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万見
- PDB-1smr: The 3-d structure of mouse submaxillary renin complexed with a de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1smr
タイトルThe 3-d structure of mouse submaxillary renin complexed with a decapeptide inhibitor ch-66 based on the 4-16 fragment of rat angiotensinogen
要素
  • INHIBITOR CH-66
  • RENIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTIC PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tissue remodeling / uterine smooth muscle contraction / positive regulation of L-lysine import across plasma membrane / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / establishment of blood-nerve barrier / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system ...negative regulation of tissue remodeling / uterine smooth muscle contraction / positive regulation of L-lysine import across plasma membrane / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / establishment of blood-nerve barrier / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / ovarian follicle rupture / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / regulation of transmission of nerve impulse / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / Peptide ligand-binding receptors / vasopressin secretion / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of extracellular matrix assembly / operant conditioning / renin / vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of norepinephrine secretion / peristalsis / positive regulation of extracellular matrix assembly / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / renal system process / drinking behavior / artery smooth muscle contraction / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of organ growth / positive regulation of blood pressure / vasoconstriction / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / type 1 angiotensin receptor binding / response to angiotensin / intracellular sodium ion homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / hormone metabolic process / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / organ growth / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / blood vessel development / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of calcium ion transport / angiotensin-mediated drinking behavior / associative learning / cellular response to angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / response to mechanical stimulus / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to salt stress / ERK1 and ERK2 cascade / extracellular matrix organization / astrocyte activation / positive regulation of endothelial cell migration / regulation of heart rate / response to cold / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of cytokine production / cell-matrix adhesion / angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / kidney development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / female pregnancy / cellular response to mechanical stimulus / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of cell growth / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 ...Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Renin-2 / Angiotensinogen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dealwis, C.G. / Blundell, T.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: X-ray analysis at 2.0 A resolution of mouse submaxillary renin complexed with a decapeptide inhibitor CH-66, based on the 4-16 fragment of rat angiotensinogen.
著者: Dealwis, C.G. / Frazao, C. / Badasso, M. / Cooper, J.B. / Tickle, I.J. / Driessen, H. / Blundell, T.L. / Murakami, K. / Miyazaki, H. / Sueiras-Diaz, J. / Szelke, M.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Complexes of Peptide Inhibitors with Human Recombinant and Mouse Submandibular Renins
著者: Badasso, M. / Frazao, C. / Sibanda, B.L. / Dhanaraj, V. / Dealwis, C. / Cooper, J.B. / Wood, S.P. / Blundell, T.L. / Murakami, K. / Miyazaki, H. / Hobart, P.M. / Geoghegan, K.F. / Ammirati, M. ...著者: Badasso, M. / Frazao, C. / Sibanda, B.L. / Dhanaraj, V. / Dealwis, C. / Cooper, J.B. / Wood, S.P. / Blundell, T.L. / Murakami, K. / Miyazaki, H. / Hobart, P.M. / Geoghegan, K.F. / Ammirati, M.J. / Lanzetti, A.J. / Danley, D.E. / O'Connor, B.A. / Hoover, D.J. / Sueiras-Diaz, J. / Jones, D.M. / Szelke, M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: X-Ray Analysis of Peptide-Inhibitor Complexes Define the Structure Basis of Specificity for Human and Mouse Renins
著者: Dhanaraj, V. / Dealwis, C.G. / Frazao, C. / Badasso, M. / Sibanda, B.L. / Tickle, I.J. / Cooper, J.B. / Driessen, H.P.C. / Newman, M. / Aguilar, C. / Wood, S.P. / Blundell, T.L. / Hobart, P.M. ...著者: Dhanaraj, V. / Dealwis, C.G. / Frazao, C. / Badasso, M. / Sibanda, B.L. / Tickle, I.J. / Cooper, J.B. / Driessen, H.P.C. / Newman, M. / Aguilar, C. / Wood, S.P. / Blundell, T.L. / Hobart, P.M. / Geoghegan, K.F. / Ammirati, M.J. / Danley, D.E. / O'Connor, B.A.O. / Hoover, D.J.
履歴
登録1992年3月11日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RENIN
B: INHIBITOR CH-66
C: RENIN
D: INHIBITOR CH-66
E: RENIN
F: INHIBITOR CH-66
G: RENIN
H: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1878
ポリマ－151,1878
非ポリマー00
水2,810156
1
A: RENIN
B: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7972
ポリマ－37,7972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
2
C: RENIN
D: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7972
ポリマ－37,7972
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
3
E: RENIN
F: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7972
ポリマ－37,7972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
4
G: RENIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5331
ポリマ－36,5331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
H: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2631
ポリマ－1,2631
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
A: RENIN
B: INHIBITOR CH-66

C: RENIN
D: INHIBITOR CH-66

E: RENIN
F: INHIBITOR CH-66

G: RENIN
H: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1878
ポリマ－151,1878
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
crystal symmetry operation1_453x-1,y,z-21
crystal symmetry operation1_464x-1,y+1,z-11
Buried area17250 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area46120 Å2
手法PISA
7
A: RENIN
B: INHIBITOR CH-66

C: RENIN
D: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5944
ポリマ－75,5944
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
Buried area6520 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
8
E: RENIN
F: INHIBITOR CH-66

G: RENIN
H: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5944
ポリマ－75,5944
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
Buried area6450 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
9
G: RENIN
H: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7972
ポリマ－37,7972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
10
A: RENIN

C: RENIN

E: RENIN

G: RENIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,1334
ポリマ－146,1334
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
crystal symmetry operation1_453x-1,y,z-21
crystal symmetry operation1_464x-1,y+1,z-11
Buried area7460 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area49220 Å2
手法PISA
11
B: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2631
ポリマ－1,2631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
D: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2631
ポリマ－1,2631
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
F: INHIBITOR CH-66


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2631
ポリマ－1,2631
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.340, 117.760, 85.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 23, PRO A 111, PRO A 294, AND PRO A 297 ARE CIS PROLINES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9049, -0.1925, 0.3796), (-0.1958, -0.9802, -0.0303), (0.3779, -0.0469, -0.9247)11.955, 69.001, 36.4885
2given(-0.9855, 0.1694, -0.0037), (0.1692, 0.9852, 0.0287), (0.0085, 0.0276, -0.9996)90.955, -3.358, 123.76
3given(-0.9235, 0.0485, -0.3805), (-0.0516, -0.9987, -0.0022), (-0.3801, 0.0176, 0.9248)108.283, 67.075, 92.871

-
要素

#1: タンパク質
RENIN


分子量: 36533.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CDNA / プラスミド: CLASSIFIED / 参照: UniProt: P00796, renin
#2: タンパク質・ペプチド
INHIBITOR CH-66


分子量: 1263.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01015*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE INHIBITOR CH-66 IS BASED ON THE 6-14 FRAGMENT OF RAT ANGIOTENSINOGEN AND HAS THE FORMULA PIV- ...THE INHIBITOR CH-66 IS BASED ON THE 6-14 FRAGMENT OF RAT ANGIOTENSINOGEN AND HAS THE FORMULA PIV-HIS6-PRO-PHE-HIS-LEU-OH-LEU-TYR-TYR-SER14-NH2, WHERE PIV IS A PIVALOYL GROUP AND -OH DENOTES A HYDROXYETHYLENE (-CHOH-CH=2=-) TRANSITION-STATE ISOSTERE OF THE SCISSILE BOND. ALL CHIRAL CENTERS, INCLUDING THOSE OF THE ISOSTERE, ARE OF THE S-FORM. T12 - T16 OF THE TURN RECORD BELOW DO NOT FORM I TO I+3 H-BONDS. ALL BETA-HAIRPIN TURNS ARE CLASSIFIED ACCORDING TO SIBANDA ET AL., 1989, AND THE REST OF THE REVERSE TURNS ARE CLASSIFIED ACCORDING TO KABSCH AND SANDER 1983.
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.01 Msodium acetate11
210 mg/mlprotein11
310-35 %(w/v)PEG60001reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 96300 / % possible obs: 94.4 % / Num. measured all: 300600 / Rmerge(I) obs: 0.109

-
解析

ソフトウェア名称: RESTRAIN / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.18 / 最高解像度: 2 Å
詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE ...詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION - B = 8 * (PI)**2 * U**2.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10404 0 0 156 10560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.054
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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