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- PDB-1rp0: Crystal Structure of Thi1 protein from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rp0
タイトルCrystal Structure of Thi1 protein from Arabidopsis thaliana
要素Thiazole biosynthetic enzyme
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / protein ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / oxazole or thiazole biosynthetic process / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / stromule / thiamine biosynthetic process / thylakoid / chloroplast envelope / plastid / chloroplast stroma ...cysteine-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / oxazole or thiazole biosynthetic process / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / stromule / thiamine biosynthetic process / thylakoid / chloroplast envelope / plastid / chloroplast stroma / response to cold / chloroplast / iron ion binding / protein domain specific binding / DNA damage response / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #160 / Thiamine thiazole synthase / Thi4 family / Thiazole biosynthetic enzyme Thi4 family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Helix non-globular / 3-Layer(bba) Sandwich / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #160 / Thiamine thiazole synthase / Thi4 family / Thiazole biosynthetic enzyme Thi4 family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Helix non-globular / 3-Layer(bba) Sandwich / Special / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AHZ / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / Thiamine thiazole synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Godoi, P.H.C. / Van Sluys, M.A. / Menck, C.F.M. / Oliva, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of the thiazole biosynthetic enzyme THI1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Godoi, P.H. / Galhardo, R.S. / Luche, D.D. / Van Sluys, M.A. / Menck, C.F. / Oliva, G.
履歴
登録2003年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiazole biosynthetic enzyme
B: Thiazole biosynthetic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6257
ポリマ－60,1592
非ポリマー1,4665
水7,891438
1
A: Thiazole biosynthetic enzyme
B: Thiazole biosynthetic enzyme
ヘテロ分子

A: Thiazole biosynthetic enzyme
B: Thiazole biosynthetic enzyme
ヘテロ分子

A: Thiazole biosynthetic enzyme
B: Thiazole biosynthetic enzyme
ヘテロ分子

A: Thiazole biosynthetic enzyme
B: Thiazole biosynthetic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,50028
ポリマ－240,6378
非ポリマー5,86320
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+3/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_655-x+3/2,-y+1/2,z1
Buried area63200 Å2
ΔGint-709 kcal/mol
Surface area56830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.356, 133.147, 142.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
詳細the biological assembly is found as an octamer following the 222 point group symmetry

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要素

#1: タンパク質 Thiazole biosynthetic enzyme / ARA6


分子量: 30079.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: THI1, THI4, AT5G54770, MBG8.3 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38814
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AHZ / ADENOSINE DIPHOSPHATE 5-(BETA-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOLE-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 593.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N6O12P2S
#4: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: TES, magnesium chloride, MES, MPD, heptane-1,2,3-triol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.28269, 0.915013
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.282691
20.9150131
反射解像度: 1.6→70.71 Å / Num. all: 63420 / Num. obs: 63420 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.416 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17063 3213 5.1 %RANDOM
Rwork0.13914 ---
all0.181 63818 --
obs0.14072 60207 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4135 0 88 438 4661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.9825863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.66439365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2395554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.24759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.22622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3180.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1741.52750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.26724433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.55631578
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2164.51430
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 226 -
Rwork0.304 4169 -
obs-4222 93.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11670.1530.11310.64950.19990.98390.0013-0.0113-0.04950.02290.0006-0.01270.1465-0.0395-0.00190.0107-0.01730.00830.04380.01020.040948.404721.276939.938
20.9250.22010.15710.60750.17170.1573-0.01590.01460.1336-0.0253-0.01340.0276-0.0632-0.0210.02930.03840.01280.00590.0245-0.00390.013472.200345.178463.8082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 2847 - 284
2X-RAY DIFFRACTION1AC5001
3X-RAY DIFFRACTION1AE6001
4X-RAY DIFFRACTION1AH601 - 8101 - 210
5X-RAY DIFFRACTION2BB7 - 2847 - 284
6X-RAY DIFFRACTION2BD5011
7X-RAY DIFFRACTION2BF6011
8X-RAY DIFFRACTION2BI602 - 8291 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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