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- PDB-1qkn: RAT OESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qkn
タイトルRAT OESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ANTAGONIST RALOXIFENE
要素ESTROGEN RECEPTOR BETA
キーワードNUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / ANTAGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of behavior / cellular response to magnetism / ESR-mediated signaling / PIP3 activates AKT signaling / estrogen binding / response to bisphenol A / response to insecticide / estradiol binding / amygdala development / response to human chorionic gonadotropin ...negative regulation of behavior / cellular response to magnetism / ESR-mediated signaling / PIP3 activates AKT signaling / estrogen binding / response to bisphenol A / response to insecticide / estradiol binding / amygdala development / response to human chorionic gonadotropin / Extra-nuclear estrogen signaling / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / Sertoli cell proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / prostate gland development / response to genistein / steroid hormone binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Sertoli cell development / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / hormone binding / : / prostate gland epithelium morphogenesis / response to salt / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / hypothalamus development / heterocyclic compound binding / negative regulation of feeding behavior / female gonad development / : / uterus development / vagina development / response to testosterone / response to dexamethasone / androgen receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / estrogen response element binding / behavioral fear response / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ovarian follicle development / estrous cycle / estrogen receptor signaling pathway / response to hormone / steroid binding / cerebellum development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / epithelial cell proliferation / response to activity / response to nicotine / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / promoter-specific chromatin binding / response to nutrient levels / : / brain development / protein-DNA complex / response to estrogen / nuclear receptor activity / male gonad development / neuron migration / negative regulation of epithelial cell proliferation / vasodilation / cellular response to xenobiotic stimulus / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / response to ethanol / sequence-specific DNA binding / learning or memory / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RALOXIFENE / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Carlquist, M.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Structure of the Ligand-Binding Domain of Oestrogen Receptor Beta in the Presence of a Partial Agonist and a Full Antagonist
著者: Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Thorsell, A.-G. / Engstrom, O. / Ljunggren, J. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Molecular Basis of Agonism and Antagonism in the Oestrogen Receptor
著者: Brzozowski, A.M. / Pike, A.C.W. / Dauter, Z. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Engstrom, O. / Ohman, L. / Greene, G.L. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M.
履歴
登録1999年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2193
ポリマ－28,6861
非ポリマー5332
水2,306128
1
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子

A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4376
ポリマ－57,3722
非ポリマー1,0654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
Buried area3740 Å2
ΔGint-21.4 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.550, 67.550, 148.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細BIOLOGICAL_UNIT: DIMER

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR BETA / OESTROGEN RECEPTOR / ER-LBD


分子量: 28686.002 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH THE ANTAGONIST RALOXIFENE / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 遺伝子: OESTROGEN RECEPTOR BETA / プラスミド: PLEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GI724 / 参照: UniProt: Q62986
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-RAL / RALOXIFENE / ラロキシフェン


分子量: 473.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27NO4S / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BINDS ESTROGENS WITH AN AFFINITY SIMILAR TO THAT OF ERALPHA, AND ACTIVATES EXPRESSION OF REPORTER ...BINDS ESTROGENS WITH AN AFFINITY SIMILAR TO THAT OF ERALPHA, AND ACTIVATES EXPRESSION OF REPORTER GENES CONTAINING ESTROGEN RESPONSE ELEMENTS (ERE) IN AN ESTROGEN-DEPENDENT MANNER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 4.8
詳細: 7.5% (W/V) PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 3% (W/V) DIMETHYLFORMAMIDE, 0.025M SODIUM ACETATE, PH 4.8
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of 1:2 mixture of well and protein solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-11 mg/mlprotein1drop
27.5 %(w/v)PEG40001reservoir
30.1 Mammonium acetate1reservoir
43 %(v/v)dimethylformamide1reservoir
525 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9096
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 16904 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 97187 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.467

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ERE

1ere


解像度: 2.25→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24392 / ESU R Free: 0.22001
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED IN XPLOR V3.843 WAS USED THROUGHOUT REFINEMENT. THE C-TERMINAL HELIX (H12) IS VISIBLE BUT POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. CONSEQUENTLY THIS ...詳細: BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED IN XPLOR V3.843 WAS USED THROUGHOUT REFINEMENT. THE C-TERMINAL HELIX (H12) IS VISIBLE BUT POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. CONSEQUENTLY THIS REGION HAS EXTREMELY HIGH TEMPERATURE FACTORS BUT ITS INCLUSION IN THE MODEL WAS REFLECTED BY AN APPRECIABLE DROP IN FREE R FACTOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1691 10 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-16870 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.592 Å20 Å20 Å2
2--3.592 Å20 Å2
3----6.691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1750 0 38 128 1916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0380.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.1832
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.433
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.5162
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.7543
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1360.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1820.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3350.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1660.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor32.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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