F.R. #1: ジャーナル: Science / 年: 1989 タイトル: Structural Origins of High-Affinity Biotin Binding to Streptavidin 著者: Weber, P.C. / Ohlendorf, D.H. / Wendoloski, J.J. / Salemme, F.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sre.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sre.ent.gz | 43.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sre.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sre_validation.pdf.gz | 389.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sre_full_validation.pdf.gz | 397.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sre_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sre_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sre | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12738.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 参照: UniProt: P22629 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 30 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.78 Å / Num. obs: 19376 / Num. measured all: 81351 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.78→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |